|
|
Replication of Merkel cell polyomavirus (MCPyV) in human cell lines
Bučková, Alžbeta ; Saláková, Martina (vedoucí práce) ; Huerfano Meneses, Sandra (oponent)
Polyomavírus Merkelových buniek (MCPyV) je jediný ľudský polyomavírus označovaný ako pravdepodobne karcinogénny pre ľudí a je kauzálnym faktorom zriedkavého kožného karcinómu Merkelových buniek v približne 80% prípadov. Okrem kože bol tento vírus detegovaný v rôznych tkanivách po celom tele. Napriek tomu ideálny modelový systém stále chýba. V tejto diplomovej práci sú študované tri izoláty MCPyV získané zo zdravej ľudskej kože. Tieto izoláty majú mutácie - jeden má mutáciu v LT-kódujúcom géne, jeden má preskupený nekódujúci kontrolný región (NCCR) a jeden je zhodný s referenčným MCPyV izolátom R17b. Replikačné kapacity týchto troch izolátov boli študované so zameraním na vplyv preskupeného NCCR a mutácií na replikáciu MCPyV genómu in vitro po transfekcii. Výsledky ukazujú, že preskupenie v NCCR a mutácie v proteín-kódujúcich génoch majú vplyv na replikáciu MCPyV v 293 bunkách. Predbežné dáta ukazujú, že preskupenie v NCCR negatívne ovplyvňuje replikáciu MCPyV ale niektoré mutácie v proteín kódujúcich génoch môžu mať pozitívny vplyv na množstvo replikovanej DNA. Žiadny z izolátov sa nereplikoval v 293T bunkách. Ďalšia časť tejto práce je zameraná na replikáciu MCPyV izolátov v normálnych ľudských dermálnych fibroblastoch (NHDF), ktoré boli identifikované ako preferenčne infikované bunky MCPyV v...
|
|
|
Negative regulation of the IFI16 and cGAS DNA sensing pathways
Muhič, Samra ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Kanwal, Madiha (oponent)
DNA senzory jsou molekuly schopné detekovat DNA a důležitým nástrojem vrozené imunity. Stojí na počátku různých signálních drah, kdy jednou z nich je produkce interferonů, které navozují jednak tzv. proti-virový stav a zároveň chrání buňky od nebezpečí netýkajících se patogenů. Nejméně čtrnáct DNA senzorů bylo doposud objeveno, mezi nimi - IFI16 a cGAS. Oba signalizují pomocí adaptorového proteinu STING, což vede k produkci interferonu typu I. Všechny tři tyto molekuly (cGAS, IFI16, STING) podléhají striktní regulaci buď ze strany vlastních buněk k zabránění přehnané imunitní reakce, nebo ze strany virů k útěku před imunitním systémem. Tato práce se zaměřuje na mechanismy negativné regulace těchto tří molekul, do nichž patří: post-translační modifikace jako např. fosforylace, ubiquitinace, SUMOylace, acetylace a metylace; protein-proteinové interakce; degradaci proteasomálním systémem nebo autofagií. Není překvapivé, že viry kódují proteiny schopné negativně regulovat interferonovou odpověď, např. některé proteiny herpes virů interagují s cGAS, IFI16 nebo STING a brání jejich aktivaci nebo způsobují jejich degradaci. Jiné proteiny herpes virů navozují degradaci mRNA senzorů či jejich adaptoru. Faktor proteázy dengue viru NS2B degraduje cGAS stejně jako virová proteáza viru hepatitidy B, E7 protein...
