Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 24 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Nové přístupy v Ramanově spektroskopii kapkově nanášených povlaků pro citlivou molekulární detekci
Přikryl, Mikuláš ; Kočišová, Eva (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
českém jazyce: Ramanova spektroskopie kapkově nanášených povlaků je vibrační spektroskopickou metodou založenou na Ramanově jevu. Nakápnutím malého objemu roztoku (μl) o nízké koncentraci (μM) na vhodný hydrofobní substrát získáme po vyschnutí depozit, z něhož je možné získat kvalitní Ramanova spektra při koncentracích nižších než při použití klasické Ramanovy spektroskopie. V rámci této práce byly při studiu čtyř kontaminantů (melamin, picloram, thiram, bentazon) porovnány vlastnosti nových nekomerčních substrátů na bázi nanočástic připravených na MFF UK se substrátem komerčním. Ukázalo se, že nové substráty s vyšší hydrofobicitou jsou vhodné pro další vývoj a měření. V další části práce byly uměle připraven směsi dvojic ze čtyř kontaminantů a studovány na komerčním substrátu. Jednotlivé kontaminanty bylo možné ve směsích detekovat a rozlišit pomocí faktorové analýzy při relativně nízkých koncentracích, v některých depozitech docházelo i k jejich oddělení. Byla ovšem naměřena i neznámá spektra, pravděpodobně v důsledku chemických interakcí kontaminantů, možnost dodatečné kontaminace nebo interakce se substrátem byla vyloučena. V poslední části práce byl studován reálný vzorek kojenecké výživy, do kterého byl uměle přidán melamin. Kontaminant byl v roztoku detekován při koncentracích odpovídajícím reálným...
Molecular events associated with resistance to tyrosine kinase inhibitors in leukemia cells.
Hrdinová, Tereza ; Vyoral, Daniel (vedoucí práce) ; Klener, Pavel (oponent) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Chronická myeloidní leukémie (CML) je myeloproliferativní onemocnění hematopoézy charakterizované expresí konstitutivně aktivní tyrozin kinázy BCR-ABL. Ačkoli vývoj tyrozin kinázových inhibitorů (TKI) jako je imatinib zásadním způsobem zefektivnil léčbu CML, u určité skupiny pacientů vzniká rezistence na TKI léky. Nejčastější příčinou rezistence jsou bodové mutace v genu BCR ABL1, méně pak i další na mutaci nezávislé mechanismy. Růst rezistentních CML buněk v přítomnosti TKI léků je důsledkem adaptivních změn v jejich metabolismu. Rezistence může být udržována vnějšími signály, mezi nimiž sehrávají důležitou roli exozomy, malé membránové vezikuly uvolňované (rezistentními) buňkami. Cílem této práce bylo proteomicky charakterizovat dvě buněčné linie CML (senzitivní a rezistentní na imatinib) a také exozomy, produkované rezistentními buňkami. Identifikace metabolických drah esenciálních pro růst rezistentních buněk v prostředí imatinibu umožňuje zacílit jejich metabolismus klinicky dostupnými léky, což nabízí potenciál pro jejich využití v (personalizované) léčbě. Proteomickou analýzou exozomů z rezistentních buněk lze identifikovat specifické povrchové membránové proteiny využitelné jako klinicky relevantní diagnostické markery rezistence na imatinib. Pro tyto účely byly vyvinuty a analyzovány dvě...
Drop coating deposition Raman spectroscopy of liposomes with different compositions
Antalík, Andrej ; Kočišová, Eva (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Metóda kvapkovo nanášaných povlakov je špeciálna technika Ramano- vej spektroskopie spočívajúca v nanesení malého množstva vzorky na hy- drofóbny povrch s následným odparením rozpúšt'adla. Po vyschnutí dochádza k sústredeniu materiálu v homogénnom krúžku na okraji kvapky. Použitie tejto techniky sa ukázalo ako vhodné na štúdium lipozómov pri nízkych koncentráciách. Jej využitím sme skúmali prejavy cholesterolu v spektrách prevažne fosfatidylcholínových lipozómov, a tiež jeho vplyv na tvorbu krúžkov. Vyššia koncentrácia cholesterolu nespôsobila výraznejšie zmeny štruktúry membrány, ako napríklad zmenu fázy, avšak nedochádzalo k vytvoreniu krúž- kov. V druhej časti bakalárskej práce sme sa zaoberali hl'adaním vhodnej alternatívy k doteraz používanému a už nedostupnému DCDR povrchu - doštičkám SpectRIM TM od firmy Tienta Sciences,Inc. Z testovaných povr- chov sa ako najvhodnejší na d'alšie použitie javí sklíčko fluoridu vápenatého (CaF2). Signál z ostatných povrchov bol príliš slabý, alebo boli v spektrách pozorované spektrálne pásy nepríslušiace lipidu.
