|
|
Molekulární simulace vodných roztoků alifatických alkoholů
Peštuka, Martin ; Žídek, Jan (oponent) ; Janeček, Jiří (vedoucí práce)
Cílem této bakalářské práce bylo provést série molekulárně dynamických simulací vodných roztoků alifatických alkoholů v nekonečném zředění. Pro práci s molekulárně dynamickými simulacemi bylo nutné seznámit se s programovým vybavením umožňujícím molekulárně dynamické simulace spustit a poté vyhodnotit. V rámci této práce byly simulovány soubory obsahující 300, 400, 500 a 1000 molekul vody a jednu molekulu alifatického alkoholu. Z výsledků simulací byly určovány změny objemu simulačního boxu spojené s vložením jedné molekuly alkoholu do systému (odpovídající parciálnímu molárnímu objemu) a radiální distribuční funkce mezi jednotlivými páry atomů. Výsledky byly porovnány s experimentálními daty.
|
|
| |
|
|
Vliv kovových iontů na tokové chování roztoků polyelektrolytů
Lišková, Kateřina ; Běťák, Jiří (oponent) ; Janeček, Jiří (vedoucí práce)
Tato diplomová práce je rozdělena na dvě části. První se zabývá studiem reologického chování roztoků sodné soli karboxymethylcelulózy (CMC-Na) v přítomnosti sodných a vápenatých iontů. Roztoky CMC-Na o různých koncentracích byly připraveny rozpouštěním ve vodných roztocích NaCl nebo CaCl2. Byl studován vliv jednomocných a dvojmocných iontů na zdánlivou viskozitu roztoku a viskoelastické vlastnosti. Bylo zjištěno, že vlivem vápenatých iontů při nízkých koncentracích CMC-Na (do 0,5% hm.) dochází k nárůstu elastického charakteru roztoků, přičemž tuhost vzorku roste s koncentrací vápenatých iontů. Tento nárůst by mohl indikovat tvorbu gelové sítě, na druhou stranu viskozita těchto roztoků se snižovala s koncentrací vápenatých iontů. V případě roztoků o koncentracích vyšších než 1,5% hm. nebyly pozorovány změny viskozity vlivem přidaných iontů. Reologické chování bylo porovnáno také s roztoky bez přídavku elektrolytu a s roztoky kyselé formy karboxymethylcelulózy (CMC-H). Ve druhé části byly provedeny molekulárně dynamické simulace tetrameru hyaluronanu sodného a vápenatého ve vodném prostředí. Byla studována struktura a uspořádání molekul vody v okolí hyaluronanového řetězce. Struktura byla popisována pomocí formalismu radiálních distribučních funkcí. Získané výsledky v případě systému obsahující pouze sodné ionty jsou v souladu s dříve publikovanými údaji. Přítomnost vápenatých iontů nezpůsobuje kvalitativní změnu v průběhu radiálních distribučních funkcí oproti systému se sodnými ionty.
|
|
|
Acidobazické chování roztoků karboxymethylcelulózy
Teslíková, Ivana ; Kislinger, Jiří (oponent) ; Janeček, Jiří (vedoucí práce)
Tato práce se zabývá studiem acidobazického chování roztoků sodné soli karboxymethylcelulózy (CMC-Na). Acidobazické chování karboxymethylcelulózy bylo studováno pomocí acidimetrických titrací roztoků CMC-Na s potenciometrickou a konduktometrickou indikací. Pomocí metody Raye von Wandruszky navržené pro určení obsahu kyselých skupin v huminových látkách byl stanoven obsah karboxylových skupin ve dvou vzorcích CMC-Na lišících se molární hmotností a stupněm substituce (M1=90 kDa, DS1=0,7; M2=700 kDa, DS2=0,9). Stupně substituce zjištěné pomocí modifikované von Wandruszkovy metody vycházejí mírně nižší než hodnoty deklarované výrobcem. Tento rozdíl je možno připsat obsahu vlhkosti ve vzorcích. Dále byly prováděny acidimetrické titrace s potenciometrickou indikací v prostředí o různé iontové síle. Přestože vliv rostoucí iontové síly na průběh titračních křivek je patrný, nebylo možné tyto výsledky použít k teoretické interpretaci.
|
|
|
Stanovení obsahu kyselých skupin v huminových látkách
Kabeláčová, Kateřina ; Sedláček, Petr (oponent) ; Janeček, Jiří (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá srovnáním tří metod určených pro stanovení kyselosti huminových látek. Srovnávali jsme barytovou metodu, navrženou ke stanovení celkové míry kyselosti, acetátovou metodu, určenou k zjištění obsahu karboxylových skupin, a von Wandruszkovu metodu využívající konduktometrickou indikaci. Poslední z metod by měla vést ke stanovení všech skupin, které disociují při pH>12. Srovnání bylo prováděno na celkem 4 vzorcích huminových kyselin izolovaných pomocí dvou různých postupů z rašeliny a lignitu. Zatímco rozdíly v hodnotách kyselosti získaných pomocí barytové a acetátové metody jsou snadno vysvětlitelné, hodnoty získané pomocí von Wandruszkovy metody vycházejí cca. poloviční v porovnání s výsledky acetátové metody a téměř desetinné v porovnání s výsledky barytové metody. V případě barytové i von Wandruszoky metody jsme navíc pozorovali citlivost výsledků k délce stanovení. Teoretická část je věnována huminovým látkám, jejich charakteristice, rozdělení, vzniku, struktuře a využití. Poslední část teoretické části je věnována použitým metodám.
