Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 16 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Strukturní a funkční analýza faktorů virulence mikroba Francisella tularensis.
Šenitková, Iva ; Hernychová, Lenka (oponent)
Předkládaná dizertační práce je zaměřena na studium vztahu struktury a funkce lipoproteinu FTS_1067 gram-negativní bakterie Francisella tularensis subsp. holarctica kmen FSC200. Tento protein s unikátní strukturou tvořenou dvěma funkčními doménami se významně podílí na virulenci bakterie, nicméně role obou domén nebyla dříve objasněna. Ačkoli je tento protein běžně nazýván virulenčním faktorem, z nejnovějších studií vyplývá, že pravými faktory virulence jsou substráty tohoto proteinu a protein FTS_1067 je nezbytný pro jejich správnou funkci. Pomocí metod molekulární biologie se podařilo připravit nový mutantní kmen s delecí DSBA-like domény a tento mutantní kmen charakterizovat na in vivo a in vitro úrovni. Dále byl připraven rekombinantní protein se shodnou delecí a s tímto proteinem bylo provedeno několik funkčních testů. Následnou analýzou získaných výsledků a jejich srovnáním s některými předchozími studiemi jsme vypracovali první komplexní zprávu ukazující role obou domén v rámci celého proteinu. Pro doplnění informací o zapojení proteinu FTS_1067 do mechanizmů virulence bakterie jsme se pokusili ověřit vytipované vazebné partnery a potenciální substráty pomocí analýz využívajících bakteriální dvouhybridový systém.
Characterization of protein structures using chemical cross-linking and mass spectrometry.
Kukačka, Zdeněk ; Novák, Petr (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Některé bílkoviny k plnění své funkce vyžadují přítomnost specifického ligandu, kofaktoru nebo prostetické skupiny. Vazba této specifické molekuly může v molekulách bílkovin způsobit konformační změny. V některých případech může charakterizace takovýchto konformačních změn představovat velmi náročný úkol. V předkládané práci je popsán nový přístup sloužící ke sledování těchto změn pomocí kombinace chemického zesítění a hmotnostní spektrometrie s vysokým rozlišením. Na modelovém systému, kterým byl zvolen protein kalmodulin, je ukázáno, že analýza pomocí izotopově značených síťovacích činidel umožnuje získat přehled o změnách struktury způsobených přítomností nebo nepřítomností ligandu. Byly rovněž popsány potenciální nedostatky metody, které tkví především v nedostatečné proteolýze proteinu. Tato nová metoda, která zároveň umožňuje kvantifikaci strukturních změn proteinů, byla použita spolu s dalšími technikami k charakterizaci neutrální trehalasy Nth1 v komplexu s proteinem Bmh1 (kvasinková forma proteinu 14-3-3). Výsledky odhalily, že vazba proteinu Bmh1 vyvolává přeskupení molekuly Nth1 se změnami především v tzv. "EF-hand" podobném motivu, který je nezbytný pro aktivační proces.
