|
|
Biofyzikální charakterizace inhibice koronavirové nsp14 malými molekulami
Trembulaková, Pavla ; Bouřa, Evžen (vedoucí práce) ; Dejmek, Milan (oponent)
RNA virus SARS-CoV-2 způsobil celosvětovou pandemii závažné nemoci COVID-19, která trvala více než rok. Opravné mechanismy tohoto viru během replikace výrazně snižují účinnost běžně používaných léků z kategorie nukleotidových analog jako je například remdesivir. Nestrukturální protein (nsp) 14 a nsp10 tvoří komplex, který plní exonukleázovou (ExoN) funkci a dále bude nazýván jako ExoN komplex. Nsp14 obsahuje aktivní místo komplexu, nsp10 je kofaktorem. Tento ExoN komplex a je pravděpodobně důvodem nižší účinnosti inkorporace nukleotidových analog v porovnání s viry bez exonukleáz. Tento komplex dvou proteinů s aktivním místem ve struktuře nsp14 obsahujícím dva hořečnté ionty se jeví jako dobrý cíl pro potenciální inhibitory ExoN aktivity a následného znemožnění vzniku dalších životaschopných generací viru. Mezi potenciální inhibitory tohoto ExoN komplexu patří isobavachalcon a sofalcon. Podle publikovaných studií tyto malé molekuly chelatují hořečnaté ionty v aktivním centru exonukleázové části nsp14, čímž inaktivují aktivní centrum ExoN komplexu a znemožní mu fungovat jako opravný prvek syntézy nové RNA. Tato práce se zaměřuje na charakterizaci chování proteinového komplexu nsp10 a nsp14 viru SARS-CoV-2 za přítomnosti malých vybraných molekul, isobavachalconu a sofalconu. Rovněž byly provedeny testy...
|
|
| |
|
|
Syntéza nových konformačně uzamčených karbocyklických nukleosidů odvozených od 2-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptanu
Dejmek, Milan
57 Abstrakt Byla vypracována syntetická cesta vedoucí k novým konformačně uzamčeným karbocyklickým nukleosidům odvozeným od 2-(hydroxymethyl)bicyklo [2.2.1]heptanu. Výchozí látky (1R*,2R*,4R*,6R*)-6- a (1R*,2R*,4R*,5S*)-5- (hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-ol byly připraveny sérií reakcí z dostupných surovin dicyklopentadienu a methylakrylátu. Racemické karbocyklické nukleosidy (1R*,2R*,4S*,6S*)-6- a [(1R*,2S*,4R*,5S*)-5-(6-chloro-9H-purin-9-yl)bicyklo[2.2.1]hept-2-yl]methanol byly připraveny Mitsunobuovou reakcí (1R*,2R*,4R*,6R*)-6- nebo (1R*,2R*,4R*,5S*)-5-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-olu s 6-chlorpurinem. Racemické karbocyklické nukleosidy s adeninovou, 6-cyklopropylaminopurinovou, 6-dimethylaminopurinovou nebo 6-thiopurinovou skupinou byly připraveny substitucí chloru 6-chlorpurinových derivátů. Racemické karbocyklické nukleosidy obsahující thymin (1- [(1R*,2S*,4S*,6R*)-6- a 1-[(1R*,2S*,4R*,5S*)-5- (hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]hept-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dion) byly připraveny výstavbou thyminu na aminoskupině 5- nebo 6-aminobicyclo[2.2.1]hept- 2-yl methanolu, který byl připraven ve třech jednoduchých krocích z výchozí látky 5- nebo 6-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-olu. Látky jsou testovány na cytostatickou a protivirovou aktivitu. Klíčová slova: Nukleosidy; karbocyklické...
|
|
| |
|
|
Konformačně uzamčené analogy karbocyklických nukleosidů.
