|
|
Struktura, funkce a význam proteinu BRCA1
Hojný, Jan ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce) ; Falk, Martin (oponent)
Studium příčinných faktorů vzniku dědičně podmíněné formy karcinomů prsu a ovarií vedlo k objevu genu Breast Cancer 1, (BRCA1). Produktem tohoto tumor supresorového genu je jaderný fosfoprotein sehrávající kritickou úlohu v opravě genomové DNA, čímž se podílí na kontrole genomové integrity. Úloha proteinu BRCA1 spočívá především ve správném sestavení reparačních komplexů, které se seskupují v místech dvouřetězcových zlomů DNA. Nadto protein BRCA1 přispívá i k regulaci kontrolních bodů buněčného cyklu a k regulaci genové exprese v důsledku poškození genomové DNA, díky čemuž sehrává jednu z klíčových rolí v celkové intracelulární odpovědi na genotoxické poškození. Ztráta této funkce vede k selhání DNA reparačních mechanizmů za současné tolerance genových alterací v takto poškozených buňkách. Stav této genomové nestability je základem maligní transformace a časným krokem vzniku zhoubného nádoru v buňkách s inaktivovaným proteinem BRCA1. Cílem této práce je shrnutí poznatků o struktuře, známých funkcích a významu proteinu BRCA1 především z pohledu nových objevů, které se týkají tvorby různých multiproteinových komplexů, ve kterých protein BRCA1 hraje úlohu muliplatformního interakčního partnera, zásadního pro správnou funkci reparace DNA.
|
|
|
Image Analysis of Gene Locus Positions Within Chromosome Territories in Human Lymphocytes
Stepka, K. ; Falk, Martin
One of the important areas of current cellular research with substantial impacts on medicine is analyzing the spatial organization of genetic material within the cell nuclei. Higher-order chromatin structure has been shown to play essential roles in regulating fundamental cellular processes, like DNA transcription, replication, and repair. In this paper, we present an image analysis method for the localization of gene loci with regard to chromosomal territories they occupy in 3D confocal microscopy images. We show that the segmentation of the territories to obtain a precise position of the gene relative to a hard territory boundary may lead to undesirable bias in the results, instead, we propose an approach based on the evaluation of the relative chromatin density at the site of the gene loci. This method yields softer, fuzzier ´boundaries´, characterized by progressively decreasing chromatin density. The method therefore focuses on the extent to which the signals are located inside the territories, rather than a hard yes/no classification.
|
|
| |
|
|
Struktura, funkce a význam proteinu BRCA1
Hojný, Jan ; Falk, Martin (oponent) ; Kleibl, Zdeněk (vedoucí práce)
Studium příčinných faktorů vzniku dědičně podmíněné formy karcinomů prsu a ovarií vedlo k objevu genu Breast Cancer 1, (BRCA1). Produktem tohoto tumor supresorového genu je jaderný fosfoprotein sehrávající kritickou úlohu v opravě genomové DNA, čímž se podílí na kontrole genomové integrity. Úloha proteinu BRCA1 spočívá především ve správném sestavení reparačních komplexů, které se seskupují v místech dvouřetězcových zlomů DNA. Nadto protein BRCA1 přispívá i k regulaci kontrolních bodů buněčného cyklu a k regulaci genové exprese v důsledku poškození genomové DNA, díky čemuž sehrává jednu z klíčových rolí v celkové intracelulární odpovědi na genotoxické poškození. Ztráta této funkce vede k selhání DNA reparačních mechanizmů za současné tolerance genových alterací v takto poškozených buňkách. Stav této genomové nestability je základem maligní transformace a časným krokem vzniku zhoubného nádoru v buňkách s inaktivovaným proteinem BRCA1. Cílem této práce je shrnutí poznatků o struktuře, známých funkcích a významu proteinu BRCA1 především z pohledu nových objevů, které se týkají tvorby různých multiproteinových komplexů, ve kterých protein BRCA1 hraje úlohu muliplatformního interakčního partnera, zásadního pro správnou funkci reparace DNA.
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Kolokalizace PML tělísek a PML/RARa mikroohnisek s utlumenými a aktivovanými genetickými lokusy a změny struktury chromatinu u APL leukemických buněk
Falk, Martin ; Lukášová, Emilie ; Faretta, M. ; Dellino, I. ; Kozubek, Stanislav ; Pellici, G. I. ; Kozubek, Michal ; Rochi, M.
Akutní promyelocytární leukémie (APL) je asociována s reciprokou translokací mezi geny PML a RARa; mechanismus patogeneze této choroby není nicméně doposud objasněn. V tomto článku ukazujeme, že fúzní protein PML/RARa kolokalizuje v jádře s lokusy obsahujícími klastry genů, umlčenými tímto proteinem, přičemž vazba PML/RARa k těmto lokusům je následně doprovázena lokální kontrakcí chromatinu. Léčba leukemických buněk pomocí all-trans kyseliny retinové (ATRA) vede naopak k rekonstituci PML tělísek a dekondenzaci chromatinu na původní hodnoty pozorované u zdravých buněk. Na základě těchto výsledků navrhujeme a diskutujeme mechanistický model utlumení genové exprese u APL, spočívající v silné vazbě histonových deacethylas (HDAC) k umlčovaným lokusům prostřednictvím represivního komplexu stabilizovaného fúzní chimérou PML/RARa.
|
|
|
Methylace histonu H3K9 v lidských krevních buňkách a v granulocytech pacientů s myeloidní leukemií
Lukášová, Emilie ; Falk, Martin ; Kořistek, Z. ; Kozubek, Stanislav ; Grigoryev, S. ; Kozubek, Michal ; Ondřej, Vladan ; Kroupová, I.
v Antigenní markery heterochromatinických proteinů, které jsou běžně přítomny v jádrech lidských progenitorových buněk CD34+, diferencovaných lymfocytů a monocytů, nejsou přítomny v jádrech neutrofilních a ve značném rozsahu rovněž eosinofilních granulocytů. V granulocytech pacientů s akutní CML a AML byly detekovány všechny isoformy HP1 a silná metylace histonu H3K9. V chronických formách CML nebyla nalezená žádná silná korelace mezi hladinou metylace histonu H3, progresí choroby a způsobem léčby. Naprogramování leukemických buněk HL-60 na terminální diferenciaci pomocí retinové kyseliny nemělo za následek eliminaci metylace histonu H3 a absenci isoforem HP1 proteinu v diferencovaných granulocytech. Naše výsledky jsou první, které ukazují, že metylace histonu H3K9 může být dramaticky změněna v průběhu normální buněčné diferenciace.
|
host ::
RSS.