|
|
|
Interakce malých DNA virů a jaderných tělísek PML
Lovtsov, Alexey ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Kadlečková, Dominika (oponent)
Tato práce se zaměřuje na mnohostranné interakce mezi malými DNA viry a PML NBs. PML NBs jsou bezmembránová jaderná tělíska, jejichž trvalou nebo přechodnou součástí je více než 170 proteinů. Mezi ty trvalé patří např. proteiny PML, Daxx a Sp100. Podstatnou vlastnosti mnoha proteinů PML NBs je to, že podléhají SUMOylaci. Kromě funkcí v regulaci apoptózy a genové exprese, remodulaci chromatinu a odpovědích na poškození DNA se tyto struktury podílejí i na antivirové obraně buňky. Viry naopak vyvíjely různé strategie, jak mařit restrikční působení PML NBs, nebo dokonce, jak zneužívat některé jejich složky pro posílení infekce. Je pravděpodobně, že PML NBs mají v určitých případech významnou roli ve virové infekci, ale modely takových procesů jsou zatím neúplně vyřešené a v některých kontextech kontroversní. Některé proteiny adenovirů interagují se složkami PML NBs, aby zabránily negativním dopadům PML NBs na transkripci a replikaci. Naopak genomy papilomavirů se zdají být chráněny PML NBs před degradací po vstupu do jádra a během transkripce. U polyomavirů byly publikovány obě funkce, jak podpora, tak naopak restrikce infekce. U Viru anemie kuřat vedla interakce virového apoptinu a PML k indukci apoptózy, ale výsledky byly v jiné práci zpochybněny. U pacientů s chronickou hepatitidou bylo zjištěno že...
|
|
|
Interakce polyomavirových struktur v endoplasmatickém retikulu a na cestě do jádra
Svobodová, Terezie ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Weber, Jan (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je modelový virus čeledi Polyomaviridae. Aby mohlo dojít k infekci buňky a replikaci viru, musí být virový genom transportován do buněčného jádra. Řada studií nasvědčuje tomu, že viriony jsou transportovány do endoplasmatického retikula, odkud jsou za účasti hostitelských proteinů přeneseny do cytosolu. Mezi takové proteiny patří chaperon BiP (protein vázající imunoglobulin) a kochaperon DNAJ B14. Polyomaviry do jádra pravděpodobně vstupují jaderným pórem za účasti importinů. Tyto procesy byly zatím studovány hlavně při infekci polyomavirem SV40. V této práci ukazujeme, že infekce MPyV vede ke změně lokalizace proteinu DNAJ B14, který se shlukuje do "foci" ve kterých kolokalizuje s virovým kapsidovým proteinem VP1. Výskyt "foci" se během infekce mění. Metodou "proximity ligation assay" jsme ukázali, že DNAJ B14 a BiP se během časné infekce dostávají do bezprostřední blízkosti VP1. Bylo postulováno, že pro cílení virionů k proteinům asociovaným s ERAD a s translokonem jsou důležité záporně nabité aminkyseliny na N-konci minoritního virového proteinu VP2. Vytvořili jsme mutanty MPyV mutované v těchto aminokyselinách. Záporně nabitá aminokyselina v pozici 17 není nezbytná pro úspěšnou infektivitu MPyV. Roli kyselých aminokyselin v pozici 10 a 13 bude nutné dále ověřit. Kromě...
