Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 28 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Design and evaluation of potential viral methyltransferase inhibitors
Kocek, Hugo ; Nencka, Radim (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 potvrdila pandemický potenciál virů z čeledi Coronaviridae a potřebu pro nová antivirotika. V současné době máme v boji proti SARS-CoV-2 k dispozici vakcíny, monoklonální protilátky a nízkomolekulární inhibitory - nirmatrelvir (inhibitor proteázy), remdesivir (inhibitor polymerázy) či molnupiravir (mutagen). Remdesivir a molnupiravir byly původně připraveny jako inhibitory jiných virů, nicméně se ukázaly jako léčiva účinná proti SARS-CoV-2. SARS-CoV-2 kóduje 16 nestrukturních proteinů a dva z nich - methyltransferázy (MTázy) nsp14 a nsp16 - se podílí na syntéze RNA čepičky. Ta viru umožňuje mimikovat hostitelovy mRNA, vyhnout se tak antivirovým senzorům (např. IFIT1) a úspěšně se replikovat. Vzhledem ke strukturní podobnosti nsp14 a nsp16 s MTázami SARS-CoV, lze předpokládat, že inhibitory vyvinuté vůči SARS-CoV-2 by mohly být použity v budoucnu vůči jiným koronavirům. Z výše zmíněných důvodů se tato práce zaměřuje na vývoj nových antivirotik cílících na nsp14 a nsp16 viru SARS-CoV-2. Design inhibitorů byl založen na S-adenosyl-L-homocysteinu (SAH; přirozený inhibitor MTáz), přičemž byla navržena in silico série látek s modifikovaným aminoalkylovým řetězcem. Inhibiční potenciál látek byl testován in silico molekulovým modelováním (docking a scoring) s pomocí softwaru Glide....
Immune stimulation by lipid nanoparticles
Aulichová, Veronika ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Pačesová, Andrea (oponent)
Lipidické nanočástice představují nejvyspělejší nevirový transportní systém pro nukleové kyseliny. Umožňují bezpečný a účinný transport nukleových kyselin do cílových buněk a jsou zcela klíčovou technologií pro RNA terapeutika. Ta představují rychle se rozvíjející oblast genetické medicíny, avšak vzhledem k povaze molekuly RNA a především její náchylnosti k degradaci nukleázami, je transportní systém naprosto zásadní pro přechod RNA terapeutik do klinické praxe. Tato práce zkoumá schopnost mRNA formulované v lipidických nanočásticích založených na ionizovatelném lipidoidu zvaným XMAN6 produkovat antigen in vivo a vyvolat tím protilátkovou odpověď. XMAN6 je lipidoid z nové třídy ionizovatelných lipidoidů na bázi adamantanu vyvinutých naším týmem. Lipidické nanočástice byly nejprve testovány in vitro za účelem analýzy jejich funkčnosti a indukce cytokinů, a poté in vivo za použití myšího modelu. Lipidické nanočástice byly aplikovány dvěma různými způsoby a v několika experimentálních modelech a jejich bezpečnost byla hodnocena analýzou celkové myší aktivity. Data ukázala, že XMAN6 je slibný lipidoid pro in vivo použití. Lipidické nanočástice, založené na XMAN6, úspěšně indukovaly protilátkovou odpověď proti antigenu kódovanému dopravenou mRNA, a to jak po intraperitoneální, tak po intramuskulární...
