|
|
Covalent geometry of nucleic acids
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších...
|
|
|
HIV - 1 Protease: Insights into Drug Resistance Development
Grantz Šašková, Klára ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Dohnálek, Jan (oponent) ; Schiffer, Celia (oponent)
Aminokyselinové záměny v HIV proteáze či jejím substrátu, které snižují citlivost k proteázovým inhibitorům, představují celkem složitý problém, který není jasně charakterizován. Četné mechanismy, jakými mnohdy velmi komplikovaná skladba mutací ovlivňuje vazbu inhibitoru, musí nutně být analyzovány na molekulární úrovni, a to nejlépe sérií metod, počínaje experimenty s rekombinantními viry, enzymovými esejemi, strukturálními a termodynamickými studiemi či molekulární dynamikou. Každý výsledek pak může pomoci sestavit dohromady jakousi mozaiku evoluce vzniku rezistence k proteázovým inhibitorům, a tím se nepřímo podílet na vývoji ještě účinnějších léků tzv. třetí generace cílených proti HIV/AIDS. Tato dizertační práce představuje několik analýz zabývajících se vznikem rezistence u HIV viru právě na molekulární úrovni. Zaměřili jsme se konkrétně na evoluční dráhu vedoucí k rezistenci k proteázovému inhibitoru nelfinaviru, dále na tzv. lopinavirové mutační skóre, poté na výskyt aminokyselinových inzercí v genu HIV proteázy a jejich vliv na rezistenci k proteázovým inhibitorům a v neposlední řadě jsme analyzovali vysoce mutované varianty HIV proteázy izolované z pacientů, u kterých již nebyla účinná terapie darunavirem. Jelikož jsme byli schopni pracovat s širokou škálou technik, podařilo se nám...
|
|
|
Nucleic Acid Geometry Standards
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny (NA) jsou biochemické makromolekulární látky, nezbytné pro všechny živé organismy - jejich funkcí je uchovávání genetické informace a řízení procesů syntézy bílkovin. Nukleové kyseliny jsou složené z polynukleotidových řetězců a podle složení těchto nukleotidů rozlišujeme dva základní druhy nukleových kyselin: DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Na základě vnitřní nukleotidové sekvence, a i vlivem vnějších interakcí se tyto řetězce formují do různých prostorových konformací. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popisovány a klasifikovány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro odhalení trojdimenzionálních struktur biologických makromolekul se již přes 50 let používá především metoda rentgenové krystalografie. Principem této metody je interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Na základě elektronové hustoty se poté určují atomové pozice. Při rozlišení dostupném u většiny makromolekulárních krystalů však nejsou tyto krystalografická data dostatečná k tomu, aby bylo možné odvodit chemicky přijatelnou strukturu, proto se používají stereochemická omezení. Stereochemické standardy jsou slovníky popisující konkrétní délky vazeb, úhly vazeb, torzní úhly, roviny a chiralitu. Pomocí těchto hodnot se zdokonalují a...
|
|
|
Územní rozhodovací procesy
Dohnálek, Jan ; Svoboda, Petr (vedoucí práce) ; Vedral, Josef (oponent)
Územní rozhodovací procesy Abstrakt Diplomová práce se zabývá územním rozhodováním z pohledu stavebního zákona č. 183/2006 Sb., o územním plánování a stavebním řádu (stavební zákon), a nabízí čtenáři ucelený, logický a strukturovaný přehled jednotlivých územních rozhodovacích procesů. Kapitola 1.1 vymezuje pojmy území, zastavěné území, zastavitelná plocha, nezastavitelný pozemek a nezastavěné území. V kapitole 1.2 je následně územní rozhodování zasazeno do systematiky práva stavebního, správního a veřejného. Pozornost je dále věnována územnímu plánování, jeho cílům, úkolům a pramenům. Ve zbytku kapitoly jsou stručně představeny územně plánovací podklady, politika územního rozvoje, územně plánovací dokumenty a územní opatření o stavební uzávěře a asanaci území. Kapitoly 2.1 až 2.7 jsou již věnovány samotnému územnímu rozhodování, jako realizačnímu nástroji územního plánování. Po úvodním seznámení s pojmem územního rozhodování v kapitole 2.1 vymezuje kapitola 2.2 pět relativně samostatných úhlů pohledu, z nichž je územní rozhodování ve zbytku práce posuzováno. Kapitola 2.3 tak na územní rozhodování nahlíží z pohledu jeho jednotlivých forem a jejich podřazení pod obecné formy správní činnosti dle správního řádu. Kapitola 2.4 pojednává o právní závaznosti výrazových forem územního rozhodování. V kapitole 2.5...
