|
|
Structural characterization of influenza A polymerase PA subunit domains in complex with novel inhibitors
Radilová, Kateřina ; Kožíšek, Milan (vedoucí práce) ; Rumlová, Michaela (oponent) ; Obšil, Tomáš (oponent)
RNA-dependentní RNA polymerasa viru chřipky je heterotrimerický komplex, který má zásadní roli v životním cyklu viru. Je zodpovědná za virovou replikaci a transkripci. Jedna z jejích podjednotek, PA podjednotka, interaguje s PB1 podjednotkou prostřednictvím důležité protein-proteinové interakce na své C-koncové doméně. Tato interakce, která je zprostředkovaná 310 helixem, je nutná k utvoření celého heterotrimerického komplexu. N-koncová doména navíc obsahuje místo s endonukleasovou aktivitou se dvěma manganatými ionty. Obě tyto domény jsou považovány za slibné terapeutické cíle. V současnosti jsou přístupy v léčbě a prevenci chřipkového onemocnění limitované na sezónní očkování a existuje pouze několik léků, které ve velké většině cílí na jiné proteiny viru chřipky. U řady z nich však dochází k rychlému vývoji rezistentních mutací, nebo mají závažné vedlejší účinky. Tato práce nabízí strukturní náhledy na dvě domény PA podjednotky. První část se věnuje charakterizaci a optimalizaci minimálního peptidu odvozeného z PB1 podjednotky, který interaguje s C-koncovou doménou PA podjednotky a brání jejich dimerisaci. Výsledky z této části mohou být považovány za počáteční bod pro racionální vývoj prvních inhibitorů PA-PB1 protein-proteinové interakce proti viru chřipky. V druhé polovině jsme zkoumali...
|
|
|
Entropically driven cascade hybridization reactions for detection of microRNA
Runová, Alžbeta ; Cígler, Petr (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
Rostoucí význam miRNA molekul jakožto diagnostických biomarkerů vyvolává poptávku po vývoji nových kvantifikačních metod. Současné přístupy umoňující její kvantifikaci zpravidla vyžadují časově náročnou a nákladnou izolaci miRNA. V této práci navrhujeme nový detekční systém založený na zlatých nanočásticích modifikovaných oligonukleotidy (AuNP/DNA), který by mohl umožnit detekci a kvantifikaci miRNA v živých buňkách bez potřeby předchozí izolace. Tento kaskádový, entropicky řízený amplifikační systém poskytuje fluorescenční signál díky přítomnosti cílové miRNA. V této práci byla velikost citrátem stabilizovaných zlatých nanočástic stanovena dynamickým rozptylem světla a transmisní elektronovou mikroskopií. Povrchová modifikace AuNP byla provedena podle nedávno publikované "vymrazovací metody" a nanočásticový systém (AuNP/DNA) byl porovnán s analogickým DNA systémem bez přítomnosti AuNP v sérii fluorescenčních měření ukazujících kinetiku reakce a selektivitu k různým miRNA. Dále byly provedeny stabilitní experimenty v prostředí glutathionu a také DNA elektroforéza demonstrující složení vzorku během reakce. 42.31 ± 2.91 nm AuNP/DNA konstrukty průměrně obsahující 25 komplexů DNA na jednu zlatou nanočístici, vykazují v porovnání s analogickým DNA systémem až dvojnásobné reakční výtěžky a vyšší...
|
|
|
Výzkum DNA kompatibilních reakcí a jejich využití při přípravě DNA kódovaných knihoven
Havelka, Václav ; Míšek, Jiří (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
DNA kódované knihovny peptidů jsou základem in vitro selekčních metod, které využívají různé biologické systémy ("phage display";"yeast display";"mRNA display"). Přes velký úspěch těchto selekčních metod je jejich zřejmou nevýhodou omezený počet stavebních bloků, které jsou tvořeny pouze dvaceti proteinogenními aminokyselinami. Zapojení dalších neproteinogenních aminokyselin a dalších stavebních bloků by mohlo podstatně rozšířit spektrum možných aplikací těchto selekčních metod. Například zavedením chemických modifikací v postranních řetězcích aminokyselin v takových knihovnách by umožnilo efektivní studium posttranslačních modifikací (fosforylace, acylace, glykosylace, methylace atd.) v živých organismech. Cílem této práce byl vývoj metody pro přípravu plně syntetické DNA kódované knihovny peptidů. Základními kroky byla chemická syntéza peptidu a s tím spojená enzymová syntéza kódující DNA. Pro syntézu DNA kódovaných knihoven peptidů je nezbytná kompatibilita chemických reakcí s DNA. Jelikož finální kyselé odchránění postranních řetězců v peptidu není kompatibilní s DNA, byly testovány dva přístupy k odstranění tohoto problému. Prvním z nich byl pokus o vývoj jemnějších podmínek odchránění postranních řetězců syntetizovaných peptidů, které mohou být kompatibilní s DNA. Podařilo se najít nové,...
