|
|
Danio rerio as a model of serious human diseases
Hason, Martina ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
(SLOVENSKY) Za posledných päť desaťročí sa danio pruhované (Danio rerio) stalo užitočným modelovým organizmom v oblasti vývojovej biológie ako aj v štúdiu ľudských ochorení. Používanie dania v xenotransplantačných štúdiách sa stáva čoraz populárnejším a pokročilo smerom k skríningu protirakovinových liečiv. Zebričky sú obzvlášť vhodné pre high-throughput predklinický skríning liečiv vzhľadom na malú veľkosť ich embryí ako aj na vysoký podiel evolučne konzervovaných dráh, súvisiacich s rakovinou. Hodnotenie reakcie rakovinových buniek na liečivá in vivo musí byť rýchle a efektívne, aby mohlo znamenať pokrok pre personalizovanú medicínu. Stále však chýbajú metódy, ktoré by umožňovali rýchle a citlivé hodnotenie rastu nádorových buniek pre high-throughput skríning liečiv v in vivo modeloch. Navrhli sme a experimentálne overili novú bioluminiscenčnú skríningovú platformu, v ktorej sme použili embryá dania transplantované rakovinovými bunkami. Náš model by mohol byt vhodným riešením pre predklinické testovanie liečiv in vivo, prostredníctvom bioluminiscencie. V našich experimentoch sme použili luciferázu NanoLucTM , ktorá nám umožnila rýchly skríning protirakovinových inhibítorov. V porovnaní s konvenčným fluorescenčným signálom má bioluminiscenčný signál veľmi nízke pozadie a je preto vhodným, citlivým...
|
|
|
Role of Smarca5 (Snf2h) chromation remodeling ATPase in hematopoitic development and erythropoiesis
Kokavec, Juraj ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Jaderný protein Smarca5 (Snf2h) je jeden z nejvíce konzervovaných chromatin remodelačních faktorů a molekulárních motorů u savců. ATPáza Smarca5 (a ostatní příbuzní zástupci proteinové nadrodiny SWI/SNF2) společně se svými vazebnými partnery vytváří několika podjednotkové remodelační komplexy, jež posouvají, odstraňují nebo přináší histonové oktamery na DNA za účelem regulace trankripce, replikace, oprav poškození DNA a jiných nepostradatelných buněčných funkcí. Ve své disertační práci se zabývám studiem myšího modelu delece genu Smarca5 na počátku definitivní krvetvorby. Jedinci s delecí genu Smarca5 v hematopoetické kmenové buňce (aktivní promotor Vav1) umírají během pozdního vývoje in utero v důsledku závažné anémie. Ve fetálních játrech těchto experimentálních zvířat jsme pozorovali akumulaci krvetvorných kmenových a progenitorových buněk (HSPCs) a inhibici jejich dozrávání do erythroidní a myeloidní buněčné řady. Popsané poruchy vývoje byly doprovázeny dysplastickými změnami na úrovni proerytroblastů a poruchami buněčného cyklu na přechodu z G2 do M fáze u bazofilních erytroblastů. Dále jsme pozorovali, že nedostatečná funkce Smarca5 zvyšuje hladinu tumor supresorového proteinu p53 v erythroidních progenitorech, aktivaci jeho transkripčních cílů a k postranslačním modifikacím, jež jsou...
