|
|
Interakce malých molekul s proteiny in silico
Kučera, Tomáš ; Korábečný, Jan (vedoucí práce) ; Jampílek, Josef (oponent) ; Holas, Ondřej (oponent)
Výpočetní metody nacházejí stále širší uplatnění v biomedicínském výzkumu včetně výzkumu toxikologického. Využívají se zejména k hledání nových molekul pro kon- krétní farmakologický cíl nebo k optimalizaci vlastností známých biologicky ak- tivních molekul. Hlavními uplatňovanými metodami jsou v těchto oblastech mo- lekulární dokování a molekulární dynamika. Metodami virtuálního screeningu byly hledány nové reaktivátory butyrylcho- linesterasy inhibované nervově paralytickými látkami, které by byly aplikovatelné v profylaxi i terapii otrav. Kombinací technik semiflexibilního a flexibilního dokování byly navrženy dvě nové látky, které by měly specificky reaktivovat inibovanou bu- tyrylcholinesterasu. Dále byl proveden virtuální screening inhibitorů cyclophilinu D, které by měly soužit jako léčiva Alzheimerovy nemoci. Na základě dostupnosti velkého množství krystalografických dat bylo rozhodnuto o využití farmokoforu pro primární screening rozsáhlé databáze malých látek. Molekulové dokování bylo využito až ve druhé fázi hledání. Zároveň byl kladen důraz na fyzikálně chemické vlastnosti molekul. Byly nalezeny čtyři látky, které by měly být inhibitory cyclophilinu D biodostupnými v centrálním...
|
|
| |
|
| |
|
|
Voltammetric Techniques for Analysis in a Single Drop of a Solution
Gajdar, J. ; Goněc, T. ; Jampílek, J. ; Brázdová, Marie ; Bábková, Zuzana ; Fojta, Miroslav ; Barek, J. ; Fischer, J.
This contribution describes miniaturization of voltammetric methods and some of the main problems caused by reducing the sample volume to 20 mu L. This study was carried out in dimethyl sulfoxide solutions and buffered aqueous solutions with 10% DMSO at a glassy carbon electrode. A novel antibiotic agent, 1-hydroxy-N-(4-nitrophenyl) naphthalene-2-carboxamide, was used as a model substance. This analyte was determined by cathodic and anodic voltammetry. Elimination of the negative influence of dissolved oxygen was performed in various manners. Two most effective methods were square wave voltammetry that can be used in the presence of dissolved oxygen and removal of oxygen in a microcell with nitrogen atmosphere inside.
|
|
| |
|
|
Vztah mezi strukturou a biologickou aktivitou nových modulátorů acetylcholinesterasy
Komlóová, Markéta ; Doležal, Martin (vedoucí práce) ; Kuneš, Jiří (oponent) ; Jampílek, Josef (oponent)
Univerzita Karlova v Praze, Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra: Katedra farmaceutické chemie a kontroly léčiv Řešitel: Mgr. Markéta Komlóová Školitel: prof. PharmDr. Martin Doležal, Ph.D. Název disertační práce: Vztah mezi strukturou a biologickou aktivitou nových modulátorů acetylcholinesterasy Práce se zabývá přípravou periferně působících inhibitorů acetylcholinesterasy jako potenciálních léčiv onemocnění myasthenia gravis. Tyto látky mohou být použity také jako profylaktika před otravou ireverzibilními inhibitory AChE. Dokáží obsadit aktivní místo enzymu a zabránit tak přístupu ireverzibilního inhibitoru. Požadavky na vlastnosti těchto látek byly dostatečná inhibiční účinnost (k porovnání byly vybrány standardy používané v současné době v terapii myasthenia gravis), dostatečně selektivní působení proti AChE a nesnadná prostupnost hematoencefalickou barierou pro snížení případných nežádoucích účinků. Bylo připraveno celkem šest sérií biskvartérních sloučenin. In vitro byla stanovena jejich inhibiční účinnost proti lidské erytrocytální popř. rekombinantní AChE a lidské plazmatické BChE. V rámci každé série byla na základě získaných hodnot provedena studie vztahů mezi strukturou a účinkem. Podařilo se připravit několik sloučenin, které prokázaly nezanedbatelný inhibiční potenciál. Tyto...
|
|
|
Testování potenciálních ligandů konstitutivního androstanového receptoru CAR
Zadák, Vojtěch ; Pávek, Petr (vedoucí práce) ; Jampílek, Josef (oponent)
Univerzita Karlova v Praze Farmaceutická fakulta v Hradci Králové Katedra farmakologie a toxikologie Kandidát: Mgr. Vojtěch Zadák Školitel: Doc. PharmDr. Petr Pávek, Ph.D. Název rigorózní práce: Testování potenciálních ligandů konstitutivního androstanového receptoru CAR Rok dokončení: 2010 Konstitutivní androstanový receptor - CAR je zástupcem nukleárních receptorů, které tvoří superrodinu ligandem-aktivovaných transkripčních faktorů ovlivňujících expresi cílových genů. V minulém desetiletí byl CAR studován především v souvislosti s indukcí biotransformačních enzymů léčivy nebo jinými xenobiotiky, ale v posledních několika letech se výzkum soustřeďuje i na jeho funkci v hormonální, lipidové a energetické homeostáze. Nedávno byly odhaleny důležité metabolické funkce CAR, které mohou z tohoto "xenobiotického receptoru" vytvořit nový terapeutický cíl z hlediska terapie diabetu II. typu, obezity a dyslipidémie. Cílem této experimentální rigorózní práce bylo testování potenciálních ligandů lidského CAR (hCAR) ze zadané skupiny 16 látek definované struktury. Za použití metod gene reporter assay, two-hybrid assay a one-hybrid assay jsme testovali tuto skupinu z hlediska interakce s hCAR. Výsledky experimentů prokázaly, že čtyři z těchto látek jsou ligandy - agonisté hCAR. Nejvýraznější interakce s hCAR...
|
|
| |
host ::
RSS.