|
|
Diverzita anaerobních nálevníků
Nováková, Ludmila ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Nálevníci (Ciliata) jsou jednobuněčné eukaryotické organismy patřící do skupiny Alveolata. Dělí se na jedenáct tříd. Z toho se anaerobní/mikroaerofilní zástupci nacházejí ve třídách Armophorea, Litostomatea, Plagiopylea, Oligohymenophorea a Prostomatea. Anaerobní nálevníci mají mitochondrii redukovánu na hydrogenosom. V jejich cytoplasmě je okolo hydrogenosomů přítomno veliké množství metanogenních symbiontů. Anaerobní nálevníci jsou významní producenti metanu a jsou jak volně žijící, tak endobiotičtí (komenzálové, mutualisti či paraziti v zažívacím traktu mnohých živočichů včetně člověka). Podle dosud publikovaných studií se dá usuzovat, že diverzita anaerobních nálevníků je malá. Je to dáno tím, že se do fylogenetických studií zařazují pouze sekvence určených nálevníků a vynechávají se environmentální sekvence. Cílem této práce bylo získat sekvenční data co nejvíce volně žijících anaerobních nálevníků. Dohromady byly získány sekvence SSU rDNA 32 izolátů sladkovodních i mořských anaerobních nálevníků. Fylogenetická analýza ukázala, že většina jich patří do tříd Armophorea, Plagiopylea a Oligohymenophorea, kde tvoří několik samostatných fylogenetických linií. Kmen LIVADIAN společně s rody Paraspathidium, Askenasia, Urotricha, Cryptocaryon a nekultivovanými nálevníky náleží do třídy Prostomatea a...
|
|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Bardůnek Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
| |
|
|
Diverzita a fylogeneze archaméb
Zadrobílková, Eliška ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent) ; Valigurová, Andrea (oponent)
Zástupci skupiny Archamoebae jsou volně žijící nebo endobiotičtí améboidní bičíkovci nebo měňavky. Protože se vyskytují v anoxickém nebo mikrooxickém prostředí, jejich mitochondrie jsou značně redukované. Zpočátku se dokonce předpokládalo, že mitochondrie postrádají úplně, a proto byly považovány za jedny z nejpůvodnějších eukaryotických organismů vůbec. Tato hypotéza byla později vyvrácena a dnes víme, že archaméby náleží do říše Amoebozoa a spolu s aerobními hlenkami (Macromycetozoa) a sběrným taxonem Variosea vytváří skupinu Conosa. Charakteristickým znakem bičíkatých archaméb je poměrně jednoduchý mikrotubulární cytoskelet, který se skládá z jednoho bazálního tělíska, ze kterého vychází bičík, postranního kořene a mikrotubulárního koše. U bezbičíkatých zástupců byl tento cytoskelet zcela redukován. V minulosti bylo vytvořeno asi 350 jmen archaméb na druhové úrovni. Popisy druhů jsou převážně založeny na morfologických znacích, které jsou ale často nedostačující, a proto je identita druhů nejistá a je pravděpodobné, že řada druhů bude v budoucnu synonymizována. Problémem je také nedostatek sekvenčních dat. V našem projektu se nám podařilo výrazně rozšířit dataset DNA sekvencí převážně volně žijících archaméb. Na základě kombinace molekulárních a morfologických dat jsme popsali 13 nových druhů...
|
|
|
Diverzita rodu Monocercomonoides
Vlasáková, Jitka ; Hampl, Vladimír (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Oxymonády (Excavata, Preaxostyla) jsou skupinou anaerobních endobiotických bičíkovců žijících především ve střevě xylofágního hmyzu (švábi, termiti). V případě rodu Monocercomonoides náležícího do morfologicky nejjednodušší čeledi Polymastigidae jsou popsány i druhy z obratlovců. Jedná se o skupinu protist, u které dosud nebyla prokázána přítomnost mitochondrie. V této práci jsme osekvenovali gen pro SSU rRNA dvou kmenů rodu Monocercomonoides a provedli fylogenetickou analýzu oxymonád. Pět vybraných kmenů z různých hostitelů, vzájemně poměrně vzdálených na fylogenetickém stromu, jsme studovali morfologicky pomocí světelné (DIC a protargolové barvení) a transmisní elektronové mikroskopie. Cílem morfologického studia bylo najít znaky, ve kterých se kmeny liší. Zaměřili jsme se zejména na morfologii jádra, uspořádání endoplazmatického retikula, strukturu fibrily R1 a rozměry buněk. Vybrané kmeny jsme byli schopni rozlišit podle polohy karyosomu (centrální nebo parietální) a počtu mikrotubulů ve fibrile R1 (6-12) a domníváme se, že představují různé druhy. Kmen NAU3 byl fylogenetickou pozicí a vzhledem buňky natolik odlišný, že se může jednat dokonce o nový rod. V žádném kmeni jsme nepozorovali mitochondrii nebo jí příbuznou organelu.
