Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 4 záznamů.  Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Základy proteomiky
Harant, K. ; Křenková, Alena
Náplní první části kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. V první části probereme ve zkrácené formě všechny kroky experimentálního postupu od 1) designu experimentu tak, aby byl vhodný pro následnou LC/MS analýzu, 2) přípravy vzorku na příkladech imunoprecipitace a komplexního lyzátu až po 3) možnosti měření pomocí Data Dependent nebo Data Independent acquisition. Součástí kurzu bude i kritické hodnocení kvality naměřených dat. Při vyhodnocení se zaměříme na možnosti zpracování dat ve freeware SW typu MaxQuant a DIAnn. Rovněž Vás stručně seznámíme s komerčními programy – Proteome Discoverer, PEAKS, Spectronaut.Druhá část kurzu bude zahrnovat úvod do statistického zpracování kvantitativních proteomických dat v softwaru Perseus. Důraz bude kladen na pochopení důležitých statistických pojmů (distribuce dat, t-test, ANOVA, p-value, FDR, atd.) a porozumění všem nezbytným krokům statistické analýzy, jako je filtrace dat, normalizace dat, statistické testování, apod. K dispozici budou modelová data, která budou účastníci v rámci kurzu zpracovávat.
Proteomika pro začátečníky
Hubálek, Martin ; Vrbacký, M. ; Křenková, Alena
Náplní kurzu bude úvod do proteomiky s cílem ukázat současné metody a nástroje použitelné k akvizici a vyhodnocení proteomických dat. Ve dvou na sebe navazujících částech kurzu budeme\nklást důraz na interpretaci proteomických spekter, pochopení principů identifikace peptidů a proteinů a kvantifikační postupy. Na praktických příkladech vysvětlíme De-novo sekvenaci peptidů a použití volně dostupných programů MaxQuant a Perseus na identifikaci, kvantifikaci a vizualizaci dat.
Structure and biocatalytic properties of nitrilases from filamentous fungi
Křenková, Alena ; Martínková, Ludmila (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Klempier, Norbert (oponent)
Vláknité houby jsou vedle bakterií bohatým zdrojem nitrilas využitelných pro biotechnologické účely. V databázích lze najít velké množství sekvencí domnělých nitrilas, ale jen málo těchto enzymů bylo exprimováno, purifikováno a charakterizováno. Syntetické geny nitrilas z Aspergillus niger CBS 513.88 a Neurospora crassa OR74A byly navrženy podle sekvencí uložených v databázi GenBank. Tyto geny byly exprimovány v Escherichia coli a získané nitrilasy byly purifikovány a charakterizovány. Také byla studována ko-exprese molekulárních chaperonů s nitrilasami pomocí sady komerčních chaperonových plasmidů. Pro studium strukturních vlastností nitrilas byly použity různé metody, jako je homologní modelování, analytická ultracentrifugace nebo elektronová mikroskopie. Produkce rekombinantních nitrilas byla srovnána s produkcí nativními producenty - vláknitými houbami. Vzhledem k nízké produkci enzymu těmito houbami a jejich obtížné kultivaci se ukázalo být výhodným využití prokaryotického expresního systému. Vliv aminokyselin v blízkosti katalytického cysteinu na aktivitu, chemoselektivitu a enantioselektivitu byl studován pomocí bodových mutací. Vliv určitých aminokyselin v blízkosti katalytického centra enzymu na jeho vlastnosti je podobný i u vzdáleně příbuzných nitrilas, proto je možné katalytické...
Structure and biocatalytic properties of nitrilases from filamentous fungi
Křenková, Alena ; Martínková, Ludmila (vedoucí práce) ; Macek, Tomáš (oponent) ; Klempier, Norbert (oponent)
Vláknité houby jsou vedle bakterií bohatým zdrojem nitrilas využitelných pro biotechnologické účely. V databázích lze najít velké množství sekvencí domnělých nitrilas, ale jen málo těchto enzymů bylo exprimováno, purifikováno a charakterizováno. Syntetické geny nitrilas z Aspergillus niger CBS 513.88 a Neurospora crassa OR74A byly navrženy podle sekvencí uložených v databázi GenBank. Tyto geny byly exprimovány v Escherichia coli a získané nitrilasy byly purifikovány a charakterizovány. Také byla studována ko-exprese molekulárních chaperonů s nitrilasami pomocí sady komerčních chaperonových plasmidů. Pro studium strukturních vlastností nitrilas byly použity různé metody, jako je homologní modelování, analytická ultracentrifugace nebo elektronová mikroskopie. Produkce rekombinantních nitrilas byla srovnána s produkcí nativními producenty - vláknitými houbami. Vzhledem k nízké produkci enzymu těmito houbami a jejich obtížné kultivaci se ukázalo být výhodným využití prokaryotického expresního systému. Vliv aminokyselin v blízkosti katalytického cysteinu na aktivitu, chemoselektivitu a enantioselektivitu byl studován pomocí bodových mutací. Vliv určitých aminokyselin v blízkosti katalytického centra enzymu na jeho vlastnosti je podobný i u vzdáleně příbuzných nitrilas, proto je možné katalytické...

Viz též: podobná jména autorů
1 Krenková, Andrea
3 KŘENKOVÁ, Anna
3 Křenková, Anna
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.