Proteomová analýza secernovaných proteinů Francisella tularensis
Konečná, Klára ; Hernychová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejsek, Jan (oponent) ; Bílková, Zuzana (oponent)
Název disertační práce: Proteomová analýza secernovaných proteinů Francisella tularensis Fakultativní intracelulární bakterie F. tularensis je původcem onemocnění zvaného tularemie. Přestože je k dněšní době dostupná široká škála nových poznatků týkající se tohoto patogena, doposud mechanismy patogeneze onemocnění tularemie nebyly zcela objasněny. Náplň naší práce se zakládala na analýze a identifikaci proteinů kultivačních filtrátů bakterie F. tularensis tří kmenů (LVS, FSC200, SchuS4). Mezi identifikovanými proteiny byly vyhledávány kandidátní sekretované proteiny a proteiny, které by mohly pomoci s objasněním molekulárních mechanismů patogeneze onemocnění vyvolaného F. tularensis. Nejlepším identifikovaným proteinovým kandidátem na sekreci je enzym kyselá fosfatáza, u kterého bylo prokázáno, že sehrává důležitou roli při úniku bakterie F. tularensis z fagosomu. Pozornost byla také věnována nově popisovanému mechanismu bakteriální sekrece, zprostředkovaného membránovými vesikly. Pomocí transmisní elektronové mikroskopie bylo prokázáno, že F. tularensis kmene LVS a FSC200 sekretuje membránové vesikly do extracelulárního prostředí. Klíčová slova: Francisella tularensis, sekreční systémy, proteiny kultivačního filtrátu, sekretované proteiny, vesikly vnější membrány
Radiosensitization of cancer cells by modulation of autophagy: Phosphoproteomic analysis
Ondrej, Martin ; Tichý, Aleš (vedoucí práce) ; Dresler, Jiří (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
(CZE) Rakovina plic, a zejména nemalobuněčný karcinom plic (NSCLC - z anglického non-small cell lung cancer), patří k nejsmrtelnějším onkologickým onemocněním na světě. Výběr správného terapeutického přístupu je proto pro úspěšnou léčbu nádorů plic zásadní. V tomto ohledu je proto radioterapie důležitým terapeutickým přístupem. Podobně jako u jakéhokoliv jiného terapeutického přístupu má však radioterapie svá omezení ve formě radiorezistence. Autofagie je obecně přijímána jako jeden z nejdůležitějších faktorů v radiorezistenci nádorových buněk. Je proto nutné hledat vhodné mechanismy, které by vedly k potlačení cytoprotektivní autofagie a tím k radiosenzibilizaci nádorových buněk. V tomto ohledu jsme v naší studii použili metody kvantitativní fosfoproteomiky spolu s několika technikami molekulární biologie pro prozkoumání hlavních molekulárních mechanismů a signálních drah zapojených do regulace a inhibice autofagického procesu. K inhibici cytoprotektivní autofagie jsme použili relativně nový inhibitor autofagie - Lys05, analog dobře popsaného inhibitoru autofagie chlorochinu. Jako model jsme zvolili radiorezistentní buňky NSCLC (H1299, p53-negativní), protože představují nejproblematičtější skupinu buněk v nemalobuněčných plicních nádorech. Nejdůležitější poznatek, který zde představujeme, je...
Analýza a identifikace proteinů při orgánových dysfunkcích pomocí proteomických metod
Tůma, Zdeněk ; Matějovič, Martin (vedoucí práce) ; Lopot, František (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Proteomika se zabývá hromadným studiem proteinů a jejich vlastností, především struktury a funkce. V medicíně bývá využívána pro analýzu fungování tkání a orgánů ve zdraví a nemoci a hledání biomarkerů. Metody zahrnují přípravu vzorku, separační techniky a hmotnostní spektrometrii. Protože neexistuje univerzální metoda pro analýzu libovolného biologického vzorku, proto analytické techniky vyžadují optimalizaci pro konkrétní typ vzorku a požadované výstupy. Cílem práce bylo vytvořit metodické postupy a vyhodnotit proteomické výsledky ve dvou výzkumných rovinách: experimentální a klinické. První část práce obsahuje experimenty využívající proteomiku pro studium změny proteomu plazmy v klinicky relevantním prasečím modelu sepse vyvolané peritonitidou. Proteomické analýzy byly rovněž výchozí metodologickou strategií v experimentech zaměřených na fyziologii ledvin a patofyziologii akutního poškození ledvin v průběhu sepse. Analýzou biopsií ledvin byl sledován časový průběh změn proteomu způsobený sepsí a chirurgickým zásahem. Ve druhé části dizertační práce jsou zahrnuty práce zabývající se biokompatibilitou mimotělních očišťovacích metod. Byla připravena metoda pro analýzu proteinů interagujících s povrchem kapilár hemodialyzátorů a s adsorbenty systému náhrady funkce jater. Analýzou proteinů...