|
|
|
Diverzita volně žijících diplomonád
Rmoutilová, Eva ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Řád Diplomonadida patří do říše Excavata a zahrnuje jak volně žijící, tak endobiotické prvoky. Více pozornosti bylo vždy věnováno endobiotickým zástupcům - zejména parazitu Giardia intestinalis, na kterém bylo provedeno velké množství studií. Diplomonády jsou anaerobní a postrádají aerobní mitochondrii, mají pouze redukované mitochondriální deriváty, hydrogenosomy nebo mitosomy. Podle stavby buňky se rozlišují unizoické (jeden karyomastigont) a diplozoické (dva propojené karyomastigonty). Evoluce stavby jejich buňky zůstává prozatím nevyřešena. Právě studium volně žijících diplomonád, kterým dosud bylo věnováno málo pozornosti, přitom může přispět k vyřešení tohoto problému. Diplomonády jsou významné i tím, že řada jejich zástupců je sekundárně volně žijící. Tato práce je zaměřena na fylogenezi a morfologii volně žijících diplomonád. Díky rozsáhlé sbírce kultur se nám podařilo určit celkem nových 65 sekvencí SSU rDNA převážně volně žijících zástupců řádu Diplomonadida. Fylogenetická analýza ukázala, že rody Trepomonas, Hexamita a unizoické diplomonády nejsou monofyletické. Také zřejmě existuje několik linií, které obsahují jak endobiotické, tak volně žijící zástupce. Provedli jsme podrobnou morfologickou studii izolátů rodů Trepomonas a Gyromonas. U rodu Hexamita podrobná studie morfologie nebyla...
|
|
|
Diverzita anaerobních nálevníků
Nováková, Ludmila ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Nálevníci (Ciliata) jsou jednobuněčné eukaryotické organismy patřící do skupiny Alveolata. Dělí se na jedenáct tříd. Z toho se anaerobní/mikroaerofilní zástupci nacházejí ve třídách Armophorea, Litostomatea, Plagiopylea, Oligohymenophorea a Prostomatea. Anaerobní nálevníci mají mitochondrii redukovánu na hydrogenosom. V jejich cytoplasmě je okolo hydrogenosomů přítomno veliké množství metanogenních symbiontů. Anaerobní nálevníci jsou významní producenti metanu a jsou jak volně žijící, tak endobiotičtí (komenzálové, mutualisti či paraziti v zažívacím traktu mnohých živočichů včetně člověka). Podle dosud publikovaných studií se dá usuzovat, že diverzita anaerobních nálevníků je malá. Je to dáno tím, že se do fylogenetických studií zařazují pouze sekvence určených nálevníků a vynechávají se environmentální sekvence. Cílem této práce bylo získat sekvenční data co nejvíce volně žijících anaerobních nálevníků. Dohromady byly získány sekvence SSU rDNA 32 izolátů sladkovodních i mořských anaerobních nálevníků. Fylogenetická analýza ukázala, že většina jich patří do tříd Armophorea, Plagiopylea a Oligohymenophorea, kde tvoří několik samostatných fylogenetických linií. Kmen LIVADIAN společně s rody Paraspathidium, Askenasia, Urotricha, Cryptocaryon a nekultivovanými nálevníky náleží do třídy Prostomatea a...
|
|
|
Diverzita rodu Blastocystis (Stramenopiles)
Lorencová, Markéta ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Kostka, Martin (oponent)
Ačkoli je rod Blastocystis málo známý, získává si v současné době pozornost mnoha protistologů a parazitologů. Zástupci tohoto rodu zcela ztratili bičíky, ale obdobně jako zástupci příbuzných skupin Opalinidae a Proteromonadidae, jsou anaerobní a žijí endobioticky ve střevním traktu mnoha živočichů. Vzhledem k těmto vlastnostem byla fylogenetická pozice rodu Blastocystis dlouhou dobu záhadou. B. hominis je jedním z nejběžnějších střevních parazitů lidí a celé škály živočichů. Jeho prevalence dosahuje poměrně vysokých hodnot, a to nejen v zemích třetího světa, ale i v rozvinutých státech. Díky jeho obrovské genetické diverzitě, patogennímu a zoonotickému potenciálu (B. hominis bývá často spojován se syndromem dráždivého tračníku) vzrůstá význam tohoto rodu.
|
|
|
Evoluce skupiny Retortamonadida (Eukaryota: Excavata: Fornicata)
Smejkalová, Pavla ; Kostka, Martin (oponent) ; Čepička, Ivan (vedoucí práce)
Řád Retortamonadida je malou skupinou heterotrofních bičíkovců, kteří se dělí do dvou rodů (Chilomastix, Retortamonas). Zástupci obou rodů žijí zejména jako střevní komenzálové obratlovců a bezobralých. V nedávné době byl popsán také jeden volně žijící druh rodu Chilomastix. Poté, co molekulárně-fylogenetické studie prokázaly příbuznost mezi řádem Retortamonadida, Diplomonadida a volně žijícím rodem Carpediemonas, byl vytvořen taxon Fornicata. V současné době tento taxon zahrnuje také volně žijící rody Dysnectes, Hicanonectes, Kipferlia a dva doposud nepopsané rody volně žijících bičíkovců. Řád Retortamonadida byl dlouhou dobu považován za monofyletický taxon. První molekulárně-fylogenetická studie, která zahrnovala sekvenční data obou rodů, ale ukázala, že retortamonády vytváří parafyletický taxon, jehož vnitřní skupinou jsou diplomonády. I přesto retortamonády zůstaly velmi málo prostudovaným taxonem a dodnes mnoho nevíme o příbuzenských vztazích uvnitř řádu Retortamonadida. Hlavním cílem naší práce bylo získat co nejvíce nových sekvenčních dat rodu Retortamonas i Chilomastix. Podařilo se nám získat nové sekvence 14 kmenů řádu Retortamonadida (4 kme-ny rodu Chilomastix, 10 kmenů rodu Retortamonas) a jednoho doposud nepopsaného rodu enteromonád. Rod Retortamonas vytvořil v naší analýze, s vysokou...
|
|
| |
host ::
RSS.