|
|
Porovnání výkonnosti potomstva belgického ovčáka malinois po domácích a zahraničních plemenících
KAMENÍK, Zdeněk
Tato diplomová práce se zabývá porovnáním výkonnosti potomstva belgického ovčáka malinois po domácích a zahraničních plemenících. V literárním přehledu popisuje historii a současnou podobu Mezinárodního zkušebního řádu IPO, chovu belgického ovčáka v Čechách a ve světě. Popisuje kompletní charakteristiku belgického ovčáka, jako je stavba těla, tělesné proporce, životní nároky a následně se zabývá vlivy působící na sportovní výkonnost psů, metodami plemenitby a šlechtění psů a sleduje nejčastější zdravotní problémy v chovu belgického ovčáka. Ve vlastní práci jsou analýzy výkonnosti potomků po domácích a zahraničních plemenících na pozici otce i otce otce (děda) na mistrovství ČR BO, mistrovství České republiky IPO. Byly sledovány údaje o počtu jedinců na konkrétních soutěžích ve sledovaných letech 2012 - 2018. Dále byli z hlediska otců a dědů hodnoceni psi umístění od 1. do 10. místa na MČR IPO i na MČR BO. Podrobným sledováním a analýzou bylo zjištěno, že více jsou ke sportovní kynologii využíváni psi po zahraničních plemenících v původu, ať už jde o otce nebo psa na pozici děda. Bylo zjištěno, že na MČR IPO se umístili do desátého místa psi, kteří měli v původu 64 % zahraničních plemeníků a 36 % plemeníků českého chovu. Na mistrovství ČR BO byli plemeníci umístěných psů v poměru 65 % zahraničních a 35 % domácích jedinců. Nejlepšími zahraničními plemeníky byli Da´Eder vom der Brunnenstad a Solero des Teutones. Mezi nejlepší domácí plemeníky patřili Jaguar de Alphaville Bohemia.
|
|
|
Role F420-dependentních oxidoreduktáz u aktinobakterií
Kekrt, Lukáš ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Palyzová, Andrea (oponent)
je neobvyklý kofaktor účastnící se oxidoredukčních reakcí v buňkách některých mikroorganismů. Role závislých oxidoreduktáz byla obsáhle popsána případě centrálního metabolismu archea, zejména methanogenů. Naproti tomu aktinobakterií je naše znalost o těchto enzymech velmi omezená. Tato práce se zabývá charakterizací vybraných oxidoreduktáz aktinobakterií rodiny hydridových transferas odvozených od luciferas, u kterých se předpokládá, že využívají kofaktor F . Konkrétně se jedná o biosyntetické proteiny Apd6 a jejich sekvenční homology. Byly připraveny a purifikovány tři rekombinantní proteiny, jejichž enzymová aktivita byla testována v přítomnosti a souboru hypotetických substrátů prostřednictvím reakcí. Produkty reakcí byly monitorovány pomocí kapalinové chromatografie s UV a hmotnostně spektrometrickou detekcí. Prostřednictvím reakcí byly detekovány některé z očekávaných reakčních produktů a odpovídající proteiny tedy byly katalyticky aktivní. Jeden z proteinů překvapivě vykázal neobvyklou reakční specifitu. Klíčová slova: specializovaný metabolismus, aktinobakterie, kofaktor , oxidoredukční reakce, reakční specifita, 4 prolinové deriváty.
|
|
|
Bioinformatický nástroj pro analýzu genových okolí
Hřebíček, Ondřej ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Větrovský, Tomáš (oponent)
Vyhledávání nových klastrů biosyntetických genů (BGC), zejména v Aktinobakteriích, je klíčové pro vývoj nových antimikrobiálních látek i dalších biologicky aktivních sloučenin odvozených od specializovaných metabolitů bakterií. Softwary pro vyhledávání BGC, které nejsou závislé na databázích publikovaných BGC, jsou v současnosti velmi limitovány. Tento typ softwarů však poskytuje výhody oproti přístupům, které těchto databází využívají. V této práci prezentuji bioinformatický nástroj, který sjednocuje funkce z několika dalších databáze-nevyužívajících bioinformatických nástrojů do jednoho. Tento software poskytuje plně interaktivní grafické rozhraní. Software využívá výstupu NCBI BLASTu k nalezení kódujících sekvencí homologů proteinů, podle kterých lze daný BGC identifikovat. Software následně zobrazuje výsledky v rámci uživatelského rozhraní, které uživateli umožňuje data dále analyzovat. Spolehlivost softwaru byla testována vyhledáváním subklastrů, kódujících biosyntézu 4-alkyl-L-prolinových prekurzorů odvozených od L-tyrosinu nebo L-leucinu. Během testování byl software schopen najít 120 ze 121ti ručně-nalezených subklastrů L-tyrosinové dráhy a 131 předpokládaných subklastrů L-leucinové dráhy, čímž byla potvrzena jeho spolehlivost. Většina z nalezených subklastrů L-leucinové i L- tyrosinové...