|
|
|
Role komplexu Smc5/6 při DNA virové infekci
Protivová, Eliška ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Pokorná, Karolína (oponent)
Komplex Smc5/6 je eukaryotický proteinový komplex, který se spolu s kohezinem Smc1/3 a kondenzinem Smc2/4 podílí na zajištění stability genomu. K tomu přispívá svou účastí při organizaci a udržování chromozomových struktur a také při odpovědi na poškození DNA. Mimo to bylo zjištěno, že komplex Smc5/6 hraje významnou roli při virové infekci. Tato práce se zaměřuje na mechanismy interakce komplexu Smc5/6 s virovými DNA genomy, DNA intermediárními genomy a virovými proteiny. V případě HBV z čeledi Hepadnaviridae působí Smc5/6 jako restrikční faktor. Stejně je tomu tak u HSV-1 z čeledi Herpesviridae, virů z čeledi Papillomaviridae a HIV-1 z čeledi Retroviridae. Také byla objevena interakce komplexu Smc5/6 s JC virem z čeledi Polyomaviridae. Význam této interakce však zůstává nepochopen. Některé z výše zmíněných virů dokážou této restrikci zabránit. Konkrétně HBV protein HBx zprostředkovává proteazomální degradaci komplexu Smc5/6 či HIV-1 protein Vpr indukuje degradaci proteinu SLF2, který je zodpovědný za lokalizaci komplexu Smc5/6 na DNA intermediární genom HIV-1. Klíčová slova: komplex Smc5/6, oprava DNA, ATPáza, sumoylace, DNA viry, viry s DNA intermediárním genomem, inhibice, restrikční faktor
|
|
|
Interakce polyomavirových struktur v endoplasmatickém retikulu a na cestě do jádra
Svobodová, Terezie ; Huerfano Meneses, Sandra (vedoucí práce) ; Weber, Jan (oponent)
Myší polyomavirus (MPyV) je modelový virus čeledi Polyomaviridae. Aby mohlo dojít k infekci buňky a replikaci viru, musí být virový genom transportován do buněčného jádra. Řada studií nasvědčuje tomu, že viriony jsou transportovány do endoplasmatického retikula, odkud jsou za účasti hostitelských proteinů přeneseny do cytosolu. Mezi takové proteiny patří chaperon BiP (protein vázající imunoglobulin) a kochaperon DNAJ B14. Polyomaviry do jádra pravděpodobně vstupují jaderným pórem za účasti importinů. Tyto procesy byly zatím studovány hlavně při infekci polyomavirem SV40. V této práci ukazujeme, že infekce MPyV vede ke změně lokalizace proteinu DNAJ B14, který se shlukuje do "foci" ve kterých kolokalizuje s virovým kapsidovým proteinem VP1. Výskyt "foci" se během infekce mění. Metodou "proximity ligation assay" jsme ukázali, že DNAJ B14 a BiP se během časné infekce dostávají do bezprostřední blízkosti VP1. Bylo postulováno, že pro cílení virionů k proteinům asociovaným s ERAD a s translokonem jsou důležité záporně nabité aminkyseliny na N-konci minoritního virového proteinu VP2. Vytvořili jsme mutanty MPyV mutované v těchto aminokyselinách. Záporně nabitá aminokyselina v pozici 17 není nezbytná pro úspěšnou infektivitu MPyV. Roli kyselých aminokyselin v pozici 10 a 13 bude nutné dále ověřit. Kromě...
|
|
|
Studies of the Mouse polyomavirus: properties of the minor structural proteins, requirements for virion productive trafficking to the nucleus and observed side effects of DNA transfection.
Huérfano- Meneses, Sandra ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Mělková, Zora (oponent) ; Reiniš, Milan (oponent)
V této práci jsme zkoumali roli minoritních strukturních proteinů VP2 a VP3 Myšího polyomaviru (MPyV) v replikačním cyklu viru a také specifické aspekty pohybu internalizovaných virionů MPyV buňkou směrem k buněčnému jádru. Disertační práce je rozdělena do tří kapitol. První kapitola řeší otázky interakce VP2 a VP3 se strukturami hostitelských buněk a také roli těchto proteinů v pozdních stádiích virové infekce. Druhá kapitola se zabývá rolí pozdních endozómů, recyklujících endozómů a aktinového cytoskeletu v produktivním transportu MPyV. Kapitola tři obsahuje výsledky studia interferonové (IFN) odpovědi indukované nukleofekcí DNA do buněk. Této poslední studii předcházela analýza putativních změn hladin transkripce buněčných genů (microarray analysis) vyvolaných transientní produkcí VP2 nebo VP3. V první kapitole jsme ukázali, že oba minoritní strukturní proteiny, pokud jsou produkovány v buňkách samostatně (bez VP1) jsou velmi cytotoxické a indukují rychlou, na kaspázách závislou apoptózu. Imunoelektronová a konfokální mikroskopie odhalila afinitu obou proteinů k endobuněčným membránám. VP2 i VP3 byly detegovány na poničených membránách endoplasmatického retikula (ER) a mitochondrií. Interakce minoritních proteinů s membránami, působící poškození organel jako ER a mitochondrie, je zjevně příčinou...
|
host ::
RSS.