Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 44 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Characterization of Cbf11 and Mga2 interactions in the fission yeast
Grulyová, Michaela ; Převorovský, Martin (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Transkripční faktor Cbf11 patří do CSL proteinové rodiny. CSL proteinová rodina je známá pro svou funkci v Notch signální dráze, avšak zástupci CSL proteinové rodiny byli objeveni i v poltivé kvasince postrádající dráhu Notch. Protein Mga2 je transkripční regulátor metabolismu triacylglycerolů a glycerofosfolipidů. Bylo nalezeno propojení mezi Cbf11 a Mga2. Cbf11 a Mga2 sdílejí cílové geny a jsou potřební pro přesnost mitózy. Tato diplomová práce se snaží validovat a charakterizovat vztah mezi těmito transkripčními regulátory. Ukazujeme zde, že hladina proteinů Cbf11 a Mga2 se mění v závislosti na přítomnosti toho druhého proteinu a také v závislosti na zdroji dusíku. Také zde uvádíme fylogenetickou distribuci Cbf11 a Mga2 v rámci říše Fungi a ukazujeme, že je zde propojení. Za použití proteomické analýzy mga2 a cbf11 delečních kmenů jsme našli překryv mezi proteiny up a downregulovanými. Dohromady tyto výsledky potvrzují crosstalk mezi proteiny Cbf11 a Mga2 a přinášejí nové spojení mezi CSL proteinovou rodinou a funkčním analogem savčího SREBP1, proteinem Mga2.
Hledání interakčních partnerů asociovaných s transkripčním aparátem kvasinkových lineárních plazmidů
Ľalíková, Kristýna ; Vopálenský, Václav (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
pGKL plazmidy vyskytující se v cytoplazmě kvasinky Kluyveromyces lactis patří mezi kvasinkové lineární dsDNA plazmidy. Transkripce genů těchto plazmidů probíhá za účasti plazmidového transkripčního aparátu, který vykazuje značnou podobnost transkripčnímu aparátu poxvirů. Poxviry jsou původci mnoha závažných onemocnění a pGKL plazmidy proto představují neinfekční model pro bezpečný výzkum některých poxvirových mechanismů. Mezi hlavní komponenty plazmidového transkripčního aparátu patří nekanonická RNA polymeráza, helikáza a capping enzym. Zejména RNA polymeráza byla v nedávné době podrobně charakterizována a popsána, jen malá pozornost však byla věnována proteinovým interakcím v rámci transkripčního aparátu. Jedná se o klíčový aspekt genové exprese pGKL plazmidů, který se proto stal tématem této práce. Hlavním cílem diplomové práce bylo připravit systém, který by umožňoval hledání interakčních partnerů pGKL transkripčního aparátu a také spolehlivé potvrzení interakcí mezi vybranými proteiny v kvasinkových buňkách. Podstata systému je založena na použití optimalizovaných genů a metodě kvasinkového dvouhybridového systému. Vývoj této experimentální metody byl úspěšně započat a přes nutnost dalších optimalizací se dá očekávat jeho brzké dokončení. Dalším cílem práce byla příprava fluorescenčně značené...
Analýza vlivu mutací v genu pro nukleofosmin na jeho interakční potenciál
Šašinková, Markéta ; Brodská, Barbora (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent) ; Starková, Júlia (oponent)
Nukleofosmin 1 (NPM1; nucleophosmin 1) se v buňce vyskytuje převážně v jadérku, ve formě oligomerů tvořených skrze N-koncovou doménu (NTD; N-terminal domain), a jako molekulární chaperon a transportní protein má široké spektrum interakčních partnerů včetně p53 či p14Arf. Mutace v C-koncové oblasti NPM1 je prokazována asi u 30 % pacientů s akutní myeloidní leukémií (AML; acute myeloid leukemia) a projevuje se aberantní expresí mutovaného (mut; mutated) NPM1 v cytoplazmě. V důsledku toho dochází v leukemických buňkách s mutNPM1 k přesunu mnoha proteinů s ním interagujících, včetně jeho přirozené formy (wt; wild-type), do cytoplazmy. Pro detekci interakcí a oligomerních komplexů NPM1 jsme zavedli a optimalizovali jak in vitro techniky - nativní a seminativní gelovou elektroforézu a imunoprecipitaci, tak testování in vivo - konfokální mikroskopii a metody časově rozlišené fluorescence. Těmito metodami jsme prokázali, že v důsledku C-terminální mutace NPM1 dochází k narušení jeho interakce s jadérkovým proteinem nukleolinem (NCL; nucleolin), která se tvoří mimo NTD, a že komplex mutNPM1-NCL nevzniká ani po ošetření buněk cytotoxickými léčivy navozujícími relokalizaci obou partnerů do stejného buněčného kompartmentu. V naší studii dále ukazujeme, že oligomery mutNPM1 jsou méně stabilní než oligomery...