|
|
| |
|
|
Liquid Chromatography Methods for Analysis of Actinomycete Secondary Metabolites - Potential Antibiotics
Kameník, Zdeněk ; Nesměrák, Karel (vedoucí práce) ; Cvačka, Josef (oponent) ; Bosáková, Zuzana (oponent)
(CZ) Tato disertační práce obsahuje vědecké výsledky dosažené v oboru analytické chemie, konkrétně kapalinové chromatografie. Většina těchto výsledků byla uveřejněna v prestižních zahraničních časopisech v pěti publikacích. Navíc obsahuje práce některé významné, dosud nepublikované výsledky. Z obecného pohledu přispěla tato práce k současným snahám vynakládaným za účelem objevu nových antibiotik. Konkrétně byly v rámci této práce využity techniky vysokoúčinné kapalinové (HPLC) a ultra-vysokoúčinné kapalinové chromatografie (UHPLC) pro analýzu antibiotik a sekundárních metabolitů aktinomycet. První tematický okruh popisuje vývoj metod kapalinové chromatografie pro analýzu prekurzorů linkomycinu a jejich analogů a derivátů linkomycinu. Metody byly využity pro studium biosyntézy antibiotika linkomycinu a pro získání účinnějších derivátů linkomycinu pomocí mutasyntézy. Druhý tematický okruh je věnován alternativním přístupům pro analýzu antibiotik. Chromatografické kolony s povrchově porézními částicemi byly porovnány s kolonami obsahujícími částice menší než 2 μm. Kolony s povrchově porézními částicemi, které jsou kompatibilní s HPLC, se ukázaly být vhodnou alternativou k druhému uvedenému typu kolon, který lze využít pouze pro UHPLC. Toto zjištění však platí pouze pro analýzu tetracyklinů v kyselých...
|
|
|
Vývoj miniaturizované extrakční metody pro screening netěkavých nitrososloučenin ve sladu pomocí GC-NCD
Malečková, Michaela ; Sobotníková, Jana (vedoucí práce) ; Kameník, Zdeněk (oponent)
V této práci byla vyvinuta miniaturizovaná extrakční metoda pro rychlý screening netěkavých nitrososloučenin ve sladu pomocí plynové chromatografie s chemiluminiscenční detekcí specifickou pro nitrososloučeniny. Podle výsledné metody, byly vzorky připravovány extrakcí namletých sladových zrn ve směsi rozpouštědel pyridinu a acetonitrilu v poměru 60:40 (v/v). Pro zvýšení těkavosti stanovovaných analytů následovala dvoukroková derivatizace pomocí hexamethyldisalazanu a N,O-bis(trimethyl)-trifluoroacetamidu. Celkový objem vzorků činil 200 l a čas přípravy vzorků po optimalizaci činil 80 min. Extrakční metoda byla spojena s klasifikační metodou, která chromatografické píky rozdělila do skupin N-nitrososloučenin, C-nitrososloučenin a interferujících látek. Po aplikaci obou metod na reálné vzorky sladu byly vytipovány konkrétní chromatografické píky C-nitrososloučenin a N-nitrososloučenin, jejichž vlastnosti a struktura budou studovány v následném výzkumu. Klíčová slova Nitrososloučeniny, slad, extrakce, derivatizace, plynová chromatografie, chemiluminiscenční detektor
|
|
|
Interakce mezi motolicemi rodu Schistosoma a jejich hostiteli na úrovni metabolomu
Kurečka, Martin ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Motolice rodu Schistosoma jsou významní krevní parazité, kteří způsobují v tropických a subtropických zemích závažná chronická onemocnění savců včetně člověka. Léčba těchto onemocnění je problematická, a proto se stále hledají nové molekulární cíle pro vývoj vakcín a účinnějších léčiv. K tomuto účelu je nezbytným předpokladem lepší pochopení interakce mezi parazitem a hostitelem na molekulární úrovni. K porozumění těmto procesům může přispět kvalitativní i kvantitativní studium rozdílů v metabolismu zdravých a infikovaných jedinců pomocí metabolomiky. Práce je rešerší zaměřenou na nízkomolekulární látky v tkáních a tělních tekutinách hostitelů schistosom. Výběr metabolitů je omezen na ty, u kterých byla pozorována změna způsobená alespoň hypoteticky infekcí schistosomami a současně je mechanismus těchto změn v kontextu infekce znám nebo navržen. Součástí práce je také stručný přehled základních metod analytické chemie, které jsou v metabolomice nejčastěji využívány. Klíčová slova: Schistosoma spp; mezihostitel; definitivní hostitel; spektrometrie; metabolomika; nízkomolekulární látky
|
|
|
Biologicky aktivní látky vybraných modelových motolic