|
|
|
Signalling pathways in pancreatic cancer and its treatment by targeting of mitochondria
Ezrová, Zuzana ; Neužil, Jiří (vedoucí práce) ; Masařík, Michal (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
Rakovina slinivky břišní je jednou z nejčastějších příčin úmrtí na rakovinu. Mezi hlavní aspekty vedoucí k nepříznivé prognóze tohoto onemocnění se zpravidla řadí pozdní diagnóza a odolnost vůči zavedeným terapeutikům. Pozdní diagnóza je způsobena především bezpříznakovými časnými fázemi vývoje nádoru. Léková rezistence je pak zapřičiněna různorodým složením nádoru, neobvykle rozsáhlým nádorovým mikroprostředím a přizpůsobivostí jednotlivých buněčných komponent na měnící se energetické podmínky. Předchozí výsledky v naší laboratoři prokázaly, že cílením bioaktivních molekul do mitochondrií se výrazně posiluje jejich akumulace v těchto organelách. Vzhledem k tomu, že podání metforminu je u pacientů s cukrovkou 2. typu léčených touto látkou spojováno se sníženým rizikem výskytu rakoviny slinivky břišní, upravili jsme strukturu metforminu tak, aby byla zvýšena jeho koncentrace v místě svého působení, tedy v mitochondriích. Tato práce ukazuje, že mitochondriálně cílený metformin, tzv. MitoMet, eliminuje buňky nádoru slinivky břišní v porovnání s mateřskou látkou ve více než 1000 krát nižší koncentraci. MitoMet potlačuje mitochondriální respiraci, aktivuje dráhu kinázy AMPK a způsobuje depolarizaci mitochondriálního membránového potenciálu v buňkách nádoru slinivky břišní v důsledku interakce s...
|
|
|
The role of Kit ligands in hematopoiesis of Danio rerio
Oltová, Jana ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Živný, Jan (oponent) ; Divoký, Vladimír (oponent)
Hematopoetická regulace závisí z velké části na aktivitě hematopoetických cytokinů a jejich receptorů. Díky celogenomové duplikaci je u kostnatých ryb včetně Dánia pruhovaného (Danio rerio) mnoho duplikovaných paralogů, mimo jiné i pro některé hematopoetické cytokinové geny. V tomto projektu jsme se zabývali rolí duplikovaného Kit ligandu v hematopoeze D. rerio. Kit ligand (Kitlg) je cytokin s pleiotropním efektem, který je zcela zásadní pro erytropoezu u obratlovců, ale u D. rerio tato role zatím nebyla prokázána. Za účelem ověření této funkce jsme použili in vivo a ex vivo nástroje a gain-of-function i loss-of-function přístupy. Jako první jsme prokázali synergistickou kooperaci rybího Kitlga s erythropoetinem (Epo) a dexamethasonem (Dex), která umožňuje kultivovat buňky ledvinné dřeně v suspenzi a vytváří optimální podmínky pro expanzi dospělých erytroidních progenitorů. Předpokládáme, že námi navržené podmínky bude dále možné optimalizovat za pomocí dalších cytokinových kombinací tak, aby umožňovaly růst a expanzi jiných typů hematopoetických buněk. Proto bude tento přístup velmi užitečný pro studium normální a aberantní hematopoezy, například za využití rybích hematopoeitckých mutantních linií a modelů onemocnění. Dále jsme...
|
|
|
Myelodysplastický syndrom - hledání molekulární podstaty
Beličková, Monika ; Čermák, Jaroslav (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Pospíšilová, Dagmar (oponent)
Myelodysplastický syndrom (MDS) je heterogenní skupina klonálních hematopoietických onemocnění s neefektivní hematopoézou. Je charakterizován morfologickou dysplázií, periferní cytopenií postihující jednu či více vývojových buněčných linií a zvýšeným rizikem transformace do akutní myeloidní leukemie (AML). Časné fáze MDS se dají považovat za premaligní onemocnění. Patogeneze MDS nebyla doposud dostatečně vysvětlena, ale s rozvojem molekulárně genetických a cytogenetických metod dochází postupně k objasňování vzniku a vývoje choroby. Vedle cytogenetických změn, které jsou součástí používaného prognostického systému (IPSS-R), se do popředí dostávají také somatické mutace nacházející se v různých genech. V klinické praxi však nejsou zatím rutinně používány. Jeden z cílů této práce bylo sledování mutací v genu TP53 u pacientů s nízkým rizikem MDS, kteří mají obecně dobrou prognózu a u kterých tato zjištění májí zvláště relevantní prognostický význam. Vyšetřili jsme celkem 154 pacientů s nízkým rizikem MDS a u 13% z nich jsme detekovali mutaci. Po rozdělení pacientů podle přítomnosti del(5q) jsme zjistili signifikantní rozdíly v zastoupení mutací. U 23,6% pacientů s delecí byla zachycena mutace na rozdíl od 3,8% pacientů bez delece. Multivariantní analýzou jsme zjistili, že mutace v genu TP53 (HR 3,7)...
