|
|
Identifikace nekódující RNA u Clostridium beijerinckii NRRL B-598 pomocí RNA-Seq dat
Pomykalová, Barbora ; Sedlář, Karel (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje stručný úvod do problematiky nekódujících malých RNA u bakterií (sRNA). Zaměřuje se na jejich vlastnosti a funkce v organismu a to konktrétně pro bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Dále obsahuje popis laboratorních metod pro stanovení genové exprese a navrhuje postup pro identifikaci malých nekódujících RNA z dat získaných metodou RNA-Seq, pro zkoumanou bakterii Clostridium beijerinckii NRRL B-598. V neposlední řadě dochází k implementaci navrženého postupu v prostředí MATLAB a zhodnocení výsledků získaných touto metodou.
|
|
|
Metody predikce sekundární struktury RNA
Polzerová, Nikola ; Musilová, Jana (oponent) ; Jurečková, Kateřina (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce pojednává o sekundární struktuře RNA a konkrétně se zaměřuje na její predikci. Popisuje nejrůznější elementy sekundární struktury a představuje některé metody predikce. V rámci bakalářské práce byly implementovány tři výpočetní metody predikce v programovacím prostředí MATLAB. Konkrétně se jedná o algoritmus Nussinové, Zukerův algoritmus a metodu Crumple. Implementované algoritmy přistupovaly k predikci buď na základě maximalizace bázových párů, nebo minimalizace volné energie. Jejich funkce byla ověřena na vytvořeném datasetu a výsledky byly srovnány se známou sekundární strukturou.
|
|
|
Detekce a filtrace chimér v amplikonové sekvenaci
Heřmánková, Kristýna ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Chimérické sekvence jsou častým artefaktem vyskytujícím se v sekvenačních datech po amplifikaci vzorků polymerázovou řetězovou reakcí. Výskyt těchto artefaktů může výrazně znehodnotit výsledky prováděné analýzy. Proto je detekce a následná filtrace chimérických sekvencí nezbytným krokem ve výpočetním zpracování sekvenačních dat. Součástí této práce je vysvětlení mechanismu vzniku těchto artefaktů a také možnosti omezení jejich výskytu. Cílem této práce je realizace algoritmu pro detekci a filtraci chimér v jazyce R a následné testování úspěšnosti algoritmu na vlastních datech poskytnutých Výzkumným ústavem veterinárního lekařství v Brně.
|
|
|
Gene regulation in Clostridium beijerinckii NRRL B-598
Schwarzerová, Jana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The master’s thesis deals with the study of gene regulatory in Clostridium beijerinckii NRRL B-598 for inference gene regulatory network for C. beijerinckii NRRL B-598. The theoretic part describes basic nomenclature gene regulatory with the main focus on gene regulatory networks nomenclature. Laboratory methods which serve to obtain suitable gene describing express data are described there. These data are based on the study of gene regulatory and inference gene regulatory networks. The thesis is mainly focused on the RNA-Seq technology and brief description of laboratory data which were gathered using the strain C. beijerinckii NRRL B-598. In the practical part of the thesis pre-processing of these raw laboratory data and following gene regulatory research is performed which focuses on inference operons and creating first gene regulatory networks for C. beijerinckii NRRL B-598 using different approaches.
|
|
|
Software pro extrakci genomických dat z GenBank formátu
Jurečková, Kateřina ; Škutková, Helena (oponent) ; Maděránková, Denisa (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce obsahuje literární rešerši na témata databáze GenBank, její nejpoužívanější datový formát gbk a jeho srovnání s dalšími používanými formáty sekvenčních dat. Dále práce popisuje strukturu mitochondriální DNA živočichů a rostlin, u rostlin blíže popisuje i DNA plastidovou. V praktické části se práce zaměřuje na vyhodnocení úspěšnosti automatické extrakce dat z gbk formátu pro celé mitochondriální sekvence pomocí funkce genbankread z Matlabu. A popisuje nově vytvořenou aplikaci na extrakci dat z GenBank souborů. V závěru je tato aplikace využita při analýze mitochondriálních genomů.