Kurečka, Martin ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Mikeš, Libor (oponent)
Motolice (Trematoda) jsou paraziti známí pro svou schopnost manipulovat se svým hostitelem za cílem přežití a reprodukce. Mají složité vývojové cykly, zahrnující mezihostitele, kterým je měkkýš, a definitivního hostitele, kterým jsou obratlovci. Tato práce se zaměřuje na tři medicínsky významné rody motolic: Schistosoma, Fasciola a Opisthorchis. Tato práce je sumarizuje biologicky aktivní nízkomolekulární látky, které parazit moduluje nebo produkuje za cílem manipulace svého hostitele. Výsledkem práce je literární rešerše srovnávající změny trendu koncentrace jednotlivých metabolitů nakažených a nenakažených hostitelů trematod se zaměřením na použitou analytickou metodu. Komplexní analýzou metabolismu biologických vzorků se zabývá metabolomika, která využívá spektroskopické analytické metody, jakými jsou například nukleární magnetická rezonance a hmotnostní spektrometrie spojená s plynovou nebo kapalinovou chromatografií. Součástí práce je také shrnutí významu, vývoje a perspektivy metabolického profilování v parazitologii. Současný výzkum v této oblasti se věnuje převážně obratlovčím hostitelům motolic. Navíc, zatímco u obratlovčích hostitelů je souhrn látek širší, u měkkýších mezihostitelů se studie zaměřovaly na rozdílný typ látek, a to převážně na metalické ionty a aminy. Proto je srovnání...
|
|
|
Ergothionein a mykothiol v biosyntéze linkosamidů
Seidlová, Bára ; Kameník, Zdeněk (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Specializované mikrobiální metabolity jsou popisovány jako nízkomolekulární bioaktivní látky, které svému producentovi neslouží pro růst, vývoj, ani reprodukci. Do této skupiny látek se řadí také linkosamidy, produkované převážně některými druhy bakterií z rodu Streptomyces. Součástí biosyntézy těchto antibiotik jsou mimo jiné dva nízkomolekulární thioly, ergothionein (ESH) a mykothiol (MSH). Mykothiol v této biosyntetické dráze figuruje jako zdroj síry, zatímco ergothionein tvoří s aminooktosovou jednotkou konjugát, který je jakožto substrát neobvyklého kondenzačního enzymu následně schopný vazby s enzymaticky aktivovanou aminokyselinou. Cílem této práce je izolace substrátu enzymu LmbD - linkomycinového biosyntetického konjugátu ESH a aminooktosy. Dalším cílem je pak studovat propojení metabolismu MSH a ESH s biosyntézou linkosamidů, konkrétně linkomycinu, celesticetinu a intervencinu, které jsou produkovány třemi různými kmeny. Bakteriální kmeny byly kultivovány v laboratorních podmínkách a k jednotlivým analýzám byly použity metody kapalinové chromatografie s UV a MS detekcí, jejichž konkrétní parametry byly vyvinuty a optimalizovány v rámci této diplomové práce. Výsledkem této diplomové práce je purifikovaný konjugát ESH s aminooktosovou jednotkou o hmotnosti 1,39 mg a čistotě 71,4 %. Dále se...
|
|
|
Vývoj miniaturizované extrakční metody pro screening netěkavých nitrososloučenin ve sladu pomocí GC-NCD
Malečková, Michaela ; Sobotníková, Jana (vedoucí práce) ; Kameník, Zdeněk (oponent)
V této práci byla vyvinuta miniaturizovaná extrakční metoda pro rychlý screening netěkavých nitrososloučenin ve sladu pomocí plynové chromatografie s chemiluminiscenční detekcí specifickou pro nitrososloučeniny. Podle výsledné metody, byly vzorky připravovány extrakcí namletých sladových zrn ve směsi rozpouštědel pyridinu a acetonitrilu v poměru 60:40 (v/v). Pro zvýšení těkavosti stanovovaných analytů následovala dvoukroková derivatizace pomocí hexamethyldisalazanu a N,O-bis(trimethyl)-trifluoroacetamidu. Celkový objem vzorků činil 200 l a čas přípravy vzorků po optimalizaci činil 80 min. Extrakční metoda byla spojena s klasifikační metodou, která chromatografické píky rozdělila do skupin N-nitrososloučenin, C-nitrososloučenin a interferujících látek. Po aplikaci obou metod na reálné vzorky sladu byly vytipovány konkrétní chromatografické píky C-nitrososloučenin a N-nitrososloučenin, jejichž vlastnosti a struktura budou studovány v následném výzkumu. Klíčová slova Nitrososloučeniny, slad, extrakce, derivatizace, plynová chromatografie, chemiluminiscenční detektor
|
host ::
RSS.