Vliv deadenylázy Ccr4 na regulaci buněčného cyklu v kvasinkových koloniích
Daumová, Lenka ; Čáp, Michal (vedoucí práce) ; Převorovský, Martin (oponent)
Regulace buněčných procesů je pro přežívání kvasinkových buněk naprosto klíčová. Na mnohých regulacích se účastní CCR4-Not komplex, což je vysoce konzervovaný proteinový komplex nacházející se v eukaryotických buňkách od kvasinek až po savce. V této práci se zabývám především vlivem podjednotky Ccr4 na přežívání buněk ve stárnoucí kolonii kvasinek Saccharomyces cerevisiae zejména v souvislosti s regulací buněčného cyklu. Ccr4 je deadenyláza, jejíž funkcí je štěpení poly(A) konce mRNA, a tím zkracování životnosti mRNA. To je důležité během přísně regulovaných buněčných procesů, kdy je nutné, aby k expresi určitých genů docházelo jen v určitém čase. Kvasinka Saccharomyces cerevisiae BY 4742 je haploidní kmen, na němž je možné jednoduše vytvořit delece vybraných genů. V této diplomové práci jsem se zaměřila na výzkum kmene s delecí CCR4 a zároveň delecemi dalších genů ovlivňujících buněčný cyklus. Porovnáním fenotypu těchto klonů s rodičovským kmenem je možné určit změny ve fenotypu způsobené těmito delecemi a jejich vliv na přežívání buněk. Klíčová slova: regulace buněčných procesů, CCR4-Not komplex, Ccr4 podjednotka, buněčný cyklus, kvasinka, Saccharomyces cerevisiae, delece genů
Role WSS1 proteasy v DNA reparačních procesech kvasinkové buňky.
Adámek, Michael ; Grantz Šašková, Klára (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Zachování integrity DNA je v průběhu života kritické pro každý živý organismus. Organismy si proto vyvinuly mnoho způsobů, jak detekovat a opravit různé typy poškození DNA, způsobené endogenními i exogenními vlivy, vyúsťující dále v replikační stres. Chyby v těchto opravných mechanismech mohou vést k závažným lidským onemocněním, jako jsou neurologické poruchy, familiární druhy onkologických onemocnění nebo vývojové syndromy. V této diplomové práci byla zkoumána funkce kvasinkového proteinu Wss1, metaloproteasy, která se podílí na nedávno objevené DNA opravné dráze, která proteolyticky odstraňuje proteiny kovalentně zachycené na zuje silnou negativní interakci s jinou proteasou opravující DNA, Ddi1, přičemž bylo objeveno, že kvasinkový kmen postrádající současně geny je hypersenzitivní na hydroxyureu. Hydroxyurea inhibuje ribonukleotidreduktasu, čímž v konečném důsledk způsobuje zastavení buňky v fázi buněčného cyklu. V rámci této diplomové práce byly na základě předchozích studií provedeny tzv. "rescue" experimenty s různými variantami Wss1, postrádajícími jednotlivé domény či obsahujícími bodové aminokyselinové záměny. Tyto experimenty následně posloužily k posouzení účasti jednotlivých domén proteinu Wss1 v odpovědi na replikační stres vyvolaný hydroxymočovinou.
Studium esenciality genu glmM kodujiciho fosfoglukosaminmutasu Streptococcus pneumoniae.
Krupička, Jiří ; Branny, Pavel (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Fosfoglukozaminmutáza (GlmM) představuje enzym hrající roli v biosyntéze buněčné stěny bakterií. Hlavním záměrem této diplomové práce bylo zjistit, zda je gen glmM esenciální pro životaschopnost Streptococcus pneumoniae. Za tímto účelem jsme vytvořili merodiploidní kmen obsahující dvě kopie glmM - nativní gen a jeho ektopickou kopii pod kontrolou inducibilního zinkového promotoru. Delecí nativního genu glmM jsme vytvořili mutantní kmen, u něhož jsme analyzovali životaschopnost a fenotyp v médiu s různými koncentracemi zinečnatých iontů, induktoru exprese ektopické kopie glmM. Zjistili jsme, že životaschopnost mutantního kmene je striktně závislá na koncentraci induktoru v médiu a úbytek GlmM se u buněk projevuje výraznými morfologickými defekty a sklonem k lyzi. Prokázali jsme, že následné vyrovnání koncentrace induktoru v médiu na koncentraci odpovídající kontrolnímu vzorku komplementuje projevy úbytku GlmM. Tyto výsledky dokazují esencialitu glmM pro životaschopnost S. pneumoniae. Dále jsme analyzovali, zda je pro funkčnost GlmM esenciální fosforylace na klíčových aminokyselinových zbytcích S99 a S101. Cílenou mutagenezí jsme připravili čtyři varianty plazmidů nesoucích glmM kódující záměny serinových zbytků za alanin nebo kyselinu glutamovou a transformovali je za vzniku čtyř merodiploidních kmenů, v...
