|
|
Analýza genových produktů vznikajících v důsledku alternativního sestřihu pre-mRNA a jejich význam v onkogenezi karcinomu prsu.
Hojný, Jan ; Kleiblová, Petra (vedoucí práce) ; Malík, Radek (oponent) ; Boušková, Veronika (oponent)
Karcinom prsu je celosvětově nejčastěji diagnostikované nádorové onemocnění u žen. V 5-10 % všech případů je pozorována genetická souvislost, obvykle způsobená patogenní mutací v některém z predispozičních genů. Ačkoliv byla řada poškozujících mutací v kódující sekvenci těchto genů popsána, u velkého procenta familiárních případů (> 50 %) nebyla příčina dosud nalezena. Řada identifikovaných patogenních mutací byla lokalizována v konsenzních sestřihových místech, které mají za následek vznik aberantních sestřihových forem mRNA a z nich se odvíjející poškozené proteiny. Málo je však známo o variantách poškozujících regulační sestřihová místa, která mohou vést k tvorbě obdobných forem mRNA. Pro nepřímou analýzu variant, ovlivňujících přirozený sestřih, jsme navrhli metodiku detekce sestřihových variant jakéhokoliv genu založenou na multiplexní PCR a následné analýze pomocí NGS s vysokou citlivostí. Ověření této metodiky na modelu BRCA1 odhalila přítomnost 94 sestřihových variant v leukocytech periferní krve, zdravé prsní a přilehlé tukové tkáni, čímž byl vytvořen dosud nejpodrobnější katalog fyziologicky se vyskytujících mRNA variant BRCA1. Nejčastěji se vyskytující varianty, zachovávající čtecí rámec, byly přesně kvantifikovány pomocí RT-qPCR, která odhalila přítomnost 6 ubikvitně se vyskytujících...
|
|
|
Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu
Chmelařová, Žaneta ; Kleiblová, Petra (vedoucí práce) ; Brynychová, Veronika (oponent)
Diplomová práce Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu se zabývá současnou závažnou problematikou karcinomu prsu z pohledu genetické predispozice. Karcinom prsu (C50) patří mezi nejčastěji se vyskytující nádory u žen. Každoročně je toto onemocnění diagnostikováno více než 7000 ženám a mortalita v ČR dosahuje téměř 2000 případů. Z celkového počtu pacientů s diagnózou karcinomu prsu je přítomna asi u deseti procent pacientů vrozená mutace v některém z predispozičních genů způsobujících výrazně zvýšené riziko vzniku nádorového onemocnění. Na jejich vzniku se ve více než v polovině případů podílejí zárodečné mutace genů BRCA1 nebo BRCA2, ostatní tvoří řada dalších genů, např. tp53, CDH1, PTEN, STK11, ATM, PALB2, CHEK2.Včasná diagnostika a identifikace osob se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu prsu má klíčový význam pro jejich zařazení do preventivních programů. Diplomová práce se tedy zaměřuje na testování genů, které nádorové onemocnění mohou způsobovat. V práci bylo analyzováno 219 známých a kandidátních predispozičních genů v souboru 263 neselektovaných pacientek s karcinomem prsu pomocí cíleného panelového NGS, platforma Illumina. Vybrané identifikované suspektní varianty byly dále konfirmovány pomocí Sangerova sekvenování. Předmětem práce je také mutační analýza rozšířeného souboru 1033...
|
|
| |
|
|
Sekvenování nové generace, jeho principy a aplikace pro studium lidských nádorových onemocnění
Chmelařová, Žaneta ; Kleiblová, Petra (vedoucí práce) ; Koudelková, Lenka (oponent)
Moderní technologie, v čele se sekvenováním nové generace (NGS), mění řádově rychlost získávání genetických dat při odhalování genetických příčin vyvolávajících různá lidská onemocnění. Tím umožňují také změnu přístupu ke studiu a léčbě lidských nádorových onemocnění, která můžeme z řady důvodů chápat také jako onemocnění genetická. Práce si klade za cíl zmapovat vývoj sekvenačních metod DNA se zaměřením na NGS. Popisuje základní poznatky vedoucí ke vzniku současných sekvenačních postupů a jejich chemické, fyzikální a biologické principy. Ve stručnosti uvádí přehled způsobu zpracování získaných sekvenačních dat, jejich analýzy a využití postupů, které slouží pro predikce významu nalezených sekvenčních variant. Na vybraných příkladech demonstruje hlavní aplikace NGS v onkogenetické problematice, mezi které patří charakterizace somatických genetických změn u sporadických nádorů a identifikace hereditárních patogenních variant v nádorových predispozičních genech u nádorů dědičných. Tím ukazuje, jak jsou poznatky a použití metod NGS zaváděny do klinického výzkumu a lékařské praxe. Klíčová slova: DNA, PCR, sekvenování nové generace, třetí generace sekvenování, genové mapování, genová anotace, dědičné nádory, nádorová onemocnění
|
|
|
Úloha tukové tkáně v regulaci inzulínové senzitivity během těhotenství
Kleiblová, Petra ; Calda, Pavel (vedoucí práce) ; Dostálová, Ivana (oponent) ; Čechák, Petr (oponent)
21 tukem a v p ípad nepituitární produkce p sobí jako cytokin. U prolakcinu byly v letošním roce mimo jeho primárních funkcí spojených s p ípravou mammy na laktakci popsány také jeho účinky na ß-bu ky pankreatu, kde bylo po jeho p sobení popsáno zvýšení počtu t chto bun k i zvýšení sekrece inzulínu. Dále jsme na námi vyšet ovaném souboru porozovali výraznou (14,93x) a statisticky signifikantní (P=0,008) downregulaci jeho genové exprese ve visc. tuku u žen s GDM-I. Tyto lokální zm ny exprese ve viscerální tukové tkáni ovšem nekorelovaly s celkovými koncentracemi prolaktinu v mate ském organizmu, což podporuje spíše domn nku o jeho parakrinním p sobení v p ípad periferní produkce. P ímé účinky PRL na zralé adipocyty nebyly dosud uspokojiv popsány. LDLR je receptor pro LDL partikule (OMIM 606945). Exprese LDLR byla v námi vyšet ovaném souboru proti zdravým t hotným v s.c. tuku signifikantn zvýšena u žen s GDM-I i GDM-D (P=0,008, resp. P=0,003). Zvýšení LDLR v s.c. tukové tkáni p i GDM m že být časnou známkou nedostatečného zásobení adipocyt s.c. tukové tkán glukózou, které je kompenzováno zvýšenou poptávkou adipocyt po lipidech získávaných jejich redistribucí cestou lipoprotein syntetizovaných v játrech. 6 SOUHRN Dizertační práce se zabývá studiem možného podílu tukové tkán na ovlivn ní inzulínové senzitivity...
|
host ::
RSS.