|
|
| |
|
|
Role of Smarca5 (Snf2h) chromation remodeling ATPase in hematopoitic development and erythropoiesis
Kokavec, Juraj ; Stopka, Tomáš (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Kořínek, Vladimír (oponent)
Jaderný protein Smarca5 (Snf2h) je jeden z nejvíce konzervovaných chromatin remodelačních faktorů a molekulárních motorů u savců. ATPáza Smarca5 (a ostatní příbuzní zástupci proteinové nadrodiny SWI/SNF2) společně se svými vazebnými partnery vytváří několika podjednotkové remodelační komplexy, jež posouvají, odstraňují nebo přináší histonové oktamery na DNA za účelem regulace trankripce, replikace, oprav poškození DNA a jiných nepostradatelných buněčných funkcí. Ve své disertační práci se zabývám studiem myšího modelu delece genu Smarca5 na počátku definitivní krvetvorby. Jedinci s delecí genu Smarca5 v hematopoetické kmenové buňce (aktivní promotor Vav1) umírají během pozdního vývoje in utero v důsledku závažné anémie. Ve fetálních játrech těchto experimentálních zvířat jsme pozorovali akumulaci krvetvorných kmenových a progenitorových buněk (HSPCs) a inhibici jejich dozrávání do erythroidní a myeloidní buněčné řady. Popsané poruchy vývoje byly doprovázeny dysplastickými změnami na úrovni proerytroblastů a poruchami buněčného cyklu na přechodu z G2 do M fáze u bazofilních erytroblastů. Dále jsme pozorovali, že nedostatečná funkce Smarca5 zvyšuje hladinu tumor supresorového proteinu p53 v erythroidních progenitorech, aktivaci jeho transkripčních cílů a k postranslačním modifikacím, jež jsou...
|
|
|
Origins of vertebrate hematiopoiesis
Svoboda, Ondřej ; Bartůněk, Petr (vedoucí práce) ; Divoký, Vladimír (oponent) ; Živný, Jan (oponent)
(CZECH) Krvetvorba je závislá na schopnostech sebeobnovy a diferenciace krvetvorných kmenových buněk (HSCs). Tyto procesy jsou řízeny pomocí nejrůznějších mimo-buněčných a vnitro- buněčných signálů. Obecně je krvetvorba obratlovců velmi dobře konzervována. To však neplatí pro diferenciaci savčích a nesavčích erytrocytů a trombocytů. Během evoluce savců došlo k výrazným změnám během zrání těchto buněk. Savčí erytrocyty ztrácejí během diferenciace jádro a trombocyty vznikají odštěpováním z mnohojaderných megakaryocytů. Zdá se, že tyto změny přinesly celou řadu výhod, které primárně zvyšují biologickou fitness savčích buněk. Otázkou však zůstává evoluční původ těchto buněk, který jsme se rozhodli studovat na modelovém organizmu Dánia pruhovaného (zebřička). Nejprve však bylo nutné ustanovit podmínky kultivace rybích buněk ex vivo v tekutých a v polotuhých médiích. Připravili a charakterizovali jsme panel rybích cytokinů. Protože genom kostnatých ryb prošel během evoluce jednou duplikací navíc, mnoho genů nacházíme ve formě dvou paralogů. To se týká rovněž některých námi připravených cytokinů, např. Gcsf, Epo, Scf. Součástí této práce je charakterizace těchto paralogů. Naše výsledky ukazují, že rybí Gcsf je schopen kromě diferenciace myeloidních buněk se podílet také na sebeobnově a expanzi HSC....
|
|
| |
|
| |
host ::
RSS.