|
|
Molekulární identifikace, typizace a adaptace Achromobacter spp. v průběhu chronické infekce
Učíková, Barbora ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Nemec, Alexandr (oponent)
Achromobacter spp. je nově se objevující patogen zejména chronických respiračních infekcí u pacientů s cystickou fibrózou. Hmotnostní spektrometrie MALDI-TOF poskytuje spolehlivou identifikaci pouze na úrovni rodu. Pro druhovou identifikaci zástupců se používá sekvence genu nrdA. Studiem klonality s využitím multilokusové sekvenční typizace lze zjistit, zda je pacient infikován stále stejným klonem, nebo zda postupem času dochází k reinfekci novým kmenem. Do naší studie byly zařazeny časosběrné izoláty Achromobacter spp. od pacientů s cystickou fibrózou. Pacienti byly rozděleni do tří skupin, podle časového intervalu mezi odběry. U první skupiny činil vnější interval mezi odběry cca 10 let, u druhé 7 až 12 měsíců a zbývající skupinu tvořily samostatné izoláty. V průběhu chronické infekce dochází k adaptaci Achromobacter spp. na exponující antibiotika i na hostitele. Izoláty odebrané v intervalu deseti let vykazovaly vyšší počet mutací než izoláty s intervalem odběrů do jednoho roku. V průběhu chronické infekce dochází ke ztrátě motility, což jsme prokázali fenotypově na úrovni motility, snížení počtu bičíků i změny v genech pro tvorbu bičíků. U některých izolátů bylo zaznamenáno zvýšení rezistence screeningovou diskovou difúzní metodou. Vzhledem ke stále častější izolaci Achromobacter spp. z...
|
|
|
Molekulární a epidemiologická charakteristika kmene Burkholderia cenocepacia dominujícího u pacientů s cystickou fibrózou v České republice
Vilimovská Dědečková, Klára ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Macek, Milan (oponent) ; Šmajs, David (oponent)
Souhrn: Hakle. ;" komplexu Bllrkho/der;a cepadll pr.::dstavuji nejz.Avažl1ějSf plicní patogeny pro p3cicllty s cystickou fibrózou. Jejich dvawost je dána hlavni! jejich re7.istellcf na alltibiotika a schopnostf mit se mezi pacienty. Řado Cl:ntcr cystické fibrózy ve svčtl, stejn~ tak nejvčtšl české Centrum cystické fibrózy ve Faku ltní nemocnici v Motole čelila epidemickfmu rozsevu infekce. V 90. letech 20. stoletl se v tomto centn! ro:dlfil kmcn Hurkholderia cenocf"pacill S1'32. Mezi cíle pfedkllldané pníce jsme zahrnuli Sludhun epidemiologické situace bakterii komplexu Bllrkholdf"ria cepacia II populnt; pacientů. kteli navštčvujl Centrum cystické fibrózy (CCF) ve Fakultn; nemocnici (FN) v MOlole témě' 17 let od doby, kdy jsme v tomto CCF zaznamenali první pllpady pacientll s infekci Bce. Dal~ím i cíli bylo zhodnoceni pflnosu moleku lllmě genetické diagnostiky bakterii komplexu BurkhoJtlcria cepacia deset Jet od jejího zavedeni II rotinnl cli:lcnost;ce, zlepknf systému ~u rveillanee nejen z.wcdenlrn jcdnoduchého II specifického lestu určeného k detekci českého epidemického kmelle, ale také zavedením metod genotypince, které umo'J\ujf stanoveni kmenové ptíslušnosti vostatních pflpadcch infekce. Poslcdnlm cílcm byla charaktcristika epidemického kmene z hledisb virulente. V ptcdkládal1é proci jsme: potvrdili...
|
|
|
Karbapenemázy a jejich molekulárně genetická detekce u bakterií způsobujících závažné nozokomiální infekce
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na problematiku β-laktamáz hydrolyzujících karbapenemy. Vyskytují se v rámci molekulárních tříd A, B i D β-laktamáz a jsou identifikovány stále nové varianty. Produkce enzymů hydrolyzujících β-laktamová antibiotika je častý způsobe mechanizmu rezistence k těmto antibiotickým přípravkům u gramnegativních patogenů a je vlastní i vážným nozokomiálním patogenům jako například Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii a zástupci Enterobacteriaceae. Význam problematiky karbapenemáz v klinické praxi podtrhuje skutečnost, že karbapenemy patří mezi širokospektrá β-laktamová antibiotika, která jsou zařazována do kategorie rezervních antibiotik. Nárůst případů rezistence na karbapenemy je způsoben zejména šířením genů karbapenemáz. Detekce karbapenemáz a sledování jejich výskytu je nutné nejen pro nastavení optimální antibiotické léčby, ale také pro kontrolu šíření bakteriálních kmenů produkujících karbapenemázy.