|
|
|
Vliv mutace S159A na oligomerní stav NKR-P1A receptoru lidských NK buněk
Hausleitner, Filip ; Vaněk, Ondřej (vedoucí práce) ; Kožíšek, Milan (oponent)
Přirozeně zabíječské buňky (NK buňky) jsou lymfocyty schopné ničit nádorové a viry infikované buňky bez předešlé antigenní senzitizace. Využívají k tomu svoje aktivační a inhibiční povrchové receptory, které interagují s povrchovými molekulami cílových buněk. Imunitní odpověď NK buněk závisí na celkovém součtu signálů z obou typů receptorů. Receptor NKR-P1A lidských NK buněk patří do strukturní rodiny receptorů podobných lektinům C-typu. Tento receptor interaguje s jeho ligandem LLT1 ze stejné proteinové rodiny, přičemž tato interakce je charakterizována nízkou afinitou a vysokou specifitou. Vytvoření komplexu NKR-P1A:LLT1 mezi NK buňkou a cílovou buňkou inhibuje cytotoxicitu NK buňky, a tak je součástí regulace imunitní odpovědi. V této práci byl studován vliv mutace S159A na oligomerní stav rozpustné ektodomény lidského NKR-P1A v roztoku. Pro tento účel byla úspěšně rekombinantně připravená mutantní forma rozpustné ektodomény lidského NKR-P1A G90-S225 S159A ve stabilně transfekovaných lidských embryonálních ledvinných buňkách 293 (HEK293S GnTI" ). Připravený konstrukt byl purifikován pomocí afinitní a gelové permeační chromatografie a následně analyzován pomocí SDS-PAGE a sedimentační analýzy. Výsledky potvrzují, že absence N-vázané glykosylace v pozici 157 podporuje dimerizaci ektodomény v...
|
|
|
Overcoming drug resistance: The discovery, design and characterization of new nonpeptidic inhibitors of HIV - 1 protease
Kožíšek, Milan ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Majer, Pavel (oponent) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Doktorská dizertační práce - abstrakt Objev, návrh a charakterizace nových nepeptidových inhibitorů HIV-1 proteázy RNDr. Milan Kožíšek Školitel : Doc. RNDr. Jan Konvalinka, CSc. PPrraahhaa 22001100 Katedra biochemie Přírodovědecká fakulta Karlova univerzita, Praha, Česká republika Ústav organické chemie a biochemie Gilead Sciences & IOCB Research Centre Akademie věd České republiky 3 Abstrakt HIV-1 proteáza je aspártátová proteáza, jejíž aktivita je nezbytná v životním cyklu viru HIV. Je odpovědná za štěpení virových polyproteinů na strukturní proteiny a enzymy během zrání viru. Inhibice tohoto enzymu vede k tvorbě nezralých a tedy neinfekčních virových částic. Uvedení proteázových inhibitorů na trh dramaticky změnilo úspěch léčby retrovirové infekce. Množství viru v krevní plazmě pokleslo pod zjistitelnou úroveň a vývoj nemoci se výrazně zpomalil. Nicméně se začala vyvíjet rezistence k inhibitorům. První proteázové inhibitory vykazovaly nízkou biodostupnost, měly řadu nežádoucích účinků a snadno k nim byla vyvíjena rezistence. Aby se předešlo těmto nežádoucím jevům, byly a jsou stále vyvíjeny inhibitory druhé generace. Pochopení mechanismu, kterým rezistence vůči určitému inhibitoru vzniká, je velmi důležité při vývoji nových antiretrovirotik i při klinické léčbě. Kvůli vznikající rezistenci je stále nutné...
|
host ::
RSS.