|
|
Prp45 v regulaci exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 v S. cerevisiae
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Prp45 je esenciální sestřihový faktor kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Lidský ortholog Prp45 - protein SNW1/SKIP - je zapojen do regulace sestřihu pre-mRNA a pravděpodobně ovlivňuje proces transkripce a modifikace histonů. Naše laboratoř odhalila genetické interakce sestřihového faktoru Prp45 nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale rovněž také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a s efektory chromatinových modifikací. Naše předběžné výsledky tak naznačují, že by protein Prp45 mohl sloužit jako faktor propojující sestřih, transkripci a stav chromatinu u S. cerevisiae. Prvním cílem této diplomové práce bylo prozkoumat roli intronů v regulaci genové exprese paralogních genů TUB1 a TUB3, a zda je tato regulace závislá na sestřihu. Pomocí kvantitativní PCR jsem zjistila, že exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 není závislá na přítomnosti jejich intronů a ani na funkčním sestřihu. Druhým cílem této diplomové práce bylo zjistit potenciální úlohu proteinu Prp45 v regulaci chromatinového stavu. Pro tento účel jsem zavedla systém β-estradiolem indukované exprese značeného histonu H3 a následně jsem metodou chromatinové imunoprecipitace měřila inkorporaci tohoto histonu do nukleozomů. I přes nedostatečnou průkaznost výsledky naznačují, že by mutace prp45(1-169) mohla zvyšovat dynamiku...
|
|
|
Defects in DNA repair and RNA metabolism associated with human neurological disorders
Cihlářová, Zuzana ; Hanzlíková, Hana (vedoucí práce) ; Čermák, Lukáš (oponent) ; Roithová, Adriana (oponent)
Lidský genom neustále podléhá vlivům vnějšího a vnitřního prostředí, které přímo či nepřímo poškozují DNA a mohou dále narušovat buněčné procesy, mimo jiné i metabolismus RNA. Buňky však disponují řadou mechanismů, jak tato DNA poškození rychle opravit, což zdůrazňuje význam integrity a stability genomu. Chybná oprava DNA a poruchy v metabolism RNA mohou vést k degeneraci neuronů, predispozici k rakovině a zvýšenému výskytu dědičných genetických onemocnění. Mutace v proteinu BRAT1 (s BRCA1 asociovaný ATM aktivátor-1) způsobují neurologická onemocnění, která se projevují různě závažnými klinickými fenotypy. Tato heterogenita sahá od těžkého průběhu, který se projevuje mikrocefalií, hypertonií, epilepsií, záchvaty a brzkým úmrtím jedince, zpravidla do dvou let od narození. Naopak mírnější forma BRAT1-asociovaného onemocnění je charakterizována převážně cerebelární atrofií a ataxií. Některé studie naznačují možnou úlohu proteinu BRAT1 během oprav dvojřetězcových zlomů DNA, a to zejména prostřednictvím jeho účasti při aktivaci ATM kinázy. Dosud však není jasné, jakým způsobem mutace v genu BRAT1 přispívá k degeneraci neuronů. V rámci tohoto projektu jsme se tudíž zaměřili na studium role BRAT1 v buňkách pacientů, kteří vykazují degeneraci neuronů způsobenou homozygotní missense c.185T>A (p.Val62Glu)...
|
|
|
Prp45 v regulaci exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 v S. cerevisiae
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Schierová, Michaela (oponent)
Prp45 je esenciální sestřihový faktor kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Lidský ortholog Prp45 - protein SNW1/SKIP - je zapojen do regulace sestřihu pre-mRNA a pravděpodobně ovlivňuje proces transkripce a modifikace histonů. Naše laboratoř odhalila genetické interakce sestřihového faktoru Prp45 nejen s proteiny zahrnutými v sestřihu pre-mRNA, ale rovněž také s faktory důležitými pro elongaci transkripce a s efektory chromatinových modifikací. Naše předběžné výsledky tak naznačují, že by protein Prp45 mohl sloužit jako faktor propojující sestřih, transkripci a stav chromatinu u S. cerevisiae. Prvním cílem této diplomové práce bylo prozkoumat roli intronů v regulaci genové exprese paralogních genů TUB1 a TUB3, a zda je tato regulace závislá na sestřihu. Pomocí kvantitativní PCR jsem zjistila, že exprese paralogních genů TUB1 a TUB3 není závislá na přítomnosti jejich intronů a ani na funkčním sestřihu. Druhým cílem této diplomové práce bylo zjistit potenciální úlohu proteinu Prp45 v regulaci chromatinového stavu. Pro tento účel jsem zavedla systém β-estradiolem indukované exprese značeného histonu H3 a následně jsem metodou chromatinové imunoprecipitace měřila inkorporaci tohoto histonu do nukleozomů. I přes nedostatečnou průkaznost výsledky naznačují, že by mutace prp45(1-169) mohla zvyšovat dynamiku...
|
|
|
Je sestřih pre-mRNA v kvasince S. cerevisiae procesem ko- nebo posttranskripčním?
Cihlářová, Zuzana ; Půta, František (vedoucí práce) ; Kozáková, Eva (oponent)
Donedávna se pohlíželo na sestřih a transkripci jako na téměř nezávislé procesy. Dnes však řada studií přináší mnoho důkazů o jejich propojení, a to i u kvasinky Saccharomyces cerevisiae. Propojení těchto procesů je zprostředkováno zejména C-terminální doménou RNA polymerázy II, kterou tvoří tandemově se opakující heptapeptidové sekvence - YSPTSPS. Aminokyselinové zbytky heptapeptidové sekvence jsou v průběhu transkripce specificky fosforylovány, což reguluje samotný průběh transkripce a vazbu faktorů, mj. nezbytných pro úpravu vznikajícího transkriptu. Úpravy primárního transkriptu tak probíhají u vyšších eukaryot zejména kotranskripčně, tzn. před ukončením transkripce a uvolněním funkční mRNA. Názor na problematiku kotranskripčního sestřihu se u S. cerevisiae v posledních letech značně měnil. Nicméně dnes se pohlíží na sestřih pre-mRNA většiny genů S. cerevisiae jako na kotranskripční proces. RNA polymeráza II zpomaluje v oblasti terminálního exonu, což poskytuje jednotlivým komponentám spliceosomu dostatek času pro jejich sestavení na pre-mRNA a pro katalýzu sestřihu ještě před dokončením transkripce. Klíčová slova: kotranskripční sestřih, RNA polymeráza II, Saccharomyces cerevisiae, U snRNP, spliceosom, pre-mRNA
|
host ::
RSS.