|
|
Epigenetické regulace genové exprese při nádorové progresi a latenci viru HIV-1
Kovářová, Denisa ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Rösel, Daniel (oponent)
Epigenetické mechanizmy transkripční regulace a modulace genové exprese pomocí RNA interference se staly významnými nástroji pro studium řady buněčných mechanizmů včetně nádorové progrese a virové latence Pokroky v profilování genové exprese poskytují nástroj k detekci kandidátních genů zúčastněných v tomto komplexním procesu a přináší další možnosti v diagnostice a specifické léčbě nádorových onemocnění. V této práci porovnávám pomocí mikročipové technologie expresní profily metastázující a nemetastázující linie buněk trasformovaných genem v-src. Transkripční faktor homeodomain only protein X (HOPX) byl identifikován jako jeden z diferenciálně exprimovaných genů. Aktivita genu HOPX v různých typech nádorů bývá kontolována zejména metylací jeho promotoru. Roli HOPX v metastatickém procesu jsem potvrdila inokulací buněk s modulovanou expresí HOPX do syngenních kuřat. Po snížení exprese HOPX pomocí shRNA vykazovala původně metastázující linie menší metastatickou kapacitu in vivo. Další genomová analýza identifikovala soubor genů ovlivněných sníženou expresí HOPX. Tato data demonstrují, že HOPX je gen asociovaný s metastázováním a snížení jeho exprese vede k potlačení metastatické aktivity buněk transformovaných genem v-src změnou expresních vzorců. Ve druhém projektu jsem se věnovala latenci viru...
|
|
|
Studium vlastností virových kapsidových proteinů a vývoj rekombinantních vakcín a diagnostických komponent založených na umělých virových strukturách
Fraiberk, Martin ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Hubálek Kalbáčová, Marie (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Cílem této studie bylo vytvořit systém pro snadnou produkci různých veterinárních chimérických vakcín založených na stabilních strukturách myšího polyomaviru (MPyV). Systém je určen pro antigeny, které jsou problematické z hlediska produkce nebo stability. Nejprve byly navrženy univerzální vektory pro bakulovirovou produkci chimérických, viru podobných částic (VLPs) nebo pentamer založených na hlavním kapsidovém proteinu VP1 MPyV, k jejich využití jako vakcíny proti jiným patogenům. Různé strategie použité v této studii jsou založené na: A) vystavení vybraných imunogenních epitopů na povrchu VLPs MPyV jejich inzercí do povrchové smyčky proteinu VP1, B) inzerci cizorodých peptidů a proteinů dovnitř VLPs nebo C) fúzi cizorodého proteinu nebo jeho částí s C-koncem proteinu VP1, a tedy vytvoření pentamer chimérického proteinu. Kandidátní vakcinační antigeny proti prasečímu cirkoviru typu 2 (PCV2), původci systémových chorob spojených s PCV2 (PCV2-SD), který způsobuje významné ekonomické ztráty v chovech prasat, byly připraveny pomocí zkonstruovaných vektorů. Všechny kandidátní vakcíny byly po imunizaci myší schopny indukovat produkci protilátek proti kapsidovému proteinu PCV2. Kandidátní vakcína VarC založená na fúzním kapsidovém proteinu MPyV a PCV2 dokázala indukovat produkci protilátek s nejvyšší...
|
|
|
The expression of miRNA in HPV-associated and HPV-independent head and neck tumors
Vojtěchová, Zuzana ; Tachezy, Ruth (vedoucí práce) ; Hejnar, Jiří (oponent) ; Slabý, Ondřej (oponent)
Nádory hlavy a krku představují skupinu nádorů dvojí etiologie. První skupinou jsou nádory asociované s infekcí HPV, druhou skupinou jsou nádory nevirové etiologie, které jsou spojeny s dvěma hlavními rizikovými faktory, a tím je kouření a konzumace alkoholu. Z publikovaných studií je zřejmé, že HPV-pozitivní nádory se vyskytují častěji u mladších pacientů a zároveň tito pacienti vykazují lepší prognózu a celkové přežívání. Z tohoto důvodu je zvažována modifikace léčby na základě etiologie nádorového onemocnění. Nicméně je důležité zajistit specifický, citlivý a klinicky významný biomarker pro přesné určení etiologie nádoru. Vhodným kandidátem pro takové biomarkery jsou miRNAs, jakožto malé nekódující regulační molekuly, které jsou stabilní i v archivních vzorcích, a jejichž rozdílná exprese byla detekována v řadě lidských nádorů a je specifická pro nádory různého původu. Předkládaná práce je zaměřena na miRNA profilování v HPV-pozitivních a HPV-negativních nádorech krčních mandlí a nádorech děložního hrdla s cílem najít rozdíly v regulaci důležitých karcerogenních drah nádorů virové a nevirové etiologie. Naše výsledky ukazují velkou heterogenitu v expresních profilech miRNAs u těchto nádorů. I přes využití velmi dobře charakterizovaného a jednotného souboru vzorků jsme detekovali malý překryv...