Exploring novel strategies targeting HBV
Šmilauerová, Kristýna ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Černý, Jan (oponent)
Přestože již existuje účinná a bezpečná vakcína proti viru hepatitidy B, nemocnost a úmrtnost na tuto nemoc jsou stále vysoké. Klíčem k vývoji spolehlivé léčby je detailní znalost životního cyklu viru a funkcí všech jeho složek. V předkládané práci jsme zkoumali interaktom kapsidového proteinu viru hepatitidy B. Použitím identifikační metody závislé na proximitní biotinylaci (BioID) spojené s hmotnostní spektrometrií jsme identifikovali seznam potenciálních proteinových kandidátů, kteří jsou buď významně nabohaceni (celkem 105 proteinů) nebo méně zastoupeni v buňce v přítomnosti kapsidového proteinu HBV (40 proteinů). Seznam také zahrnuje známé proteiny interagující s kapsidovým proteinem HBV: SRPK1 a SRPK2 a protein p53, o jehož expresi je známo, že je potlačen v důsledku interakce kapsidového proteinu HBV s transkripčním faktorem E2F1. Mnoho z nově identifikovaných možných proteinů interagujících s kapsidovým proteinem HBV se podílí na biologických procesech, u kterých je již známo nebo u nichž existuje podezření, že jsou ovlivněny HBV, jako jsou translační a transportní procesy nebo genová exprese a produkce makromolekul. Tato práce komplexně charakterizuje interaktom kapsidového proteinu HBV v živých buňkách a může tedy sloužit jako spolehlivý začátek pro hloubkovou analýzu interakce...
Role WSS1 proteasy v DNA reparačních procesech kvasinkové buňky.
Adámek, Michael ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Zachování integrity DNA je v průběhu života kritické pro každý živý organismus. Organismy si proto vyvinuly mnoho způsobů, jak detekovat a opravit různé typy poškození DNA, způsobené endogenními i exogenními vlivy, vyúsťující dále v replikační stres. Chyby v těchto opravných mechanismech mohou vést k závažným lidským onemocněním, jako jsou neurologické poruchy, familiární druhy onkologických onemocnění nebo vývojové syndromy. V této diplomové práci byla zkoumána funkce kvasinkového proteinu Wss1, metaloproteasy, která se podílí na nedávno objevené DNA opravné dráze, která proteolyticky odstraňuje proteiny kovalentně zachycené na zuje silnou negativní interakci s jinou proteasou opravující DNA, Ddi1, přičemž bylo objeveno, že kvasinkový kmen postrádající současně geny je hypersenzitivní na hydroxyureu. Hydroxyurea inhibuje ribonukleotidreduktasu, čímž v konečném důsledk způsobuje zastavení buňky v fázi buněčného cyklu. V rámci této diplomové práce byly na základě předchozích studií provedeny tzv. "rescue" experimenty s různými variantami Wss1, postrádajícími jednotlivé domény či obsahujícími bodové aminokyselinové záměny. Tyto experimenty následně posloužily k posouzení účasti jednotlivých domén proteinu Wss1 v odpovědi na replikační stres vyvolaný hydroxymočovinou.
Nanoparticles for gene editing
Kružíková, Zuzana ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Časné genové terapie založené na DNA byly testovány pro terapeutické účely, dříve či později se ovšem objevila řada překážek a rizik spojených s jejich využíváním, což zastavilo další klinické testování. Poměrně nedávno byly tyto metody nahrazeny rychle se rozvíjejícím genovým editováním za pomoci programovaných nukleas, které jsou schopny štěpit specifické sekvence DNA a tak vytvořit přesné genomové modifikace. Jako potenciální terapeutika jsou testovány nukleasy s motivem zinkového prstu (ZFN), dále tzv. "transcription activator-like effector" nukleasy (TALEN) či CRISPR/Cas9 systémy. Největším rizikem, kterému je nutné zabránit, jsou chybná štěpení mimo cílové sekvence. Jako nejvhodnější metoda pro aplikaci do buněk se jeví cílené dopravování nukleas ve formě mRNA. Nanočástice různých typů umožňují přenos mRNA a usnadňují tak dopravování nukleas do buněk. Tato bakalářská práce popisuje některé z těchto nanočástic společně s charakterizací programovaných nukleas.
