|
|
SMV-2023-57: EM analýza mikroorganismů II
Hrubanová, Kamila
Cílem smluvního výzkumu byla odborná analýza mikrobiologických vzorků s biotechnologickým významem se záměrem popsat ultrastrukturu buněk, která se odvíjí od kultivačních podmínek průmyslového procesu. Součástí spolupráce byla provedena kryogenní příprava vzorků, následovalo mikrobů pomocí elektronového mikroskopu za nízkých teplot (cryo-SEM), vybrané vzorky byly zpracovány i pro transmisní elektronovou mikroskopii (TEM). Dále byla provedena spektroskopická měření pomocí Ramanovy spektroskopie.
|
|
|
SMV-2023-56: EM analýza mikroorganismů
Hrubanová, Kamila
Cílem smluvního výzkumu byla odborná analýza mikrobiologických vzorků se záměrem popsat morfologické změny závislé na kultivačních podmínkách. Součástí spolupráce byla provedena kryogenní příprava vzorků, následovalo mikrobů pomocí elektronového mikroskopu za nízkých teplot (cryo-SEM), vybrané vzorky byly zpracovány i pro transmisní elektronovou mikroskopii (TEM). Dále byla provedena spektroskopická měření pomocí Ramanovy spektroskopie.
|
|
|
SMV-2023-54: EM Hlístice II 2023
Hrubanová, Kamila
Cílem smluvního výzkumu byla odborná analýza biologických vzorků se záměrem popsat morfologické znaky pro druhovou klasifikaci. Součástí spolupráce byla provedena chemická příprava vzorků, následovalo pozorování těl samotných hlístic v různých pozicích tak, aby bylo možné rozlišit jednotlivé morfologické znaky pomocí elektronového mikroskopu.
|
|
|
SMV-2023-55: EM Hlístice I 2023
Hrubanová, Kamila
Cílem smluvního výzkumu byla odborná analýza biologických vzorků se záměrem popsat morfologické znaky pro druhovou klasifikaci. Součástí spolupráce byla provedena chemická příprava vzorků, následovalo pozorování těl samotných hlístic v různých pozicích tak, aby bylo možné rozlišit jednotlivé morfologické znaky pomocí elektronového mikroskopu.
|
|
| |
|
|
Complementary analysis of procaryotic cells by electron microscopy and Raman spectroscopy
Ikrényiová, Terézia ; Sedláček, Petr (oponent) ; Hrubanová, Kamila (vedoucí práce)
This master thesis deals with conventional methods of bacterial cell analysis, polyhydroxyalkanoates, Raman spectroscopy and electron microscopy in the theoretical part. The production of polyhydroxybutyrate by selected thermophilic bacteria and their analysis by gas chromatography, cryogenic scanning electron microscopy and Raman spectroscopy is described in the experimental part. The chosen sample was analyzed by a transmission electron microscope. Comparing the results from previous mentioned methods it was found that the bacteria Schlegelella thermodepolymerans accumulated the highest amount of PHB. The lowest amount of PHB was obtained by bacteria Rubrobacter xylanophilus. The assumption that the PHB granules formed so-called needle-like plastic deformations during freeze-fracturing was affirmed by cryo-SEM photos analysis. Moreover, it was found that the bacterial cell characterization deduced from microscopic observation of samples corresponded to the description in the literature. TEM provided better resolution photos and in consequence the cells and PHB are more visible. The thesis is also focused on chemical fingerprint analysis of cells by Raman spectroscopy. Several biomolecules were identified by measured Raman spectra for the particular samples.
|
|
|
Scanning Electron Microscopy and its Applications for Sensitive Samples
Hrubanová, Kamila ; Nováček, Jiří (oponent) ; Schröfel,, Adam (oponent) ; Krzyžánek, Vladislav (vedoucí práce)
The presented dissertation thesis titled “Scanning electron microscopy and its applications for sensitive samples” describes an instrumental and methodological development in the field of scanning electron microscopy leading to an innovative solution that could be particularly applicable in microbiological research. A summary of the history and current state of electron microscopy (EM) as a scientific imaging and analytical technique is provided in the introductory chapters. The undeniable contribution of EM in the biological and medical sciences is evidenced by many cited scientific publications. This dissertation thesis contains innovations and improvements in specimen preparation and cryogenic scanning electron microscopy (cryo-SEM) produced at the Institute of Scientific Instruments of the CAS in Brno. In particular, the new constructions of special sample holders together with methodological development in the field of microbiological sample preparation resulted in finding optimal parameters for individual processes. In the experimental part there is showed a verification of methodological procedures in the study of hydrated and electron beam sensitive specimens. Subsequent comparison of different methodological approaches on a defined microbiological system contributes to extending the interpretation of the hitherto known results. Among the microbiological strains investigated were the biofilm positive bacteria Staphylococcus epidermidis and yeasts such as Candida albicans and Candida parapsilosis, which are considered to be clinically significant because they are often involved in serious infections and especially threaten immunocompromised patients. Furthermore, the effect of the biofilm formation of Bacillus subtilis on the biodeterioration and biodegradation of poly--caprolactone films was studied. The new development in low temperature cryo-SEM was employed in the research of microbes with biotechnological potential such as Cupriavidus necator and Sporobolomyces shibatanus.
|
|
|
Monte Carlo simulace elektronového rozptylu v rastrovacím prozařovacím elektronovém mikroskopu
Záchej, Samuel ; Hrubanová, Kamila (oponent) ; Krzyžánek, Vladislav (vedoucí práce)
Diplomová práca popisuje elektrónový rozptyl v STEM systémoch na objektoch rôzne-ho tvaru, akými sú hranol, guľa alebo dutá kapsula. Na kvantifikáciu viacnásobného rozptylu elektrónov v materiáloch sú využité Monte Carlo simulácie. Okrem teoretického rozboru elektrónového rozptylu a metodiky simulácií, obsahuje práca aj návrh a realizáciu algoritmu pre simulácie na zadaných objektoch. Práca zahŕňa overenie robustnosti simulácií na základe porovnania výsledkov so známymi signálmi pre daný objekt. Funkčnosť algoritmu bola overená experimentálnym meraním elektrónového rozptylu na vrstve uhlíka.
|
|
| |
|
|
Complementary analysis of procaryotic cells by electron microscopy and Raman spectroscopy
Ikrényiová, Terézia ; Sedláček, Petr (oponent) ; Hrubanová, Kamila (vedoucí práce)
This master thesis deals with conventional methods of bacterial cell analysis, polyhydroxyalkanoates, Raman spectroscopy and electron microscopy in the theoretical part. The production of polyhydroxybutyrate by selected thermophilic bacteria and their analysis by gas chromatography, cryogenic scanning electron microscopy and Raman spectroscopy is described in the experimental part. The chosen sample was analyzed by a transmission electron microscope. Comparing the results from previous mentioned methods it was found that the bacteria Schlegelella thermodepolymerans accumulated the highest amount of PHB. The lowest amount of PHB was obtained by bacteria Rubrobacter xylanophilus. The assumption that the PHB granules formed so-called needle-like plastic deformations during freeze-fracturing was affirmed by cryo-SEM photos analysis. Moreover, it was found that the bacterial cell characterization deduced from microscopic observation of samples corresponded to the description in the literature. TEM provided better resolution photos and in consequence the cells and PHB are more visible. The thesis is also focused on chemical fingerprint analysis of cells by Raman spectroscopy. Several biomolecules were identified by measured Raman spectra for the particular samples.
|
host ::
RSS.