|
|
|
Změny onkogenních vlastností nádorových buněk modulací exprese onkogenů. Příklad kuřecích buněčných linií transformovaných genem v-src
Kovářová, Denisa ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Španielová, Hana (oponent)
4 Alterations of the oncogenic properties of tumor cell lines by modulating oncogene expression. Example of v-src transformed chicken cell lines Abstract v-Src protein tyrosine kinase is the product of the transforming gene transduced by avian Rous sarcoma virus. In contrast to proto-oncogene c-src, v-src lacks the negative-regulatory C-terminal domain and consequently shows a higher level of activity and transforming ability. In addition, v-Src contains point mutations throughout its coding region that probably contribute to the high level of intrinsic kinase activity. Long terminal repeats (LTR) comprise strong promoter-enhancer sequences and ensure efficient expression of the v-src gene. v-Src protein has a strong transforming potential in vitro and induces tumor development and growth in vivo. Moreover, it is implicated in metastatic formation. In several cancer types the elevated c-Src kinase activity caused pleiotropic cellular responses inducing transformation and metastasis. The aim of this diploma work was to reveal the role of v-Src in mediating tumor and metastatic progression in chicken cell lines PR9692 and PR9692-E9. Despite the low propensity of the chicken cells to immortalization, comparatively high immoratlization efficiency was observed in cells from ex vivo tumours growing progressively...
|
|
|
Integrační preference a exprese retrovirů a retrovirových vektorů
Miklík, Dalibor ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Žíla, Vojtěch (oponent)
Integrace a vytvoření proviru jsou klíčovými kroky životního cyklu retrovirů. Genomové studie ukazují, že integrace není náhodným procesem a že skupiny příbuzných retrovirů prokazují různé integrační preference. Nejčastěji hodnocenými genomickými charakteristikami určujícími integrační preference retrovirů jsou transkripční jednotky, oblasti transkripčních startů a CpG ostrovy. S rozvíjejícími se poznatky o struktuře genomu je možná i definice nových, převážně epigenetických značek hrajících roli v integračních preferencích retrovirů. Integrace do různých oblastí genomu má přímý vliv na provirovou expresi, a tedy na produkci virového potomstva. Zatímco integrace do některých oblastí genomu má za následek umlčení proviru, které je zprostředkováno a udržováno množstvím nejrůznějších faktorů, jiné oblasti genomu jsou naopak schopny udržovat provirus v aktivním stavu. Tyto poznatky lze aplikovat ve vývoji bezpečných a účinných retrovirových vektorů, stejně jako ve využití modifikovaných retrovirů jako ukazatelů epigenetického či expresního stavu genomových úseků.
|
|
|
Modulation of human telomerase activity by nucleoside and nucleotide analogues
Hájek, Miroslav ; Votruba, Ivan (vedoucí práce) ; Fajkus, Jiří (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
CONCLUSIONS Considering human telomerase as a promising target of anti-cancer therapy, the thesis deals with the study of inhibitory potency of selected ANP diphosphates towards telomerase, and the capability of nucleoside-type DNA methylation inhibitors to inhibit hTERT expression, knowing that hTERT expression closely correlates with telomerase activity in vitro and in vivo. The results can be summarized as follows: All the purine ANP diphosphates except for (S)-PMPApp and 6-Me2PMEDAPpp show dose- dependent inhibition of human telomerase in cell-free assay, the adenine derivatives are less effective inhibitors than the guanine derivatives. The only two pyrimidine ANP diphosphates tested (PMECpp and PMETpp) do not show any significant inhibitory potency towards telomerase. Activity of tested ANPs on telomerase is limited to their diphosphates (ANPpp) only. (R)-enantiomers are more inhibitory compared to (S)-enantiomers. This indicates that absolute configuration plays an important role in the telomerase inhibition and that the enzyme distinguishes between the (R)- and (S)-enantiomers. PMEGpp is the most potent human telomerase inhibitor among all ANPs studied with the IC50 value of 12.7 ± 0.5 mol.l-1 at 125 M dNTPs. Its inhibitory potency towards telomerase is comparable to that of ddGTP (IC50...
|
|
| |
|
|
Strukturní a regulační aspekty aktivace kinázy Src
Koudelková, Lenka ; Brábek, Jan (vedoucí práce) ; Brdička, Tomáš (oponent) ; Hejnar, Jiří (oponent)
Kináza Src má stěžejní roli v množství fundamentálních buněčných procesů. Mimo jiné je součástí signálních drah řídících proliferaci, motilitu či diferenciaci a často bývá deregulována v různých typech nádorů. Aktivita Src proto podléhá přísné a komplexní regulaci, která je zprostředkována SH3 a SH2 doménami a fosforylačním stavem tyrosinů 416 a 527. V kompaktním inaktivním stavu kinázu udržují intramolekulárními inhibiční interakce. Jejich narušením dochází k otevření struktury Src a přechodu do aktivního stavu. Identifikovali jsme nový mechanismus, skrze který může být Src regulována. Jedná se o fosforylaci konzervovaného tyrosinu 90 vazebného povrchu SH3 domény, která vede ke snížení afinity SH3 domény k ligandům včetně CD linkeru a aktivaci kinázy. Fosfomimikujíci mutace tyrosinu 90 indukovala transformaci buněk a zvýšený invazivní potenciál. Jelikož je katalytická aktivita Src reflektována jeho strukturou, lze prostřednictvím stanovení tvaru kinázy usuzovat na její aktivitu. Na základě této korelace jsme sestrojili FRET senzor konformace Src umožňující sledovat s prostorovým a časovým rozlišením dynamiku aktivace kinázy v buňkách. Dokumentovali jsme, že aktivační mutace v SH3, SH2 i kinázové doméně nebo některé typy inhibitorů jsou schopny vyvolat otevření struktury Src. Analýza aktivace Src...
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.