|
|
Automatizovaný systém pro instalace virtuálních strojů v prostředí operačního systému GNU/Linux
Horák, Daniel ; Polívka, Michal (oponent) ; Pelka, Tomáš (vedoucí práce)
Práce se zabývá možnostmi správy virtuálních strojů (především z programátorského hlediska) a dostupnými metodami pro automatickou instalaci distribucí operačního systému GNU/Linux. Úvodní část je věnována virtualizačním technologiím a možnostem jejich ovládání s využitím knihovny libvirt. Je zde popsán způsob definice a popisu jednotlivých součástí virtualizovaného prostředí (virtuální stroje, disky, sítě) za pomoci XML. Dále jsou probrány možnosti automatické instalace linuxových distribucí založených na RedHatu a Debianu s přihlédnutím k virtualizovanému prostředí. Je zde zmíněna možnost kopírování existujícího disku s nainstalovaným systémem. V praktické části je navržena a realizována serverová aplikace pro ovládání a správu virtuálních strojů včetně automatické instalace operačního systému.
|
|
|
Využití magnetických mikročástic pro izolaci DNA
Jelínek, Zdeněk ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V rámci diplomové práce byla studována efektivita magnetických mikročástic při izolaci DNA bakteriálního kmene Lactobacillus rhamnosus CCM 1825T a DNA z kuřecích erytrocytů. K izolaci byly použity magnetické mikročástice na bázi HEMA, pokryté karboxylovými skupinami, a hypersíťované styren-divinylbenzenové částice (Ústav makromolekulární chemie AV ČR, Praha). Jako kontrola byly použity komerční magnetické mikročástice Dynabeads® DNA DIRECT™ Universal (Dynal, Norsko) na bázi polystyrenu a částice MPG® Uncoated (PureBiotech, USA) na bázi magnetického skla. Sledována byla závislost množství izolované DNA na výchozí koncentraci DNA v roztoku a závislost množství izolované DNA na koncentraci magnetických mikročástic. Rovněž byla sledována afinita magnetických mikročástic k RNA a to pro různé výchozí koncentrace RNA v roztoku. Testované nosiče byly použity při izolaci DNA z reálného vzorku (mléčný výrobek Actimel). Kvalita separované DNA rodu Lactobacillus byla prokázána pomocí rodově specifické PCR.
|
|
|
Využití OpenSource SW pro filtraci provozu
Horák, Daniel ; Stančík, Peter (oponent) ; Hajný, Jan (vedoucí práce)
Práce se zabývá využitím svobodného a otevřeného software pro filtrování síťového provozu a jeho nasazením v hraničních branách malých a středně velkých sítí. Zvláštní pozornost je kladena na filtrování provozu protokolu http na úrovni aplikační vrstvy. V úvodu je krátce probrán pojem svobodný a otevřený software s některými výhodami plynoucími z jeho použití. Je zde také zdůvodněn výběr distribuce Debian GNU/Linux. Dále jsou probrány možnosti filtrování síťového provozu na úrovni paketového a stavového filtru a s tím související program iptables. Hlavní část se zabývá filtrováním http provozu na úrovni aplikační vrstvy s pomocí programů Squid a DansGuardian. V praktické části je představena instalace a konfigurace operačního systému Debian GNU/Linux a základních služeb (ssh server, DNS a DHCP server). Dále pak instalace a konfigurace programu Squid a DansGuardian. K programu DansGuardian je vytvořeno webové konfigurační rozhraní.
|
|
|
Interakce plasmidových DNA se sloučeninami lanthanoidů
Budko, Kateryna ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V poslední době je věnována značná pozornost lanthanoidům a jejich komlexům jako vynikajícím katalyzátorům štěpení nukleových kyselin. Diplomová práce byla zaměřena na štěpení plasmidové a bakteriální DNA ionty Nd3+ a Y3+ a různými nosiči obsahujícími sloučeniny lanthanoidů. Vznik jednořetězcových a dvouřetězcových zlomů v molekule plasmidové DNA byl sledován pomocí agarózové gelové elektroforézy. Ověření štěpení bakteriální DNA bylo provedeno pomocí polymerázové řetězové reakce s použitím primerů specifických pro doménu Bacteria a rodově a druhově specifických primerů. Výsledky budou použity při vývoji metody, která umožní ověření dokonalosti pokrytí nosičů s magnetickým perovskitovým jádrem, a dalších nosičů obsahujících sloučeniny lanthanoidů.