Funkce mTORC1 komplexu v regulaci iniciace translace.
Holásková, Lucie ; Feketová, Zuzana (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Práce se zabývá charakteristikou mTOR a jeho účasti na regulaci iniciace translace. Především se zaměřuje na ovlivnění iniciace translace. mTOR protein je součástí dvou komplexů, které se v organismech vyskytují - mTORC1 a mTORC2. Eukaryotický iniciační faktor 4E (eIF4E) hraje důležitou roli při kontrole iniciace translace. Aktivita eIF4E proteinu je regulována represorovými proteiny z rodiny 4E binding proteins (4E-BPs). Navázání těchto proteinů na eIF4E je regulováno stavem jejich fosforylace. Aby došlo k uvolnění 4E-BP1 z eIF4E musí dojít k fosforylaci na čtyřech fosforylačních místech (Thr37, Thr46, Ser65 a Thr70). Práce přináší formou rešerše i přehled některých dalších dějů, které se u mTOR dráhy vyskytují.
Vlastnosti a funkce středního T antigenu myšího polyomaviru
Fabiánová, Anna ; Forstová, Jitka (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Polyomaviry jsou malé DNA viry, které jsou schopné indukovat širokou škálu nádorů. U myšího polyomaviru (MPyV) se v indukci nádorové transformace uplatňuje zejména střední T antigen (MT antigen). MT antigen nemá vlastní enzymatickou aktivitu. Jeho funkce spočívá v aktivaci drah signální transdukce buňky, díky jeho schopnosti interagovat s určitými buněčnými proteiny. K těmto proteinům patří například protein fosfatáza 2A (PP2A), Src kináza, fosfatidyl inositol 3 kináza (PI3K), protein Shc, 14-3-3 protein nebo fosfolipáza Cγ1 (PLCγ1). Tato práce je zaměřena na interakci MT antigenu s těmito buněčnými proteiny a na dopad této interakce na transformaci buněk. Protože je MT antigen silným onkogenem, práce se zabývá i charakterem transformovaných buněk a vývojem nádoru v epitelu mléčné žlázy myši. Klíčová slova: polyomaviry, MT antigen, PP2A, PI3K, PLCγ1, protein Shc, protein 14-3-3 protein
Bakteriofágy - současné poznatky a možnosti jejich terapeutického využití
Glendová, Kristýna ; Lichá, Irena (vedoucí práce) ; Čáp, Michal (oponent)
Bakteriofágy, jako viry bakterií, jsou nejrozšířenější organismy, které osidlují všechny biotopy, v nichž se nachází i bakterie. Jednou z alternativ boje proti infekcím, způsobených rezistentními kmeny bakterií, se v současné době jeví bakteriofágová terapie, která spočívá v aplikaci lytických bakteriofágů, či pouze bakteriofágových enzymů k potlačení růstu bakterií. Práce zmiňuje historii fágové terapie, stěžejní část práce se zabývá shrnutím současných trendů v bakteriofágové terapii, která se začíná rozvíjet v posledních letech. Mnoho studií se věnuje možnostem léčby bakteriálních infekcí fágovými lyzáty, včetně geneticky modifikovaných bakteriofágů a dále možnosti použití samotných bakteriofágových enzymů - endolysinů, či kombinaci fágových lyzátů a endolysinů s antibiotiky. Hlavními zájmy ve studiích jsou účinnost, specifita a bezpečnost terapie. Účinnost bakteriofágové terapie byla prokázána mnoha studiemi, jak in vitro, tak i in vivo. Bezpečnost terapie pro využití v klinické praxi se ale musí potvrdit stále málo prozkoumanými in vivo experimenty. Klíčová slova: bakteriofágy, bakteriofágová terapie, endolysiny, enzybiotika, multirezistence,

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 44 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Viz též: podobná jména autorů
6 Cáp, Martin
6 ČÁP, Marek
6 Čáp, Marek
6 Čáp, Martin
1 Čáp, Matěj
1 Čáp, Michael
9 Čáp, Michal
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.