Bakteriální RTX proteiny a jejich vazebná místa pro vápník.
Lišková, Petra ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent) ; Hof, Martin (oponent)
Protein FrpC je produkovaný bakterií Neisseria meningitidis v lidském hostiteli. Tento protein je charakteristický přítomností RTX domény, která jej řadí do stejnojmenné rodiny bakteriálních toxinů. Protein FrpC vykazuje unikátní autokatalytickou štěpící aktivitu, kterou zajišťuje 177 aminokyselin dlouhá část (SPM, Self-Processing Module). Bez navázaného Ca2+ zaujímá SPM neuspořádanou strukturu. Po vazbě iontu se protein sbalí a je schopen vykonat enzymatickou aktivitu. Analýza struktury sbaleného SPM by mohla odhalit funkční souvislosti vazby iontu a autokatalytického sestřihu. Bohužel řešení struktury SPM pomocí NMR se ukázalo být velmi obtížné kvůli dlouhé nestrukturované části sekvence uvnitř SPM. Předmětem této práce se tedy stal popis SPM pomocí fluorescenčních metod, charakterizace vazby iontu do SPM, tak i strukturních změn, které se v průběhu vazby Ca2+ odehrávají. Byla stanovena disociační konstanta vazby kovového iontu do SPM, kD~17 µM, která se nachází v koncentračním rozmezí Ca2+, kdy dochází ke sbalování SPM proteinu (1-20 µM). Součástí pochopení struktury SPM bylo zjištění, že obě tryptofanová rezidua Trp451 a Trp519 v SPM interagují jak s navázanými ionty, tak spolu navzájem. Pro tento účel byly použity plně funkční varianty SPM s jedním tryptofanem, W451F a W519F, a luminiscenční...
Studium transportních proteinů z rodiny Nramp
Surá, Lucie ; Chaloupka, Roman (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
The Natural Resistance-Associated Macrophage Proteins (Nramp) form functionally conserved family of proton-dependent divalent metal ion transporters. In the present study, we investigated transport properties of a prokaryotic Nramp homolog - MntH transporter from Escherichia coli. H+ transport mediated by MntH was monitored in a bacterial model system using pH-sensitive green fluorescent protein (pHluorin). Our experimental conditions enabled us to observe an uncoupled H+ transport mediated by MntH. Uncoupled H+ flux had been previously described in eukaryotic Nramp proteins, nevertheless this is the first observation of this phenomenon in a prokaryotic homolog. We demonstrated that the uncoupled H+ transport is pH- and temperature- dependent. The uncoupled transport H+ is also affected by specific single-point mutations at functionally important residues Asp34, His211 and Asn401. The second part of the work focused on effect of different ions, which are not MntH substrates, on transport properties of MntH. It was shown that addition of excess calcium or magnesium resulted in increase of H+ transport induced by divalent metal ions, but on the other hand our data suggest that calcium inhibits uncoupled H+ transport.
Sledování úhlových a časových charakteristik suspenzích systémů pomocí elastického rozptylu světla
Peikertová, Pavlína ; Kočišová, Eva (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Elastický rozptyl představuje poměrně jednoduchou a neinvazivní techniku, kterou je možno získat úhlové závislosti intenzit rozptýleného záření obsahující důležité informace o objektech, na nichž dochází k rozptylu. Získaná data v rámci této diplomové práce byla naměřena upraveným počítačem řízeným přístrojem "Photo-gonio-diffusometre model 42.000". Aparatura byla dále inovována pro experimenty se vzorky o malém objemu. Byly proměřeny jak modelové systémy, polymerní a latexové suspenze, tak i reálné systémy, tvořené suspenzemi liposomů o různých velikostech. Z experimentálních dat byl proveden odhad velikostí metodou Guinierova diagramu. Odhadnuté velikosti modelových systémů se velmi dobře shodují s jejich definovanými hodnotami. U liposomálních suspenzí nastala také poměrně dobrá shoda s předpokládanými hodnotami. Pro stříbrný borohydridový koloid byl sledován průběh jeho agregace a následná sedimentace po přidání porfyrinu CuTMPyP4. Naměřené úhlové a časové závislosti byly zpracovány faktorovou analýzou, která dokáže oba tyto procesy od sebe kvalitativně a časově oddělit.