Dejmek, Milan ; Hřebabecký, Hubert (vedoucí práce) ; Černý, Miloslav (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
Byla vyvinuta metodika přípravy tří typů konformačně uzamčených karbocyklických nukleodisů založených na "bridgehead" substituovaném norbornanovém skeletu - analoga uzamčená v Severní, Východní a Jižní konformací. Tyto látky byly připrave- ny na základě strukturní podobnosti s komerčně úspěšným léčivem abacavirem, který je používán k léčbě HIV. Jedním z cílů bylo také studium závislosti antivirové aktivity připravených látek na konformaci jejich pseudocukerné části. Strategie syntézy spočívala v lineární přípravě vhodného aminového prekurzoru pseudocukerné části a následné výstavbě purinové nebo thyminové nukleobáze na jeho aminoskupině. Syntéza prekurzorů Severních a Jižních derivátů shodně vychází z 5-karboxymethyl norbornenu a její klíčovou reakcí je Hell-Volhard-Zelinského bromace 2-norbornylkarboxylové kyseliny, která je doprovázena přesmykem bicyklického skeletu. Tím je umožněno zavedení substituentu do tzv. "bridgehead" polohy, místa spojení kruhů. Metodika přípravy Východních derivátů je naproti tomu založena na radikálové cyklizaci subsituovaného oximu 4-(brommethyl)- cyklohexanonu, která uzavřením methylenového můstku poskytuje norbornanový intermediát substituovaný v obou bridgehead polohách. Jako nukleobaze byly při přípravě těchto modifikovaných nukleosidů použity thymin, 6-chlorpurin...
|
|
|
Syntéza nových konformačně uzamčených karbocyklických nukleosidů odvozených od 2-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptanu
Dejmek, Milan
57 Abstrakt Byla vypracována syntetická cesta vedoucí k novým konformačně uzamčeným karbocyklickým nukleosidům odvozeným od 2-(hydroxymethyl)bicyklo [2.2.1]heptanu. Výchozí látky (1R*,2R*,4R*,6R*)-6- a (1R*,2R*,4R*,5S*)-5- (hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-ol byly připraveny sérií reakcí z dostupných surovin dicyklopentadienu a methylakrylátu. Racemické karbocyklické nukleosidy (1R*,2R*,4S*,6S*)-6- a [(1R*,2S*,4R*,5S*)-5-(6-chloro-9H-purin-9-yl)bicyklo[2.2.1]hept-2-yl]methanol byly připraveny Mitsunobuovou reakcí (1R*,2R*,4R*,6R*)-6- nebo (1R*,2R*,4R*,5S*)-5-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-olu s 6-chlorpurinem. Racemické karbocyklické nukleosidy s adeninovou, 6-cyklopropylaminopurinovou, 6-dimethylaminopurinovou nebo 6-thiopurinovou skupinou byly připraveny substitucí chloru 6-chlorpurinových derivátů. Racemické karbocyklické nukleosidy obsahující thymin (1- [(1R*,2S*,4S*,6R*)-6- a 1-[(1R*,2S*,4R*,5S*)-5- (hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]hept-2-yl]-5-methylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dion) byly připraveny výstavbou thyminu na aminoskupině 5- nebo 6-aminobicyclo[2.2.1]hept- 2-yl methanolu, který byl připraven ve třech jednoduchých krocích z výchozí látky 5- nebo 6-(hydroxymethyl)bicyklo[2.2.1]heptan-2-olu. Látky jsou testovány na cytostatickou a protivirovou aktivitu. Klíčová slova: Nukleosidy; karbocyklické...
|
|
|
Novel conformationally locked nucleosides and nucleotides based on bicyclo[3.2.1]octane scaffold as a pseudosugar moiety
Šála, Michal ; Dejmek, Milan ; Procházková, Eliška ; Hřebabecký, Hubert ; Rybáček, Jiří ; Dračínský, Martin ; Novák, Pavel ; Rosenbergová, Šárka ; Fukal, J. ; Sychrovský, Vladimír ; Rosenberg, Ivan ; Nencka, Radim
A route to a series of novel carbocyclic nucleosides locked in North conformation with bicyclo[3.2.1]octane scaffold was developed. Prepared nucleosides served as a starting material for the synthesis of modified oligomers [d(GCATATCAC), r(GCAUAUCAC), and A9]. Biological effects of the prepared nucleosides as well as the hybridization properties of the appropriate duplexes were evaluated.
|
|
| |
host ::
RSS.