|
|
|
Nové přístupy vedoucí ke stanovení patofyziologických změn u pacientů s cystickou fibrózou
Doušová, Tereza ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Kreslová, Marcela (oponent) ; Gayillyová, Renata (oponent)
Nové přístupy vedoucí ke stanovení patofyziologických změn u pacientů s cystickou fibrózou Cystická fibróza (CF) je život limitující onemocnění způsobené mutací genu pro transmembránový regulátor vodivosti (CFTR, cystic fibrosis transmembrane regulator). Do dnešního dne bylo popsáno více než 2000 mutací CFTR genu, z toho pouze 360 v přímé souvislosti se vznikem onemocnění CF. U pacientů nesoucích mutace s nejasným či variabilním klinickým významem může být obtížná nejen diagnostika CF, ale pro nemožnost uspořádání standardních klinických studií je také výzvou zjišťování účinnosti nových léků, které cílí na narušený CFTR protein. Tyto tzv. modulátory CFTR proteinu otevřely novou etapu kauzální léčby CF. Zásadní pro maximalizaci efektu terapie je nejen genotyp, ale také skutečná míra odpovědi jednotlivého pacienta na léčbu. Intestinální organoidy představují v posledních letech ex vivo model využitelný ke stanovení míry funkce CFTR proteinu a současně k predikci léčebné odpovědi na dostupné léčebné molekuly. V rámci našeho projektu jsme s využitím nativní tkáně pacienta a z ní odvozených kultur intestinálních organoidů prokázali různou míru reziduální funkce CFTR proteinu u celkem 14 pacientů s CF (0-39,7 % funkce zdravé kontroly). Charakterizovali jsme doposud nepopsanou mutaci CFTR genu u pacienta, jehož...
|
|
|
A Validatation of non-invasive method for diagnostic of cystic fibrosis based on ion ratios determined by CE-C4D
Ďurč, P. ; Lačná, J. ; Dosedělová, V. ; Foret, František ; Homoľa, L. ; Pokojová, E. ; Malá, M. ; Skřičková, J. ; Dastych, M. ; Vinohradská, H. ; Dřevínek, P. ; Skalická, V. ; Kubáň, Petr
A validation of novel approach for diagnosis of cystic fibrosis (CF) is presented. The method is very simple and fast, since for collection of samples, only wiping of the skin of forearm is needed. The collected sample is analyzed by capillary electrophoresis with contactless conductometric detection (CE-C4D). Ion ratios are determined as ratios of peak area of chloride anion and peak areas of selected cations. It is possible to distinguish between cystic fibrosis patients and healthy individuals when ion ratio is applied as diagnostic factor. In here, we present analytical parameters of developed method (limits of detection, limits of quantification, repeatability of migration times, repeatability of peak areas) and ROC curve, which reveals high sensitivity and specificity of the developed method.
|
|
| |
|
|
Studium patogeneze infekce, kterou způsobují bakterie komplexu Burkholderia cepacia u nemocných cystickou fibrózou
Kalferstová, Lucie ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Kolář, Milan (oponent) ; Šebo, Peter (oponent)
Souhrn: Bakterie komplexu Burkholderia cepacia (Bcc) a bakterie Pseudomonas aeruginosa patří mezi nejzávažnější patogeny způsobující plicní infekce u pacientů s cystickou fibrózou (CF). Tyto bakterie jsou vysoce rezistentní k téměř všem dostupným antibiotikům. Kromě problematické léčby je dalším závažným problémem riziko vzniku epidemické infekce, které je dané schopností některých kmenů šířit se mezi pacienty. Některé kmeny bakterií Bcc jsou schopny přejít do krevního řečiště a způsobit závažný septický stav zvaný cepacia syndrom. Jedním z takových kmenů je český epidemický kmen B. cenocepacia ST32, který se v 90. letech 20. století rozšířil mezi českými pacienty s CF. Cílem této práce bylo porovnat transkriptomový profil izolátů získaných z krve pacientů ve fázi cepacia syndromu s profilem izolátů získaných ze sputa pacientů ve stabilní fázi infekce, případně v exacerbaci. Na základě porovnání vybrat vhodné geny s rozdílnou expresí, které by mohly být využity jako případný marker pro detekci blížícího se cepacia syndromu. Vybraný vhodný "marker", který by měl zároveň kódovat obecně známý faktor virulence, podrobit hlubšímu studium pro porozumění jeho funkce a vlivu na virulenci v okamžiku cepacia syndromu. Posledním cílem této práce bylo zhodnocení epidemiologické situace bakterií P. aeruginosa u pacientů...
