|
|
Klonování a charakterizace proteinů potenciálně zacílených do membránových mikrodomén
Falteisek, Lukáš ; Černý, Jan (vedoucí práce) ; Brábek, Jan (oponent)
3 Abstract Lipid rafts are defined as islets in the membranes of eucaryotic cells with different composition from the rest of the membrane. They appear spontaneously due to phase separation of different membrane components and are proposed to serve as platforms for concentration of selected signaling proteins. However, evidence for their existence is still indirect, despite more than decade of intense research. Some new approaches show that the fluctuations of membrane composition are more diverse and are caused more likely by presence of proteins than by lipid phase separation. We performed bioinformatical search looking for new signaling proteins targeted to putative rafts. We have identified several proteins and out of them phosphodiesterase 8a (PDE 8a) was salected for further research. To prepare the mouse monoclonal antibody we expressed and purified fragment of PDE 8a fused with GST. After immunisation we obtained one clone producing antibodies tentatively positive on western blot and by indirect immunofluorescence. We predicted that PDE 8a is targeted to putative rafts by N-terminal myristoylation and palmitoylation. To clarify, whether these modifications are present in the strusture of PDE 8a we prepared mutants of the PDE 8a N-terminal region lacking myristoylation, palmitoylation or both. These...
|
|
| |
|
|
Mikrodomény ve sladkovodním sedimentu jako řídící faktor biogeochemických procesů
Duchoslav, Vojtěch ; Falteisek, Lukáš (vedoucí práce) ; Beranová, Jana (oponent)
Na přirozené arsenové anomálii v Mokrsku dochází k bioprecipitaci realgaru (As4S4) v potočním sedimentu. Rozsah tohoto jevu je světově ojedinělý. Předcházející práce prokázala schopnost mikroorganismů uvolňovat arsen z pevných fází do roztoku a také jejich schopnost respirativní redukcí produkovat sulfidickou síru a i trojmocný arsen, tedy prekurzory realgaru. Zároveň ale vyvstaly zásadní otázky ohledně mechanismu rážení realgaru, neboť se nikdy nepodařilo naměřit chemicko-fyzikální podmínky, které by jeho krystalizaci umožňovaly. Pro pochopení funkce systému byly chemicky a mikrobiologicky analyzovány půdní profily do hloubky cca 120 cm. Tento rozsah zahrnuje oblast kolísání hladiny spodní vody. Podařilo se nám rozeznat šest odlišných domén, které reprezentují prostředí od povrchové půdy po anoxický sediment obsahující dřevo inkrustované realgarem. Srovnání fylogenetické disimilarity ukázalo, že komunity domén tvoří navzájem převážně distinktní klastry, což svědčí o rozdílných podmínkách a procesech, které zde probíhají. Inkubační (mikrokosmové) experimenty ukázaly, že bioprecipitace realgaru in vitro je možná a vyžaduje omezení mikrobiální aktivity v roztoku a jeho striktní lokalizaci do dřevní hmoty či na její povrch. Pokud je nám známo, je tato práce vůbec prvním případem úspěšného biogenního...
|
|
|
Ekologie mikrobiálních společenstev v prostředí sulfidických rud
Falteisek, Lukáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Šabacká, Marie (oponent) ; Mandl, Martin (oponent)
1 Abstrakt Tato práce se zaměřuje na diverzitu mikroorganismů prokaryotického typu žijících v prostředí mikrobiální dekompozice i tvorby sulfidických minerálů a zkoumá zde vztah mezi složením mikrobiálních komunit a geochemickými procesy. V prostředí rozsáhlého a částečně vytěženého ložiska sulfidických rud byly poprvé charakterizovány mikrobiální komunity v gossanu a jejich role v rámci ekosystému. Kromě toho byla srovnána mikrobiální společenstva ze stanovišť typických pro tvorbu a přeměny kyselých důlních vod (AMD) a byla nalezena diferenciace nik mezi příbuznými mikroorganismy. Nález neobvykle variabilních mikrobiálních komunit v biostalaktitech rostoucích na vývěrech AMD byl využit pro detekci neutrální variability mikrobiálních společenstev. Bylo zjištěno, že jednoduché mikrobiální komunity nevykazují podobnost podle lokality, ačkoliv podobnost prostředí lokalitám odpovídala, ale převážně náhodně. Tím se jednoduché komunity liší od vysoce diverzifikovaných společenstev z půdy, sedimentů a dalších komplexních substrátů, které vykazují vysokou korelaci bioty s faktory prostředí. Předpokládaná příčina tohoto rozdílu je kompozitní charakter bohatých komunit a potlačení náhodných fluktuací průměrováním velkého počtu fyzicky oddělených mikrokomunit. Tomu nasvědčuje i fakt, že podobnost jednoduchých komunit...