|
|
|
Odvození operonových struktur v rámci celogenomové analýzy
Nejezchlebová, Julie ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice odvození operonových struktur a vytvoření softwarového nástroje, který umožní predikci operonových struktur. Nástroj jednak predikuje operony na základě genové expresní informace, ale také upřesní již predikované operony o genovou expresní informaci. Nástroj je testován na bakteriích Escherichia coli BW25113 a Clostridium beijerinckii NRRL B-598. Teoretická část je věnována popisu struktury a funkce operonu, sekvenování genomu, analýze transkriptomu, bakteriím Escherichii coli BW25113, Clostridium beijerinckii NRRL B-598 a již dostupným online nástrojům pro odvození operonových struktur. V praktické části se práce zabývá předzpracováním surových transkriptomických dat, za účelem získání vhodného formátu pro predikci operonových struktur, testováním online nástrojů a samotné implementaci vlastního nástroje.
|
|
|
Hledání korelátů změn tepové frekvence v fMRI datech
Jurečková, Kateřina ; Gajdoš, Martin (oponent) ; Bartoň, Marek (vedoucí práce)
Tato diplomová práce pojednává o problematice hledání korelátů změn tepové frekvence v datech funkční magnetické rezonance. Nejprve je popsán princip funkční magnetické rezonance, vznik BOLD signálu, akvizice dat, jejich předzpracování a analýza. Dále je popsána variabilita tepové frekvence a její vliv na data funkční magnetické rezonance. V praktické části se práce věnuje předzpracování časových průběhů tepové frekvence do podoby využitelné k hledání korelátů mezi variabilitou tepové frekvence a daty získaných z funkční magnetické rezonance pomocí obecného lineárního modelu. Popis postupu při statistické analýze a vyhodnocení získaných výsledků (hledaných korelátů) je provedeno v závěru práce.
|
|
|
Online Database of Bacterial Sequence and Melt Types
Františová, Zuzana ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
The subject of this Master’s Thesis is the creation of a database of known sequence and melt types of pathogenic bacteria and a tool for database management. The method described in this work is a relatively new technique for typing pathogenic bacteria based on the translation of sequence types to the appropriate melt type and uses a translation key, which was created in collaboration with the Center of Molecular Biology and Gene Therapy of the Department of Internal Hematology and Oncology. The content of this Thesis is the creation of space on the database server, retrieval of the necessary data, application of the translation key, creation of GUI, creation of other suitable treatments and extensions, testing, and subsequent analysis of results. The first chapter discusses the most well-known bacterial typing methods, the next chapter is devoted to server-client applications and database tools. The third chapter describes the implementation of the database on the server and the fourth chapter briefly summarizes all the functions of the program. The last chapter then describes the analysis of a new translation key enhancement, which obtained has the working name the halved allele.
|
|
|
Vyhledávání transkripčních motivů u nemodelových organismů
Helešicová, Klára ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Musilová, Jana (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním transkripčních motivů u nemodelových organismů. V první části je vysvětlen proces transkripce, pojem vzájemná informace a algoritmus využívající vzájemnou informaci. V druhé části je popsáno rozdělení metod vyhledávající motivy a příklady algoritmů. Třetí část obsahuje přehled databází transkripčních motivů. Praktická část obsahuje popis vytvoření datasetu pro nemodelový organismus, popis navrženého algoritmu a jeho otestování na datasetu. Následně byly porovnány výsledky navrženého algoritmu s výsledky algoritmů FIRE a MEME.
|
|
|
Výuka Pythonu na ÚBMI FEKT VUT
Jurečková, Kateřina
Předmět Algoritmizace a programování je vyučován v 1. ročníku bakalářského studia na ÚBMI, FEKT VUT. Jeho cílem je osvojení si programovacích návyků, seznámení s programovacím jazykem Python a řešení jednoduchých algoritmizačních úloh. Dále také předmět studenty seznamuje s verzovacím nástrojem Git, který je pak zejména klíčový při vybraných bodovaných aktivitách během semestru jako jsou např. domácí úkoly nebo půlsemestrální test. V rámci nich je Git využíván pro vytváření revizí a odesílání revizí na platformu GitHub, kde následně probíhá ohodnocení daného úkolu pomocí automatických testů. Student tak ihned získává zpětnou vazbu k řešení jeho úkolu a učiteli odpadá nutnost všechny úkoly ručně opravovat. V tomto příspěvku bude představena osnova předmětu Algoritmizace a programování a také systém pro automatické ohodnocení odevzdaného úkolu studenty.
|
host ::
RSS.