|
|
|
Kompletizace genomu Burkholderia cenocepacia ST32 a identifikace prognostického markeru infekce způsobené kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Wiedermannová, Jana (oponent)
Bakteriální druh Burkholderia cenocepacia patří mezi závažné původce infekcí dýchacích cest u pacientů s cystickou fibrózou. Problematický je výskyt kmenů šířících se mezi pacienty epidemicky. V ČR byla v minulosti zaznamenána epidemie způsobená kmenem ST32. V této práci byla ve spolupráci s bioinformatickým týmem stanovena kompletní genomová sekvence referenčního izolátu 1232 epidemického kmene ST32 B. cenocepacia pomocí sekvenačních metod nové generace a řešením problematických úseků kombinací Sangerova sekvenování, bioinformatických postupů a manuálního skládání sekvenčních čtení lokalizovaných v těchto úsecích. Finální verze genomu byla anotována pomocí PGAAP a v současnosti je finalizována. Cílem této diplomové práce bylo také najít prognostický marker infekce kmenem ST32 u pacientů s cystickou fibrózou. Na základě výsledků transkriptomového experimentu s tímto kmenem bylo v této práci vybráno 19 genů, jejichž genová exprese se zdála být v souvislosti s rozvinutím cepacia syndromu - závažného, většinou fatálního stavu infekce. Pomocí PCR v reálném čase byla srovnávána jejich exprese mezi izoláty z doby cepacia syndromu a měsíc před cepacia syndromem od 4 pacientů. Byla ověřena i možnost analyzovat změny v expresi těchto genů přímo v klinickém materiálu. Identifikovali jsme geny pro sekreční systém typu...
|
|
|
Molekulární a epidemiologická charakteristika kmene Burkholderia cenocepacia dominujícího u pacientů s cystickou fibrózou v České republice
Vilimovská Dědečková, Klára ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Macek, Milan (oponent) ; Šmajs, David (oponent)
Souhrn: Hakle. ;" komplexu Bllrkho/der;a cepadll pr.::dstavuji nejz.Avažl1ějSf plicní patogeny pro p3cicllty s cystickou fibrózou. Jejich dvawost je dána hlavni! jejich re7.istellcf na alltibiotika a schopnostf mit se mezi pacienty. Řado Cl:ntcr cystické fibrózy ve svčtl, stejn~ tak nejvčtšl české Centrum cystické fibrózy ve Faku ltní nemocnici v Motole čelila epidemickfmu rozsevu infekce. V 90. letech 20. stoletl se v tomto centn! ro:dlfil kmcn Hurkholderia cenocf"pacill S1'32. Mezi cíle pfedkllldané pníce jsme zahrnuli Sludhun epidemiologické situace bakterii komplexu Bllrkholdf"ria cepacia II populnt; pacientů. kteli navštčvujl Centrum cystické fibrózy (CCF) ve Fakultn; nemocnici (FN) v MOlole témě' 17 let od doby, kdy jsme v tomto CCF zaznamenali první pllpady pacientll s infekci Bce. Dal~ím i cíli bylo zhodnoceni pflnosu moleku lllmě genetické diagnostiky bakterii komplexu BurkhoJtlcria cepacia deset Jet od jejího zavedeni II rotinnl cli:lcnost;ce, zlepknf systému ~u rveillanee nejen z.wcdenlrn jcdnoduchého II specifického lestu určeného k detekci českého epidemického kmelle, ale také zavedením metod genotypince, které umo'J\ujf stanoveni kmenové ptíslušnosti vostatních pflpadcch infekce. Poslcdnlm cílcm byla charaktcristika epidemického kmene z hledisb virulente. V ptcdkládal1é proci jsme: potvrdili...
|
|
|
Karbapenemázy a jejich molekulárně genetická detekce u bakterií způsobujících závažné nozokomiální infekce
Vavrová, Jolana ; Dřevínek, Pavel (vedoucí práce) ; Zikánová, Blanka (oponent)
Tato bakalářská práce je zaměřena na problematiku β-laktamáz hydrolyzujících karbapenemy. Vyskytují se v rámci molekulárních tříd A, B i D β-laktamáz a jsou identifikovány stále nové varianty. Produkce enzymů hydrolyzujících β-laktamová antibiotika je častý způsobe mechanizmu rezistence k těmto antibiotickým přípravkům u gramnegativních patogenů a je vlastní i vážným nozokomiálním patogenům jako například Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii a zástupci Enterobacteriaceae. Význam problematiky karbapenemáz v klinické praxi podtrhuje skutečnost, že karbapenemy patří mezi širokospektrá β-laktamová antibiotika, která jsou zařazována do kategorie rezervních antibiotik. Nárůst případů rezistence na karbapenemy je způsoben zejména šířením genů karbapenemáz. Detekce karbapenemáz a sledování jejich výskytu je nutné nejen pro nastavení optimální antibiotické léčby, ale také pro kontrolu šíření bakteriálních kmenů produkujících karbapenemázy.
|
host ::
RSS.