Deciphering the biological role of Ddi1-like protein family
Sivá, Monika ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Bařinka, Cyril (oponent) ; Stopka, Pavel (oponent)
Představitelé rodiny proteinů podobných Ddi1 (z angl. DNA damage-inducible protein homolog 1) patří do skupiny tzv. "přenašečů", které jsou v buňce zodpovědné za regulaci degradace proteinů v ubikvitin-proteasomálním systému. Proteiny podobné Ddi1 se od ostatních přenašečů liší specifickou doménou podobnou retrovirálním proteasam, která patří mezi aspartové proteasy. Nedávno byla v jejich struktuře taktéž objevena vysoce konservovaná helikální doména. V poslední době se objevují studie, které popisují nové funkce členů rodiny protein podobných Ddi1 a to v rámci udržování buněčné homeostázy v odpovědi na stresové podněty, např. v reakci na proteotoxické podmínky nebo v opravě poškozené DNA. Tato disertační práce se zabývá charakterizací vybraných členů rodiny proteinů podobných Ddi1 a to jak na molekulární úrovni, tak v biologických studiích na myších modelech. Byla vyřešena struktura domény podobné ubikvitinu (ubiquitin-like domain, UBL) v rámci kvasinkového proteinu Ddi1. Následně byly porovnány vazebné vlastnosti domén UBL kvasinkového proteinu Ddi1 a lidského proteinu DDI2. Doména UBL a motiv vázající ubikvitin (ubiquitin interacting motif, UIM) lidského homologu DDI2 sice specificky vážou ubikvitin, zároveň je však tato vazba velice slabáv porovnání s jinými ubikvitin vazebnými doménami. Naše...
Určení trojrozměrné struktury helikální domény proteinu Ddi2 (DNA damage-inducible protein 2)
Staníček, Jakub ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Lidský Ddi2 protein a jeho homology jsou málo prozkoumanou skupinou UBL/UBA proteinů obsahujících navíc doménu, jejíž struktura je příbuzná s dimerními aspartátovými proteasami retrovirů. Nejprozkoumanějším homologem je Ddi1 ze Saccharomyces cerevisiae, protein fungující v rámci ubikvitin-proteasomového systému. Tento klíčový buněčný systém využívá přísně regulovaný enzymatický aparát k vysoce selektivním posttranslačním modifikacím proteinů pomocí ubikvitinu. Ten následně funguje jako nitrobuněčný signál, rozhodující o dalších osudech označeného proteinu, přičemž nejčastějším důsledkem ubikvitinace bývá proteasomální degradace. Ddi1 v tomto kontextu zřejmě hraje roli adaptoru, napomáhajícího vazbě ubikvitinovaného substrátu na proteasom. Ač je funkce adaptoru v ubikvitin-proteasomovém systému možná i v případě lidského Ddi2, vzhledem k evolučním proměnám může být jeho úloha značně pozměněna. Jedním z důležitých bodů pro pochopení nitrobuněčné role Ddi2 je odhalení funkce jeho jednotlivých domén. Tato práce se zabývá strukturní analysou části proteinu Ddi2 přímo sousedící s proteasovou doménou, kde se nachází helikální oblast nazvaná HDD doména. Tato část byla naklonována, exprimována a změřena pomocí NMR spektroskopie. Strukturní data založená na údajích z NMR byla dále využita ke strukturním...
HIV - 1 Protease: Insights into Drug Resistance Development
Grantz Šašková, Klára ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Dohnálek, Jan (oponent) ; Schiffer, Celia (oponent)
Aminokyselinové záměny v HIV proteáze či jejím substrátu, které snižují citlivost k proteázovým inhibitorům, představují celkem složitý problém, který není jasně charakterizován. Četné mechanismy, jakými mnohdy velmi komplikovaná skladba mutací ovlivňuje vazbu inhibitoru, musí nutně být analyzovány na molekulární úrovni, a to nejlépe sérií metod, počínaje experimenty s rekombinantními viry, enzymovými esejemi, strukturálními a termodynamickými studiemi či molekulární dynamikou. Každý výsledek pak může pomoci sestavit dohromady jakousi mozaiku evoluce vzniku rezistence k proteázovým inhibitorům, a tím se nepřímo podílet na vývoji ještě účinnějších léků tzv. třetí generace cílených proti HIV/AIDS. Tato dizertační práce představuje několik analýz zabývajících se vznikem rezistence u HIV viru právě na molekulární úrovni. Zaměřili jsme se konkrétně na evoluční dráhu vedoucí k rezistenci k proteázovému inhibitoru nelfinaviru, dále na tzv. lopinavirové mutační skóre, poté na výskyt aminokyselinových inzercí v genu HIV proteázy a jejich vliv na rezistenci k proteázovým inhibitorům a v neposlední řadě jsme analyzovali vysoce mutované varianty HIV proteázy izolované z pacientů, u kterých již nebyla účinná terapie darunavirem. Jelikož jsme byli schopni pracovat s širokou škálou technik, podařilo se nám...
