|
|
Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Karmazinová, Inna ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
|
|
|
Automatické zarovnání CT skenu hlavy
Karmazinová, Inna ; Kolář, Radim (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Práce se zabývá automatickým zarovnáním CT skenu hlavy. V současné době je zarovnávání prováděno manuálně zaškoleným personálem, tento proces je však časově náročný, a tak existuje snaha o zautomatizování tohoto procesu. V prostředí MATLAB byly navrženy a implementovány dvě metody pro zarovnání CT skenu hlavy v axiální a koronální rovině využívající bilaterální symetrie hlavy. Dále byla vytvořena metoda pro zarovnání sagitální roviny s využitím CG-TOB referenční přímky pro detekci rotačního úhlu. Tyto přístupy byly otestovány a validovány na databázi manuálně anotovaných CT skenů hlavy.
|
|
|
Automatické zarovnání CT skenu hlavy
Karmazinová, Inna ; Kolář, Radim (oponent) ; Jakubíček, Roman (vedoucí práce)
Práce se zabývá automatickým zarovnáním CT skenu hlavy. V současné době je zarovnávání prováděno manuálně zaškoleným personálem, tento proces je však časově náročný, a tak existuje snaha o zautomatizování tohoto procesu. V prostředí MATLAB byly navrženy a implementovány dvě metody pro zarovnání CT skenu hlavy v axiální a koronální rovině využívající bilaterální symetrie hlavy. Dále byla vytvořena metoda pro zarovnání sagitální roviny s využitím CG-TOB referenční přímky pro detekci rotačního úhlu. Tyto přístupy byly otestovány a validovány na databázi manuálně anotovaných CT skenů hlavy.
|
|
|
Přímé sestavování genomových signálů ze sekvenace nanopórem
Karmazinová, Inna ; Maděránková, Denisa (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Bakalářská práce se zabývá hledáním překryvů mezi signály ze sekvenace nanopórem z přístroje MinION verze R9. Teoretická část se věnuje metodám sestavování genomu – hladovým algoritmům, dále grafovým overlap-layout-consensus (OLC) a de Bruijnovým grafům. Novým přístupem je sekvenování nanopórem a sestavování genomu z těchto dat. Oxford Nanopore Technologies představili přístroj MinION, který zjednodušuje sekvenování s využitím změny proudu při průchodu DNA nanopórem. Chybovost přístroje je stále vysoká, problém nastává při překladu signálu do nukleotidů. S využitím rozdílového signálu, případně i dynamického borcení časové osy, je možné nalézt překryvy mezi jednotlivými signály. Sestavování genomu s využitím původního signálu z MinION, by mohlo zlepšit přesnost metody.
|
host ::
RSS.