Využití proteomické analýzy pro identifikaci potenciálních biomarkerů u onemocnění kardiovaskulárního systému
Fučíková, Alena ; Lenčo, Juraj (vedoucí práce) ; Hernychová, Lenka (oponent) ; Pudil, Radek (oponent)
SOUHRN Hypertrofická kardiomyopatie se řadí mezi nejčastější geneticky podmíněná onemocnění kardiovaskulárního systému. Ačkoliv je toto onemocnění známé dlouhou dobu, zatím neexistují snadno použitelné diagnostické postupy, které by odhalily chorobu v raných stádiích, což je zásadní zejména u jedinců s negativní nebo neznámou rodinnou anamnézou. Tvorba metody cílené proteomické analýzy spolu s kvantifikací vybraných potenciálních markerů hypertrofické kardiomyopatie pomocí izotopicky značených standardů byla hlavním cílem předkládané dizertační práce. Touto metodou lze odhalit již velmi malá množství hledaných potenciálních markerů v minimálním množství biologického materiálu. V kombinaci s vhodně použitými standardy navíc umožňuje přesnou kvantifikaci velkého počtu analytů v relativně krátkém čase. Pomocí cíleného proteomického přístupu bylo kvantifikováno několik proteinových markerů hypertrofické kardiomyopatie, které byly již dříve uvedeny v literatuře. Zároveň byl v rámci dizertační práce popsán plazmatický fibronektin jako nový potenciální marker tohoto onemocnění. Koncentrace několika vybraných proteinů byly závěrem stanoveny pomocí enzymoimunoanalytické metody a porovnány s výsledky cílené proteomické analýzy. V rámci předkládané dizertační práce byla vytvořena a ověřena metoda cílené proteomické...
Studium struktury a dynamiky proteinů a proteinových komplexů.
Vaňková, Pavla ; Man, Petr (vedoucí práce) ; Obšilová, Veronika (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
4 Abstrakt Proteiny v buňce dosahují své nativní konformace za asistence molekulárních chaperonů. Tyto vysokomolekulární dynamické komplexy kromě toho vykonávají další funkce přispívající ke stabilitě buněčného proteomu. Řadí se mezi ně mimo jiné i transport proteinů do cílového kompartmentu nebo obrana proti oxidativnímu stresu. Dynamické strukturní změny chaperonů Hsp70 a NQO1 a ko-chaperonu Tomm34, jež se podílejí na výše zmíněných procesech, a jejich interakce s ligandy jsou zde charakterizovány kombinací strukturní hmotnostní spektrometrie, biofyzikálních a molekulárně biologických technik. V této práci byla popsána ATP-dependentní dimerizace lidské inducibilní formy Hsp70 (HSPA1A) a charakterizováno evolučně konzervované dimerizační rozhraní. Dále byly identifikovány vysoce konzervované aminokyselinové zbytky, které vytvářejí síť kontaktů stabilizující obě krajní konformace HSPA1A (nízko- i vysokoafinitní) v průběhu ATPasového cyklu. Jedním z ko-chaperonů ovlivňujících ATPasový cyklus Hsp70 je TPR ko-chaperon Tomm34 spolupodílející se na transportu jádrem kódovaných mitochondriálních prekurzorů do mitochondrií. Zde je popsán význam jeho fosforylace cAMP-dependentní proteinkinasou A a následná interakce s proteinem 14-3-3γ při regulaci tohoto procesu. V případě chaperonu NQO1, který má kromě...
Strukturní a funkční analýza faktorů virulence mikroba Francisella tularensis.
Šenitková, Iva ; Hernychová, Lenka (oponent)
Předkládaná dizertační práce je zaměřena na studium vztahu struktury a funkce lipoproteinu FTS_1067 gram-negativní bakterie Francisella tularensis subsp. holarctica kmen FSC200. Tento protein s unikátní strukturou tvořenou dvěma funkčními doménami se významně podílí na virulenci bakterie, nicméně role obou domén nebyla dříve objasněna. Ačkoli je tento protein běžně nazýván virulenčním faktorem, z nejnovějších studií vyplývá, že pravými faktory virulence jsou substráty tohoto proteinu a protein FTS_1067 je nezbytný pro jejich správnou funkci. Pomocí metod molekulární biologie se podařilo připravit nový mutantní kmen s delecí DSBA-like domény a tento mutantní kmen charakterizovat na in vivo a in vitro úrovni. Dále byl připraven rekombinantní protein se shodnou delecí a s tímto proteinem bylo provedeno několik funkčních testů. Následnou analýzou získaných výsledků a jejich srovnáním s některými předchozími studiemi jsme vypracovali první komplexní zprávu ukazující role obou domén v rámci celého proteinu. Pro doplnění informací o zapojení proteinu FTS_1067 do mechanizmů virulence bakterie jsme se pokusili ověřit vytipované vazebné partnery a potenciální substráty pomocí analýz využívajících bakteriální dvouhybridový systém.