Studium průniku oligonukleotidů skrz liposomální membránu
Nováková, Jana ; Kočišová, Eva (vedoucí práce) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Modifikované oligonukleotidy, krátké úseky nukleové kyseliny, se staly potenciálními léčivy virových, nádorových či geneticky podmíněných onemocnění. Účinné použití modifikovaných oligonukleotidů vyžaduje jejich efektivní průnik skrz buněčnou membránu dovnitř buňky. V diplomové práci byly využívány liposomy, syntetické váčky tvořené dvojitou lipidovou vrstvou, jako modelový systém ke studiu interakce lipidu s komplexem homooligonukleotidu dT15 a kationického porfyrinu CuTMPyP4 za použití Ramanovy spektroskopie. Měření Ramanových spekter bylo prováděno na integrovaném Ramanově konfokálním mikrospektrofotometru a to jednak z roztoku na podložním sklíčku a jednak za použití speciální techniky kapkově nanášených povlaků (DCDR). Byl optimalizován proces výroby liposomů a přípravy vzorků pro měření spekter. Experimentální data byla zpracována faktorovou analýzou za využití algoritmu SVD (singular value decomposition). Bylo pozorováno, že při interakci oligonukleotidu s porfyrinem dochází k nárůstu signálu způsobeného fluorescencí. V naměřených Ramanových spektrech komplexu oligonukleotidu s porfyrinem dominují pásy, které přísluší vibracím porfyrinu. Ve spektrech komplexu s liposomy je možné pozorovat příspěvek valenčních vibrací vodíků řetězců mastných kyselin lipidu. Pozorované spektrální změny ukazují na...
Cytoplasmic membrane of Bacillus subtilis Regulation of the physical parameters
Beranová, Jana ; Konopásek, Ivo (vedoucí práce) ; Branny, Pavel (oponent) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Bacillus subtilis, modelová Gram-pozitivní bakterie, uplatňuje při adaptaci své membrány k nízkým teplotám dva odlišné mechanismy: 1) Při dlouhodobé adaptaci k nižším teplotám dochází ke zvýšení poměru anteiso/iso-větvených mastných kyselin v membránových lipidech. 2) Po náhlém poklesu teploty je indukována syntéza desaturázy (Des), proteinu, který v aerobních podmínkách desaturuje řetězce mastných kyselin v lipidech cytoplazmatické membrány. Transkripce genu des, kódujícího desaturázu mastných kyselin, je indukována zvýšením uspořádanosti membrány. Pro indukci transkripce genu des je nezbytná účast dvoukomponentového systému DesK-DesR. V této práci jsem sledovala, jak kultivační podmínky ovlivňují mechanismus adaptace membrány B. subtilis k nízkým teplotám. Použity byly metody fluorescenční spektroskopie, analýza mastných kyselin, diferenciální skenovací kalorimetrie a metody molekulární biologie. V první části práce jsem se zabývala vlivem složení kultivačního media na chemické složení a biofyzikální parametry cytoplazmatické membrány B. subtilis během růstu v optimální (40 řC) a suboptimální (20 řC) teplotě. Srovnávala jsem komplexní medium s glukózou bohaté na živiny a dvě média minerální obsahující buď glukózu nebo glycerol jako zdroj uhlíku. Získaná data jasně ukazují zásadní vliv složení...
Konformace adenylátcyklázového toxinu Bordetella pertussis.
Motlová, Lucia ; Fišer, Radovan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent) ; Holoubek, Aleš (oponent)
Tato práce se zabývá uspořádáním RTX ("Repeats in ToXin") domén vybraných RTX toxinů a vlivem těchto struktur především na balení toxinů do nativní struktury jejich sekreci a. Pro strukturní analýzu byly vybrány RTX domény ApxI (Actinobacillus pleuropneumoniae-RTX- toxin I) z bakterie Actinobacillus pleuropneumoniae, HlyA (Alfa-hemolysin) z bakterie Escherichia coli a LtxA (Leukotoxin A) z bakterie Aggregatibacter actinomycetemcomitans a bloky 4 a 5 RTX domény CyaA (adenylátcyklázový toxin) z bakterie Bordetella pertussis. Podařilo se získat a charakterizovat struktury RTX domény Ltxa A a RTX bloky 5 a 4-5 CyaA. Na základě SAXS (maloúhlový RTG rozptyl) modelu, dříve vyřešených struktur RTX proteinů a zde prezentovaných struktur byly vytvořeny dva modely celé rozsáhlé RTX domény CyaA.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 24 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.