|
|
Genotypizace vybraných kandidátních markerů rezistence proti lentivirovým infekcím malých přežvýkavců
FARKOVÁ, Barbora
Lentivirové infekce malých přežvýkavců (SRLV - Small Ruminant Lentiviruses) známé jako onemocnění maede-visna u ovcí a virová artritida a encefalitida u koz jsou rozšířené po celém světě a způsobují značné ekonomické ztráty. Lentivirová onemocnění byla zahrnuta do aktuální Metodiky kontroly zdraví zvířat a nařízené vakcinace pro chovy zařazené v kontrole užitkovosti. Kontrolní programy jsou zpravidla založené na sérologickém screeningu a následně jsou sérologicky pozitivní zvířata vyřazena z chovu. V literárním přehledu uvádím významné lentiviry včetně těch, které nebyly předmětem analýz. Cílem této práce byl screening výskytu lentivirových infekcí u malých přežvýkavců v České republice a dále pak genotypizace vybraného kandidátního markeru a nalezení genotypu souvisejícího s možností genové rezistence. Celkem bylo odebráno přes 3200 vzorků krve ovcí a koz u chovatelů v rámci celé České republiky. Genotypizace byla provedena u stád, kde byl zachycen výskyt sérologicky pozitivních zvířat. Amplifikace zkoumané sekvence DNA byla prováděna pomocí PCR (Polymerase chain reaction) analýzy, při správné amplifikaci daného úseku následovala sekvenační analýza a výsledky byly statisticky vyhodnoceny. V mé práci jsem došla k závěru, že v České republice byl dosud zachycen výskyt 2 z 5 možných genotypů SRLV (genotyp A a B) a distribuce různých subtypů u ovcí a koz. Největší rozdíly vykazovaly sekvence u genotypu A, kde jedna skupina izolátů vykazovala možnost zařazení do zcela nového subtypu. U ovcí se podařilo identifikovat všechny tři genotypy genu TMEM154. Výskyt sérologicky pozitivních byl statisticky významně vyšší u zvířat s rizikovým genotypem. Z důvodu možné mutace viru a vzniku nového subtypu genotypu A je pravděpodobnost větší adaptace viru pro napadení a infekci jedinců s více rezistentním genotypem. U koz byl prokázán pouze jeden genotyp, takže zde s největší pravděpodobností nelze najít marker související s rezistencí proti SRLV infekcím.
|
|
|
Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty u psů pomocí PCR
FARKOVÁ, Barbora
Dědičná katarakta je jednou z nejrozšířenějších onemocnění očí u psů. U psů plemene Stafordšírský bullteriér došlo k tak masivnímu rozšíření této dědičné nemoci, že je v České republice zavedeno povinné testování alespoň jednoho jedince z chovného páru. Jedná se o degenerativní onemocnění čočky, kdy postižený jedinec do 3 let trvale oslepne. V České republice se již delší dobu nevyskytují jedinci postiženi touto nemocí, ale stále se objevují skrytí přenašeči, které je třeba odhalit, aby nežádoucí alely mohly být vyloučeny z genofondu. Cílem této práce bylo otestovat jednoduché metody odběrů biologického materiálu, vyzkoušet je v praxi a ověřit, zda jsou vhodné k izolaci DNA a dále otestovat alternativní metodu molekulární detekce tohoto onemocnění. Celkem byly odebrány stěry bukální sliznice od 23 psů a fen plemene Stafordšírský bullteriér. Detekce skrytých přenašečů dědičné katarakty se prováděla pomocí PCR analýzy se specifickými primery. Získané amplikony byly detekovány pomocí gelové a čipové elektroforézy a pomocí fragmentační analýzy. Detekce přenašečů byla založena na přítomnosti 2 amplikonů (detekce heterozygotů). V mé práci jsem došla k závěru, že pro detekci skrytých přenašečů je nutné používat fragmentační analýzu z důvodu rozdílu pouze jedné báze ve sledovaném úseku DNA. Gelová ani čipová elektroforéza neposkytuje tak vysoké rozlišení a není možné detekovat dva fragmenty lišící se pouze o jeden bp. Jako nejvhodnější metodu odběru DNA jsem zvolila stěry bukální sliznice cytologickým kartáčkem a izolaci DNA metodou chelex s následným přečištěním vzorku.
|
|
|
Patogenní mikroorganismy v masných výrobcích
FARKOVÁ, Barbora
Cílem práce je analýza a deskripce mikroorganismů vyskytujících se v masných výrobcích. Práce má již z povahy zadání rešeršní charakter, proto jsou jako vědecké metody zvoleny analýza odborné literatury a následná deskripce zjištěných poznatků. První kapitola je zaměřena na charakteristiku mikroorganismů a jejich rozdělení z několika hledisek. Kapitola 2 se již týká konkrétních rodů mikroorganismů, které byly s použitím širokého spektra literárních zdrojů podrobně charakterizovány, včetně zástupců, kteří se mohou vyskytovat v mase a masných výrobcích. Úvod kapitoly 2 je věnován alimentárním onemocněním ? intoxikacím a toxoinfekcím, které se mohou u člověka objevit po požití nesprávně tepelně upravené potraviny nebo díky špatnému skladování. Jedna z podkapitol kapitoly 2 je zaměřena na plísně, které bývají v rešeršních mikrobiologických pracích často opomíjeny, přestože jsou velmi významným patogenem a nežádoucím prvkem v potravinách. Další kapitola je věnována masným technologiím a zahrnuje terminologii, která se v tomto oboru používá. Navíc shrnuje základní požadavky, předpoklady a normy s masným průmyslem spojené.
|
host ::
RSS.