Analýza a identifikace proteinů při orgánových dysfunkcích pomocí proteomických metod
Tůma, Zdeněk ; Matějovič, Martin (vedoucí práce) ; Lopot, František (oponent) ; Hernychová, Lenka (oponent)
Proteomika se zabývá hromadným studiem proteinů a jejich vlastností, především struktury a funkce. V medicíně bývá využívána pro analýzu fungování tkání a orgánů ve zdraví a nemoci a hledání biomarkerů. Metody zahrnují přípravu vzorku, separační techniky a hmotnostní spektrometrii. Protože neexistuje univerzální metoda pro analýzu libovolného biologického vzorku, proto analytické techniky vyžadují optimalizaci pro konkrétní typ vzorku a požadované výstupy. Cílem práce bylo vytvořit metodické postupy a vyhodnotit proteomické výsledky ve dvou výzkumných rovinách: experimentální a klinické. První část práce obsahuje experimenty využívající proteomiku pro studium změny proteomu plazmy v klinicky relevantním prasečím modelu sepse vyvolané peritonitidou. Proteomické analýzy byly rovněž výchozí metodologickou strategií v experimentech zaměřených na fyziologii ledvin a patofyziologii akutního poškození ledvin v průběhu sepse. Analýzou biopsií ledvin byl sledován časový průběh změn proteomu způsobený sepsí a chirurgickým zásahem. Ve druhé části dizertační práce jsou zahrnuty práce zabývající se biokompatibilitou mimotělních očišťovacích metod. Byla připravena metoda pro analýzu proteinů interagujících s povrchem kapilár hemodialyzátorů a s adsorbenty systému náhrady funkce jater. Analýzou proteinů...
Proteomová analýza secernovaných proteinů Francisella tularensis
Konečná, Klára ; Hernychová, Lenka (vedoucí práce) ; Krejsek, Jan (oponent) ; Bílková, Zuzana (oponent)
Název disertační práce: Proteomová analýza secernovaných proteinů Francisella tularensis Fakultativní intracelulární bakterie F. tularensis je původcem onemocnění zvaného tularemie. Přestože je k dněšní době dostupná široká škála nových poznatků týkající se tohoto patogena, doposud mechanismy patogeneze onemocnění tularemie nebyly zcela objasněny. Náplň naší práce se zakládala na analýze a identifikaci proteinů kultivačních filtrátů bakterie F. tularensis tří kmenů (LVS, FSC200, SchuS4). Mezi identifikovanými proteiny byly vyhledávány kandidátní sekretované proteiny a proteiny, které by mohly pomoci s objasněním molekulárních mechanismů patogeneze onemocnění vyvolaného F. tularensis. Nejlepším identifikovaným proteinovým kandidátem na sekreci je enzym kyselá fosfatáza, u kterého bylo prokázáno, že sehrává důležitou roli při úniku bakterie F. tularensis z fagosomu. Pozornost byla také věnována nově popisovanému mechanismu bakteriální sekrece, zprostředkovaného membránovými vesikly. Pomocí transmisní elektronové mikroskopie bylo prokázáno, že F. tularensis kmene LVS a FSC200 sekretuje membránové vesikly do extracelulárního prostředí. Klíčová slova: Francisella tularensis, sekreční systémy, proteiny kultivačního filtrátu, sekretované proteiny, vesikly vnější membrány

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 16 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
3 Hernychová, Lucie
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.