Novel substrates of cullin-RING ubiquitin ligases: identification and functional characterisation
Liďák, Tomáš ; Čermák, Lukáš (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent) ; Mašek, Jan (oponent)
Selektivní degradace proteinů ubikvitin-proteazomovým systémem je nezbytná pro udržování buněčné homeostázy a regulaci celé řady biologických procesů. Selektivita tohoto systému je dána stovkami ubikvitin ligáz, které specificky rozeznávají proteiny určené k degradaci (tzv. substráty) a katalyzují jejich ubikvitinaci, čímž je označují pro následnou degradaci. Největší skupinu ubikvitin ligáz tvoří vícepodjednotkové cullin-RING ubikvitin ligázy. Navzdory významnému pokroku v pochopení jejich molekulární architektury, sestavení a regulace zůstávají substráty a funkce většiny z nich neznámé. Tato práce se zabývá dvěma ubikvitin ligázami z podrodiny cullin-RING ubikvitin ligáz 4 (CRL4) - CRL4DCAF4 a CRL4DCAF12 . Za účelem identifikace jejich potenciálních substrátů a určení jejich biologických rolí bylo použito několik odlišných přístupů. S využitím proteomického přístupu jsme identifikovali širokou škálu potenciálních substrátů. Následně byla provedena podrobná charakterizace identifikovaných interakcí a testování podmínek, za kterých potenciální substráty podléhají degradaci. Nakonec byly za účelem odhalení fyziologické role CRL4DCAF4 a CRL4DCAF12 připraveny lidské buněčné linie a myší modely s vyřazeným genem pro DCAF4 a DCAF12. Zde prezentovaná identifikace a validace nových substrátů CRL4DCAF4 a...
Rakovinotvorný a metastatický potenciál nádorových buněk s nefunkčním ubikvitinačním komplexem CRL4
Slámová, Monika ; Procházka, Jan (vedoucí práce) ; Grantz Šašková, Klára (oponent)
Ubikvitinační komplex CRL4 (Cullin Ring Ligase) vzbuzuje velkou pozornost z důvodu jeho účasti ve fyziologických a patologických procesech, zejména při vývinu rakoviny. Je popsáno, že Cullin4 a/b proteiny slouží jako onkoproteiny u různých malignit. Vzhledem ke své roli v regulaci rakoviny byly identifikovány léky cílené na CRL4, mezi které patří thalidomid a jeho deriváty inhibující jeden ze substrátových receptorů komplexu, protein Cereblon. Adaptorový protein v CRL4 komplexu - DDB1, který se účastní mimo jiné oprav DNA, má také svou roli v rakovinných onemocněních, ale mechanismus této funkce dosud nebyl zcela objasněn. Předmětem této diplomové práce bylo studium dopadů vyřazení a potlačení funkce CRL4 komplexu v prostatické rakovinné linii LNCaP. Značně variabilní změny v proliferaci a migraci buněk byly pozorovány při ovlivnění funkce komplexu za použití látky thalidomid. Vytvoření buněčné linie LNCaP s podmíněně potlačenou funkcí DDB1 sloužilo ke studiu dynamiky nádorů v myším modelu. Výsledky ukazují, že potlačení funkce DDB1 má inhibující vliv na proliferaci nádorových buněk, ale zvyšuje jejich schopnost invazivity do přilehlých tkání. Úplné vyřazení genu DDB1 v linii LNCaP vedlo k buněčné letalitě. Variabilní a kontextuálně dependentní vlastnosti genu DDB1 v onkogenezi podněcují k dalšímu...

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 28 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.