|
|
| |
|
|
Hydration of biomolecules
Flimel, Karol ; Janeček, Jiří (oponent) ; Kučerík, Jiří (vedoucí práce)
The aim of this thesis was to apply methods of thermal analysis (differential scanning calorimetry and termogravimetry) to study kinetics of water evaporation from hyaluronan. This approach allowed to determine the changes of desorption energies in the course of evaporation and consequently helped to improve the understanding of the hyaluronan hydration. Thermoanalytical methods in combination with model-free kinetics previously suggested by Ozawa were used to determine kinetic parameters of studied processes. Results confirmed previous knowledge about the content of water located in primary hydration shell of hyaluronan, i.e. concentration range from 0.4 – 0.8 g of water per 1 g of hyaluronan. Further, it was found out that during the evaporation in this concentration range, the hyaluronan gel, stabilized probably by hydrogen bonds, is formed.
|
|
|
Uncoupling of DNA restriction and DNA translocation functions of the Type I restriction modification enzyme EcoR124I
Šišáková, Eva ; Weiserová, Marie (vedoucí práce) ; Janeček, Jiří (oponent) ; Janščák, Pavel (oponent)
4 Lívery l. Miestne cielenou mutagerÉzousme pripravili kolekciu Ínutantovsjednou substitrlciou konzervovanýchaminokyselinových zvyškov v motívochII a III v N.ÍerminálnejónÉne podjednotkyHsdRenzymuEcoRl24I:Dl5lA, El65A, El65D, EI65IIadK167A. r Pozitívnym a negativnym komplementďným tostonrilr ylvo sme zistili' Že všet$ mutantyprejavili fenoýp ťď. r Test restrikcie DNA ',?vjrro potvrdil výsledky in vivo testov,Že Žiadnyz mutantov nebolschopníštiepiťplazmidovúDNA nalineá'muforrnu. r TestviizbovostiDNA (EMSA) neodhalilžiadnevýznamrÉrozďely medzidivolcým a mutantnýmienzýmamiv schopnostiviazaťDNA. r Metóda na meranieATPázovej aktivity,zaloŽeruínapoužitíproteínuviaŽúcehgfosfáL ukázalu Že substituciev motíveII a Itr u váčšinymutantovspÓsobila virc než2. nrásobnúredukciu hydrolýzy ATP. Mutant Kl67A bol jeďný' ktoý prejavil aktivifu porovnatelhús divolcýmenzýmom. r Translokačnýprocesbol analyzovanýdisociácioutriplexu na stopped.fbw fluorimetri a pornocoumagnetickejpinzeý. obe techniky ukázali zntženétranslokďnérýchloati mutantov,rozdiely medzi mutantamia divohým enzýmom boli ešteýraznejšie pri merani na magrretickej pinzete. Pozorovali sme takztiez zmenerrú procesivih1iniciáciua bimoďílnudistribúciuRl ýchlostí. 2. Aminokyselinovézvyšlry Q a Y v motíveQxxxY podjednotkyHsdR boli substituované...
|
|
| |
|
|
Restrikčně-modifikační enzymy Typu I - identifikace pomocí dvourozměrné elektroforesy a studium fosforylace podjednotek Hsd.
Cajthamlová, Kamila ; Weiserová, Marie (vedoucí práce) ; Janeček, Jiří (oponent) ; Pospíšek, Martin (oponent)
107 7. Závěr 1. Vytvořili jsme podmínky pro dělení a identifikaci všech tří podjednotek Hsd R-M enzymů Typu I EcoKI a EcoR124I na dvourozměrném gelu. Optimalizovali jsme podmínky dělení těchto enzymů v nerovnovážném gradientu pH (NEPHGE) v prvním rozměru 2D-PAGE na pozadí celkových proteinů buněčného extraktu. Tento systém nám v budoucnu umožní provést detailnější studie exprese a postranslační modifikace R-M enzymů Typu I v závislosti na různých fyziologických podmínkách a v souvislosti celkové buněčné proteinové exprese. 2. Využití tohoto systému v primárních pokusech odhalilo existenci dvou isoforem podjednotky HsdR systému EcoKI lišících se velikostí náboje. Usoudili jsme, že jedna z těchto isoforem by mohla být posttranslačně modifikována. 3. Sledování fosforylace zástupců tří skupin R-M enzymů Typu I EcoKI (skupina IA), EcoAI (skupina IB) a EcoR124I (skupina IC), na základě imunoprecipitačních analys kmenů E. coli produkujících tyto enzymy, prokázalo fosforylaci enzymu EcoKI na podjednotce HsdR. Podjednotky HsdM ani HsdS enzymu EcoKI fosforylovány nejsou. Žádná z podjednotek Hsd systémů EcoAI a EcoR124I také fosforylována nebyla. 4. Podjednotka HsdR enzymu EcoKI je fosforylována in vivo pokud je součástí komplexní REasy EcoKI. Samotná HsdR, bez současné exprese HsdM a HsdS, kdy se netvoří funkční...
|
host ::
RSS.