|
|
|
Role bakterií při přeměnách silikátových minerálů v prostředí neutrálního pH
Duchoslav, Vojtěch ; Falteisek, Lukáš (vedoucí práce) ; Seydlová, Gabriela (oponent)
Víme, že bakterie jsou schopné urychlovat rozpouštění silikátových minerálů. Rozkladem získávají buď substráty pro svůj energetický metabolismus a v takovém případě provádějí redoxní přeměny, nebo ze silikátů získávají minerální živiny, které nejsou v dostupnější formě přítomné. Při mikrobiálním rozkladu silikátů se uplatňují především mechanismy lokální kyselé či zásadité katalýzy a povrchové komplexace. Dobývanými minerálními živinamy mohou být K, Mg, P, Fe, apod. Prakticky jediným využitelným energetickým substrátem je železo. Zatím co při získávání železa jako esenciální živiny jsou využitelná extremně silná komplexační činidla (tzv. siderofory), pro energetické využití je nutné železo získávat slabšími komplexanty, nebo jej redukovat přímo v krystalové mřížce např. pomocí elektricky vodivých nanovláken. Na rozdíl od sulfidů není běžné oxidativní rozpouštění silikátů chemoautotrofními organismy. Bakteriální rozpouštění silikátů sice zanechává morfologické i geochemické stopy, ale neumíme je zatím jednoznačne rozeznat a interpretovat. Ačkoli víme, že jsou bakterie schopné rozpouštět téměř všechny hlavní horninotvorné minerály v nejrůznějších podmínkách, nejsme schopni jejich podíl kvantifikovat. Tato fundamentální otázka, která se úzce týká globálních cyklů prvků, představuje jednu z hlavních výzev pro...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Využití mikrobiálních komunit jako markeru podmínek v podzemních biotopech
Burkartová, Kateřina ; Falteisek, Lukáš (vedoucí práce) ; Drahota, Petr (oponent)
V současné době exponenciálně přibývá množství dat získaných barcodingem 16S rDNA bakterií a archeí v různých přirozených prostředích. Proto nabývá na důležitosti rozvoj metod, umožňujících z těchto dat získat smysluplné informace. V této práci byly pomocí sekvenace 16S rDNA analyzovány mikrobiální komunity ze vzorků vody, kalu a vrtného prachu ze tří geologicky dobře prozkoumaných sedimentárních akviferů v Českém masívu. Cílem bylo zjistit, jak je možné využít různé analýzy při interpretaci procesů v podzemní vodě. Mikrobiální komunity z akviferů s různými podmínkami byly charakterizovány třemi metodami: taxonomickým a metabolickým popisem nejhojnějších mikroorganismů v komunitě, ordinačními metodami zobrazujícími variabilitu metabolických skupin a taxonomických jednotek a metodou UniFrac, která ukazuje míru fylogenetické disimilarity mezi komunitami. Z výsledků těchto analýz vyplývá, že na jednotlivých lokalitách odpovídá posun ve složení mikrobiálních komunit vlivu různých složek v prostředí. Pomocí nepřímé ordinační analýzy zobrazující variabilitu metabolických skupin bylo zjištěno, že vzorky z kalu mají lepší výpovědní hodnotu o tom, jaké donory elektronů jsou mikrobiální komunitou využívány, než vzorky vody. Nepřímá ordinační analýza je pro mikrobiální komunity nepoužitelná, pokud jsou vzorky...
|
|
|
Ekologie mikrobiálních společenstev v prostředí sulfidických rud
Falteisek, Lukáš ; Čepička, Ivan (vedoucí práce) ; Šabacká, Marie (oponent) ; Mandl, Martin (oponent)
1 Abstrakt Tato práce se zaměřuje na diverzitu mikroorganismů prokaryotického typu žijících v prostředí mikrobiální dekompozice i tvorby sulfidických minerálů a zkoumá zde vztah mezi složením mikrobiálních komunit a geochemickými procesy. V prostředí rozsáhlého a částečně vytěženého ložiska sulfidických rud byly poprvé charakterizovány mikrobiální komunity v gossanu a jejich role v rámci ekosystému. Kromě toho byla srovnána mikrobiální společenstva ze stanovišť typických pro tvorbu a přeměny kyselých důlních vod (AMD) a byla nalezena diferenciace nik mezi příbuznými mikroorganismy. Nález neobvykle variabilních mikrobiálních komunit v biostalaktitech rostoucích na vývěrech AMD byl využit pro detekci neutrální variability mikrobiálních společenstev. Bylo zjištěno, že jednoduché mikrobiální komunity nevykazují podobnost podle lokality, ačkoliv podobnost prostředí lokalitám odpovídala, ale převážně náhodně. Tím se jednoduché komunity liší od vysoce diverzifikovaných společenstev z půdy, sedimentů a dalších komplexních substrátů, které vykazují vysokou korelaci bioty s faktory prostředí. Předpokládaná příčina tohoto rozdílu je kompozitní charakter bohatých komunit a potlačení náhodných fluktuací průměrováním velkého počtu fyzicky oddělených mikrokomunit. Tomu nasvědčuje i fakt, že podobnost jednoduchých komunit...
|
host ::
RSS.