|
|
|
Structure Analysis of Plant Bifunctional Nuclease TBN1
Kovaľ, Tomáš ; Dohnálek, Jan (vedoucí práce) ; Brynda, Jiří (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Tato práce je věnována podrobné strukturní analýze rostlinné bifunkčnínukleázy TBN1, zástupci rostlinných nukleáz ze skupiny "plant nuklease I". TBN1 spolu s homologními nukleázemi z této rodiny hraje důležitou roli v životním cyklu rostlinných buněk. Tyto enzymy rovněž prokazují významné protinádorové účinky. Dva druhy TBN1 (divoký typ a N211D mutant) byly studovány. Byly analyzovány vlastnosti obou typů TBN1 v závislosti na složení roztoků, ve kterých byly rozpuštěny. Obě byly úspěšně vykrystalizovány. Struktury obou typů TBN1 byly řešeny pomocí rentgenové difrakce. Fázový problém byl vyřešen pomocí experimentálního fázování metodou MAD s použitím iontů zinku přirozeně přítomných v TBN1. Byly analyzovány strukturní vlastnosti TBN1 jako sekundární struktura, stavba aktivního mistra, vliv glykosylace a rozložení electrostatickeho potenciálu na povrchu. Na základě strukturních vlastností a srovnáním s podobnými proteiny byl navržen reakční mechanismus TBN1.
|
|
|
HIV - 1 Protease: Insights into Drug Resistance Development
Grantz Šašková, Klára ; Konvalinka, Jan (vedoucí práce) ; Forstová, Jitka (oponent) ; Dohnálek, Jan (oponent) ; Schiffer, Celia (oponent)
Aminokyselinové záměny v HIV proteáze či jejím substrátu, které snižují citlivost k proteázovým inhibitorům, představují celkem složitý problém, který není jasně charakterizován. Četné mechanismy, jakými mnohdy velmi komplikovaná skladba mutací ovlivňuje vazbu inhibitoru, musí nutně být analyzovány na molekulární úrovni, a to nejlépe sérií metod, počínaje experimenty s rekombinantními viry, enzymovými esejemi, strukturálními a termodynamickými studiemi či molekulární dynamikou. Každý výsledek pak může pomoci sestavit dohromady jakousi mozaiku evoluce vzniku rezistence k proteázovým inhibitorům, a tím se nepřímo podílet na vývoji ještě účinnějších léků tzv. třetí generace cílených proti HIV/AIDS. Tato dizertační práce představuje několik analýz zabývajících se vznikem rezistence u HIV viru právě na molekulární úrovni. Zaměřili jsme se konkrétně na evoluční dráhu vedoucí k rezistenci k proteázovému inhibitoru nelfinaviru, dále na tzv. lopinavirové mutační skóre, poté na výskyt aminokyselinových inzercí v genu HIV proteázy a jejich vliv na rezistenci k proteázovým inhibitorům a v neposlední řadě jsme analyzovali vysoce mutované varianty HIV proteázy izolované z pacientů, u kterých již nebyla účinná terapie darunavirem. Jelikož jsme byli schopni pracovat s širokou škálou technik, podařilo se nám...
|
|
|
Traktory Deutz - Fahr
Dohnálek, Jan
DOHNÁLEK, J. Traktory DEUTZ-FAHR. Bakalářská práce. Brno MENDELOVA UNIVERZIA Agronomická fakulta, 2015. Bakalářská práce se zabývá traktory konkrétní značky DEUTZ-FAHR. V práci je roze-brána částečná historie značky ale i současný stav na tuzemském trhu. Dále jsou zde informace o výhradním dovozci, jeho službách a servisním středisku. V poslední části nalezneme rozbor konkrétního traktoru DEUTZ-FAHR Agrotron 7 TTV, který je rozlo-žen do tří částí: motorová, převodová a hydraulická, řídící část.
|
|
|
Oceňování strukturovaných produktů
Dohnálek, Jan ; Brada, Jaroslav (vedoucí práce) ; Kováč, Michal (oponent)
Cílem práce je seznámit čtenáře s oblastí oceňování strukturovaných produktů (strukturovaných instrumentů). Jedná se o relativně složitou problematiku, jež však stojí na obecných základech oceňování. Právě všeobecnými základy oceňování se zabývá úvodní kapitola. Důraz je kladen především na objasnění principu současné hodnoty, jakožto specifické varianty metody porovnání, a jejím souvisejícím aspektům. Ve druhé části jsou popsány klíčové prvky oceňování strukturovaných instrumentů. Větší část této kapitoly je věnována simulaci Monte Carlo, coby v praxi nejpoužívanějšímu nástroji oceňování těchto instrumentů. Důležitou součástí simulace Monte Carlo je opční spread, který vzniká jako její vedlejší produkt a odráží hodnotu opce obsažené v oceňovaném instrumentu. Třetí kapitola je zaměřena na modely úrokové míry a předčasného splácení. Vývoj úrokové míry a v závislosti na něm i vývoj úrovně předčasného splácení jsou zásadní faktory, které ovlivňují hodnotu strukturovaných instrumentů. Popis jednotlivých modelů zahrnuje jednak teoretické a matematické vyjádření a také jsou zmíněny jejich výhody a nevýhody. V poslední části práce je ilustrován oceňovací model, který je aplikován na příkladu oceňování hypotetických strukturovaných instrumentů. Na základě modelu je predikován vývoj peněžních toků z podkladového portfolia aktiv, od čehož se odvíjí výsledná hodnota oceňovaných instrumentů. V úplném závěru práce jsou nastíněny výhody strukturovaných instrumentů a z nich vyplývající motivace bank a jiných institucí pro jejich využívání v praxi.
|
|
| |
host ::
RSS.