|
|
Studium konformačních efektů vazby ligandu na proteinovou strukturu
Šefců, Oskar ; Novotný, Marian (vedoucí práce) ; Hexnerová, Rozálie (oponent)
Tato bakalářská práce si klade za cíl poskytnout komplexní přehled o vlivu vazby ligandu na trojrozměrnou strukturu proteinů. Pozornost bude věnována příkladům, kde vazba ligandu způsobí významnou konformační změnu mezi strukturou bez ligandu (apo strukturou) a strukturou s ligandem (holo strukturou). Práce bude diskutovat různé techniky používané k určení strukturních změn způsobených vazbou ligandu, včetně rentgenové krystalografie, NMR spektroskopie a kryo-elektronové mikroskopie. Kromě toho práce poskytne náhled na strukturní a funkční dopady konformačních změn způsobených vazbou ligandu v proteinech. Celkově bude tato práce sloužit jako zdroj pro porozumění role vazby ligandu při modulaci trojrozměrné struktury proteinů. Klíčová slova: apo, holo, ligand, strukturní změna, IDP
|
|
|
Strukturní NMR studie proteinových komplexů
Hexnerová, Rozálie ; Veverka, Václav (vedoucí práce) ; Hrabal, Richard (oponent) ; Hlouchová, Klára (oponent)
Protein-proteinové interakce se podílejí na celé řadě biologických procesů. Podrobná charakterizace jejich strukturní podstaty je důležitým nástrojem k pochopení s nimi spojených základních molekulárních mechanismů. Získané informace jsou důležité nejen pro biologii, ale také hrají důležitou roli při hledání míst vhodných pro terapeutickou intervenci. Ve strukturní biologii je nukleární magnetická rezonanční spektroskopie (NMR) spolu s rentgenovou krystalografií a jednočásticovou kryo-elektronovou mikroskopií jednou z klíčových technik s vysokým rozlišením. Její použití fyzicky limitováno velikostí studovaných molekul, ale tuto nevýhodu vynahrazuje unikátní možností pracovat s dynamickými nebo heterogenními systémy. V této disertační práci byla pro detailní strukturní charakterizaci vybraných biologicky významných proteinů a jejich komplexů využitá právě NMR poskytující důležité informace o jejich biologických rolích. Ve třech různých projektech jsem studovala (i) vztah mezi strukturními účinky konkrétních modifikací inzulínového růstového faktoru II (IGF-II) a jejich selektivitou k receptorům inzulinové osy, (ii) specifický vazebný mechanismus domény SH3 adaptorového proteinu CAS, a (iii) strukturní podstatu vazby fosfatidylinositol 4-kinázy beta (PI4KIIIβ) na buněčnou membránu. Pro strukturní...
|
|
|
NMR studie metabolicky aktivních peptidů
Hexnerová, Rozálie ; Tošner, Zdeněk (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Regulace metabolických a mitogenních buněčných dějů je komplexní systém závislý na správném fungování několika signalizačních kaskád. Jednou z nich je insulinová osa sestávající z akcí řízených třemi sekvenčně a strukturně velmi podobných hormonů (insulinu, insulinu podobnému růstovému faktoru (IGF) -I a -II) a skupinou jejich receptorů. Vysoká míra homologie panuje i mezi těmito buněčnými receptory, kterými jsou isoformy A a B insulinového receptoru a IGF-1 receptor, patřící do rodiny receptorů s tyrosin-kinasovou aktivitou. Díky tomu dochází v rámci této signalizace k prolínání vazebných interakcí, kde každý z ligandů může spouštět odlišné biologické odpovědi. Jedním z cílů v této oblasti je navržení analogů insulinu s výhradně metabolickým účinkem nebo IGF antagonistů tlumících nežádoucí mitogenní účinky, na základě identifikace oblastí důležitých pro vazbu k různým receptorům. Překládaná diplomová práce se soustřeďuje na vliv zanesení vybraných prvků primární struktury IGF-I do molekuly IGF-II na receptorové interakce. Konkrétně se jedná o záměnu Ser29 za asparagin a dvě samostatné inserce Gly-Ser za pozici Arg34 a Pro-Gln za pozici Ser39 nebo kombinace obou insercí. Tyto modifikace snížily afinitu IGF-II vůči IR-A, avšak nevedly ke zvýšení afinity vůči IGF-1R. V rámci plnění cílů práce byla...
|
host ::
RSS.