|
|
|
Software Design of Single Purpose Machine for Visual Inspection
Horák, Daniel ; Krejsa, Jiří (oponent) ; Štarha, Pavel (vedoucí práce)
This master’s thesis deals with the fundamentals of machine vision application and its practical implementation. The research part is focused on the basic possibilities of image acquisition and image processing in different dimensions. The practical part describes the design of the dimension control algorithm using a 3D camera. This algorithm is then implemented in a single-purpose machine for optical dimension control.
|
|
|
Příprava a charakterizace magnetických nosičů z hypersíťovaných polystyrenových mikročástic a jejich použití v biosenzoru
Šálek, Petr ; Šňupárek, Jaromír (oponent) ; Šafařík,, Ivo (oponent) ; Horák, Daniel (vedoucí práce)
Cílem dizertační práce bylo vyvinout a charakterizovat funkcionalizovaný vysoce magnetický polymerní nosič mikrometrové velikosti s úzkou distribucí velikostí, který bude vhodný pro následné bioaplikace. Přitom byl sledován vztah mezi strukturou a vlastnostmi produktu. Výchozí monodisperzní poly(styren-co-divinylbenzenové) [P(St-DVB)] mikročástice s různým obsahem divinylbenzenu (DVB) byly připraveny disperzní polymerizací. Sledován byl vliv typu rozpouštědla, iniciátoru, koncentrace a způsob dávkování DVB na morfologii, velikost a distribuci velikostí částic. Aby byly částice porézní s velikostí pórů v řádu desítek nanometrů, byly nízce zesítěné P(St-DVB) mikročástice hypersíťovány za přítomnosti chloridu číničitého jako katalyzátoru. Dosaženo bylo vysokých hodnot specifického povrchu částic (> 1000 m2/g) a vysokého obsahu mikropórů (cca. 0.6 ml/g). Samotnému hypersíťování předcházela chlormethylace mikročástic. Studován byl vliv tří různých chlormethylačních činidel na porézní vlastnosti produktu. Mikročástice byly následně funkcionalizovány sulfonovými nebo aminovými skupinami, které usnadnily zachycení magnetického oxidu železa vysráženého uvnitř porézní struktury. Na funkcionalizované vysoce magnetické mikročástice byl posléze imobilizován anti-ovalbumin, ovalbumin a nakonec anti-ovalbumin značený křenovou peroxidázou. Přidáním peroxidu vodíku k suspenzi takovýchto mikročástic došlo ke změně elektrického proudu, což umožnilo kvalitativní detekci ovalbuminu imobilizovaného na funkcionalizovaných magnetických mikročásticích.
|
|
|
Izolace bakteriální DNA z potravin s využitím magnetických nosičů
Bubeníková, Lucia ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Práce byla zaměřena na selektivní izolaci bakteriální DNA pomocí magnetických nosičů se streptavidinem (PGMA-NH2-STV, MPG® Streptavidin). Byly optimalizovány podmínky funkcionalizace nosičů dvěma biotinylovanými sondami: množství nosiče, množství sondy, vazba biotinylové sondy na streptavidin. Pro hybridizaci byla použita purifikovaná DNA Lactobacillus. Byla testována vazba DNA na sondu (DNA/DNA hybridizace) a nespecifická vazba DNA na částice. Cílová DNA, eluovaná z nosiče, byla identifikována pomocí PCR s primery R16-1 a LbLMA1-rev a s primery P_eub a F_eub. Množství sondy navázané na nosič bylo stanoveno spektrofotometricky. Bylo zjištěno, že k funkcionalizaci lze použít biotinylovanou sondu o koncentraci 5 pmol/µl, přidávanou k nosiči v poměru nosič:sonda 1:1. Bylo ukázáno, že nespecifická adsorpce DNA na nosič MPG® Streptavidin je výrazně menší než na nosič PGMA-NH2-STV. DNA/DNA hybridizací s využitím nosiče MPG® Streptavidin byla izolována DNA z čisté kultury Lactobacillus. Postup byl aplikován na izolaci DNA z mléčných výrobků.
