|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
Účast eukaryotických DNA opravných mechanismů ve virové replikaci
Hron, Tomáš ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Harant, Karel (oponent)
Odpověď na poškození DNA eukaryot je důležitý mechanismus, který zajišťuje stabilitu genomu. Jeho složky jsou mimo jiné mobilizovány i v průběhu virové infekce jako reakce na cizorodou nukleovou kyselinu. Ukazuje se, že některé viry také aktivují DNA opravné mechanismy záměrně a využívají je pro zajištění svého replikačního cyklu. Tato aktivace je z velké části zprostředkována virovými proteiny, které přímo interagují s buněčnými faktory. Klíčové proteiny DNA opravných mechanismů jsou často asociovány s centry virové replikace a pravděpodobně se podílejí na jejím průběhu. Dále jsou také využívány pro navození vhodného prostředí k virové reprodukci v buňce. Konkrétní mechanismy, kterými se faktory DNA opravných drah podílejí na virové infekci, jsou však z velké části nejasné. V této práci jsou shrnuty principy interakce virů s eukaryotickou odpovědí na poškození DNA a popsány hlavní virové čeledě, které ji aktivují a využívají pro replikaci svého genomu.
|
|
|
Study of endogenous retroviruses: Insight into the retroviral evolution and virus-host interactions
Hron, Tomáš ; Elleder, Daniel (vedoucí práce) ; Kejnovský, Eduard (oponent) ; Hirsch, Ivan (oponent)
V rámci mé doktorské práce jsem se věnoval evoluci retrovirů a jejich vztahů s hostitelem. Retroviry jsou skupinou RNA virů schopných infikovat širokou škálu druhů včetně pravděpodobně všech obratlovců. Jejich jedinečnost tkví mimo jiné ve schopnosti účinně tvořit endogenní retroviry (ERVs) - virové kopie, které jsou po integraci do genomu hostitele děděny dalšími generacemi jako součást jejich genofondu. ERVs zastupují velkou část genomu obratlovců a hrají důležitou úlohu v mnoha buněčných procesech a patologiích. Velké množství těchto sekvencí zůstává nicméně stále neprozkoumáno. Výsledky mého hlavního projektu disertační práce odkrývají dávnou evoluční historii retrovirů. K tomu mi dopomohla analýza sekvencí ERVs, které představují jakési "genetické fosílie" virových infekcí, jež probíhaly po celou dobu retrovirové evoluce. Odhalení a následná analýza dávných linií ERVs mi pomohla nahlédnout do hluboké historie retrovirů a prozkoumat, jak virové infekce v minulosti pomáhaly utvářet antivirovou obranu jejich hostitelů. Mimo studium dávné evoluce retrovirů se má práce soustředila také na samotný proces vzniku nových kopií ERVs a jejich fixace v hostitelské populaci. K tomu jsem využil jedinečný model endogenního retroviru, k jehož endogenizaci v současné době dochází u jelence.
|
|
|
DAMU pro nedamáky
Hron, Tomáš ; HAVELKA, Jiří (vedoucí práce) ; NOVÁK, Vladimír (oponent)
Diplomová práce hodnotí nynější nabídku uměleckých volnočasových aktivit pro děti a mládeţ na území České republiky. Zaměříme se na klady a zápory, které můţe umělecký kurz přinést, a jednotlivé produkční sloţky takovéto akce. Hlavními předměty diplomové práce jsou projekt Kurzy NAPLNO a metodika při vedení hereckého workshopu. Kurzy NAPLNO vznikly v roce 2015 na základě špatné zkušenosti s jinými kurzy. Projekt Kurzy NAPLNO jsou umělecké vzdělávací kurzy, které mají za úkol prohloubit zájemcům znalosti a zkušenosti v oblastech činoherního a alternativního herectví, muzikálového herectví, filmové produkce a médií (ţurnalistika, moderace). Během vzniku této diplomové práce Kurzy NAPLNO vstupovaly do třetího roku své existence.
|
|
|
Vývoj experimentálního systému založeného na Cre/LoxP rekombinaci pro produkci polyomavirových mutant.
Hron, Tomáš ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Šroller, Vojtěch (oponent)
Myší polyomavirus je významným zástupcem čeledi Polyomaviridae s potenciálním využitím v genové terapii a imunoterapii. Práce s virovými mutantami je důležitou součástí jeho studia, ale současné metody jejich produkce jsou pracné a poskytují nízký výtěžek. Tato práce se zabývá vývojem nového experimentálního sytému, který umožňuje pomocí Cre/loxP rekombinace generovat intaktní polyomavirový genom z rekombinantního plazmidu in vivo. Během rekombinace dochází k nevyhnutelnému vložení jednoho loxP místa do vzniknuvšího virového genomu. Byly připraveny dvě varianty produkčních plazmidů, které vytvářejí virový genom divokého typu s loxP místem vloženým mezi poly(A) signální sekvence časných a pozdních genů, nebo v intronové oblasti časných genů. Inzerce loxP místa mezi poly(A) signální sekvence měla dramatický dopad na expresi virových genů a vedla k úplné ztrátě infektivity viru. Naopak, substituce loxP místa v intronové oblasti časných genů produkci infekčního viru umožnila. Pro zajištění exprese Cre rekombinázy jsem také vytvořil stabilně transfekované buněčné linie, které mohou přípravu viru zjednodušit. Tato práce ukazuje, že nově navržený systém poskytuje uspokojivý výtěžek viru, řeší omezení vyskytující se u běžně používaných metod a může být využit pro produkci málo infekčních virových mutant. Powered by...
|
|
|
Účast eukaryotických DNA opravných mechanismů ve virové replikaci
Hron, Tomáš ; Španielová, Hana (vedoucí práce) ; Harant, Karel (oponent)
Odpověď na poškození DNA eukaryot je důležitý mechanismus, který zajišťuje stabilitu genomu. Jeho složky jsou mimo jiné mobilizovány i v průběhu virové infekce jako reakce na cizorodou nukleovou kyselinu. Ukazuje se, že některé viry také aktivují DNA opravné mechanismy záměrně a využívají je pro zajištění svého replikačního cyklu. Tato aktivace je z velké části zprostředkována virovými proteiny, které přímo interagují s buněčnými faktory. Klíčové proteiny DNA opravných mechanismů jsou často asociovány s centry virové replikace a pravděpodobně se podílejí na jejím průběhu. Dále jsou také využívány pro navození vhodného prostředí k virové reprodukci v buňce. Konkrétní mechanismy, kterými se faktory DNA opravných drah podílejí na virové infekci, jsou však z velké části nejasné. V této práci jsou shrnuty principy interakce virů s eukaryotickou odpovědí na poškození DNA a popsány hlavní virové čeledě, které ji aktivují a využívají pro replikaci svého genomu.
|
host ::
RSS.