|
|
|
Identification of probiotic Bifidobacterium strains in dairy products
Zovčáková, Monika ; Horák, Daniel (oponent) ; Španová, Alena (vedoucí práce)
Lactobacilli are dominant bacteria of the vaginal flora. Lactobacillus-containing probiotics products are used for the treatement and profylaxis of bacterial urogenital infections. This work is focused on DNA identification and species identification of probiotic bacteria in 5 different vaginal tablets using molecular-genetic methods. Total DNA isolated from complex matrix of vaginal tablets was used for amplification in polymerase chain reaction. DNA was isolated from crude cell lysates by magnetic particles P(HEMA-co-GMA) and by method of phenol extraction. Identification of species of probiotic bacteria was verified using genus-specific and species-specific PCRs. Results of bacterial identification obtained by PCR were compared with declared specification given by producers. Bacteria of genus Lactobacillus were proved in all tablets whereus species identification was in accordance with the stated composition in 1 tablet only.
|
|
|
Izolace DNA z probiotických výrobků s využitím pevných nosičů
Bonczek, Ondřej ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
Mikrobiální DNA byla izolována z hrubých lyzátů buněk rodu Lactobacillus a z probiotických výrobků. Bylo využito reverzibilní adsorpce DNA na neporézní magnetické částice poly(2-hydroxyethyl methacrylát-co-glycidyl methacrylát) - P(HEMA-co-GMA) pokryté karboxylovými skupinami a nanočástice manganatého Perovskitu, pokrytého silikagelem. DNA byla adsorbována na povrch částic v prostředí 16% PEG 6000 a 2M NaCl. Adsorbovaná DNA byla z částic uvolněna v nízkoiontovém TE pufru (pH= 8,0). Kvalita a koncentrace izolované DNA byla ověřena spektrofotometricky a amplifikací v PCR. Vzorky DNA izolované magnetickými částicemi a metodou fenolové extrakce (kontrola) byly amplifikovány v PCR. DNA izolovaná z hrubých lyzátů buněk probiotických výrobků byla kvantifikována s využitím kvantitativní PCR v reálném čase.
|
|
|
Izolace nukleových kyselin pro diagnostické účely s využitím polymerních nosičů
Syslová, Ivona ; Horák, Daniel (oponent) ; Rittich, Bohuslav (vedoucí práce)
V diplomové práci byla studována izolace kyseliny deoxyribonukleové (DNA) pomocí tří různých metod: fenolovou extrakcí, vysolováním chloridem sodným a magnetickou separací využívající reverzibilní adsorpce nukleových kyselin na různé magnetické nosiče. K izolaci DNA bylo využito 5 různých vhodně funkcionalizovaných nosičů: magnetického silikagelu, P(HEMA-co-GMA) ox. I, P(HEMA-co-GMA) ox. II, Dynal DNA Direct a Perovskit 439. K reverzibilní imobilizaci DNA na nosič docházelo v prostředí vysoké koncentrace NaCl a poly(ethylenglykolu) (PEG). Pro návázání DNA na magnetické mikročástice byla navozena kondenzace DNA pomocí 2 M NaCl a PEG o molekulové hmotnosti 6000, kdy výsledná koncentrace PEG v separační směsi byla 8 a 16 %. Cílem bylo získat DNA v kvalitě vhodné pro polymerasovou řetězovou reakci (PCR). DNA byla izolována z bakteriálních kultur tří sbírkových probiotických kmenů, L. amylovorus CCM 4380T, L. zeae CCM 7069 T, L. plantarum CCM 7039T, které byly kultivovány na médiu MRS. DNA byla rovněž izolována z fermentovaných mléčných výrobků: Jihočeský zákys s ovocem jahoda (kysaný mléčný výrobek s probiotickou kulturou Lactobacillus acidophilus, Bifidobacterium lactis a Streptococcus thermophilus), Revital active (bílý jogurt s inulinem a probiotickou kulturou Lactobacillus rhamnosus, Lactobacillus acidophilus a Bifidobacterium sp.) a Actimel višeň (mléčný výrobek s obsahem probiotické kultury Lactobacillus casei). Po provedení PCR s izolovanou DNA byly PCR produkty detekovány pomocí agarosové gelové elektroforézy. Metodou PCR byla ověřena úspěšnost izolace DNA probiotických bakterií pomocí fenolové extrakce, vysolováním chloridem sodným i magnetickou separací s využitím různých magnetických nosičů. Metoda magnetické separace s využitím magnetických mikročástic byla také ověřena pro izolaci DNA v kvalitě vhodné pro PCR u probiotických kysaných mléčných výrobků.
|
host ::
RSS.