|
| |
|
|
Studium úlohy genetických faktorů v prognóze a predikci účinku chemoterapie u pacientek s karcinomem prsu
Brynychová, Veronika ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent) ; Stružinská, Ivana (oponent)
Změny v regulaci apoptózy a buněčného cyklu se uplatňují při vzniku nádoru, při jeho progresi i při rezistenci k protinádorové léčbě. Cílem této práce bylo stanovit význam kaspáz buněčné smrti a regulátorů cytokineze jako možných prognostických a prediktivních markerů u pacientek s karcinomem prsu. Kromě stanovení transkriptu vybraných genů v nádorových a kontrolních tkáních získaných od pacientek s karcinomem prsu jsme se zaměřili na význam alternativních sestřihových variant kaspáz a jejich potenciální geneticky podmíněnou regulaci. Získaná data jsme hodnotili v souvislosti s klinicko-patologickou charakteristikou nádorů, délkou přežívání pacientek bez návratu onemocnění a s odpovědí pacientek na neoadjuvantní chemoterapeutickou léčbu. Součástí práce bylo stanovení expresních hladin na proteinové úrovni a ověření významu vybraných kandidátů pro účinek chemoterapie pomocí funkční studie. Hladiny transkriptu kaspáz 2, 3, 7, 8, 9 a 10, specificky detekovaných sestřihových variant kaspáz 2S, 2L, 3A a B, 3S, 9A, 9B a 8L, a hladiny transkriptu regulátorů cytokineze KIF14 a CIT v karcinomech prsu nesouvisely s délkou bezpříznakového přežívání pacientek ani s odpovědí pacientek na neoadjuvantní léčbu. Zvýšená exprese alternativní antiapoptické varianty kaspázy 9B na úkor hlavní proapoptické varianty 9A,...
|
|
|
Porovnání vlastností transkripčního faktoru "Bach1" v jeho apoformě a holoformě
Vávra, Jakub ; Martínková, Markéta (vedoucí práce) ; Brynychová, Veronika (oponent)
Hemoproteiny představují vzhledem k jejich širokému výskytu a rozmanitým funkcím nepostradatelnou součást mnoha živých organismů. Mezi typické funkce hemoproteinů patří participace na transportu a uskladnění kyslíku v živých organismech, transport elektronů v rámci dýchacího řetězce či enzymová katalýza reakcí, kterých se účastní kyslík, případně peroxid vodíku. Poměrně nedávno byla objevena nová skupina hemoproteinů, jejíž zástupci disponují schopností detekovat buď změny koncentrace hemu (senzorové proteiny, které detekují hem), nebo změny koncentrace dvouatomových molekul plynů (hemové senzorové proteiny, které detekují plyny) v jejich okolním prostředí. Signály generované v rámci této detekce způsobují strukturní změny příslušných senzorových proteinů a ovlivňují tak jejich funkce. Předmětem této diplomové práce je příprava a následná charakterizace eukaryotického senzorového proteinu Bach1, který detekuje hem. Důraz je kladen především na interakční schopnosti proteinu Bach1 s heminem a komparaci vlastností apoformy a holoformy Bach1. Pozornost je věnována hlavně počtu molekul heminu, které jsou schopny specificky interagovat s Bach1, a to za různých podmínek (odlišný redoxní stav iontu železa v hemu, přítomnost interakčních partnerů Bach1 apod.). Součástí této práce je také analýza vlivu...
|
|
|
Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu
Chmelařová, Žaneta ; Kleiblová, Petra (vedoucí práce) ; Brynychová, Veronika (oponent)
Diplomová práce Analýza genetických faktorů vzniku karcinomu prsu se zabývá současnou závažnou problematikou karcinomu prsu z pohledu genetické predispozice. Karcinom prsu (C50) patří mezi nejčastěji se vyskytující nádory u žen. Každoročně je toto onemocnění diagnostikováno více než 7000 ženám a mortalita v ČR dosahuje téměř 2000 případů. Z celkového počtu pacientů s diagnózou karcinomu prsu je přítomna asi u deseti procent pacientů vrozená mutace v některém z predispozičních genů způsobujících výrazně zvýšené riziko vzniku nádorového onemocnění. Na jejich vzniku se ve více než v polovině případů podílejí zárodečné mutace genů BRCA1 nebo BRCA2, ostatní tvoří řada dalších genů, např. tp53, CDH1, PTEN, STK11, ATM, PALB2, CHEK2.Včasná diagnostika a identifikace osob se zvýšeným rizikem vzniku karcinomu prsu má klíčový význam pro jejich zařazení do preventivních programů. Diplomová práce se tedy zaměřuje na testování genů, které nádorové onemocnění mohou způsobovat. V práci bylo analyzováno 219 známých a kandidátních predispozičních genů v souboru 263 neselektovaných pacientek s karcinomem prsu pomocí cíleného panelového NGS, platforma Illumina. Vybrané identifikované suspektní varianty byly dále konfirmovány pomocí Sangerova sekvenování. Předmětem práce je také mutační analýza rozšířeného souboru 1033...
|
|
|
Studium úlohy genetických faktorů v prognóze a predikci účinku chemoterapie u pacientek s karcinomem prsu
Brynychová, Veronika ; Souček, Pavel (vedoucí práce) ; Macůrek, Libor (oponent) ; Stružinská, Ivana (oponent)
Změny v regulaci apoptózy a buněčného cyklu se uplatňují při vzniku nádoru, při jeho progresi i při rezistenci k protinádorové léčbě. Cílem této práce bylo stanovit význam kaspáz buněčné smrti a regulátorů cytokineze jako možných prognostických a prediktivních markerů u pacientek s karcinomem prsu. Kromě stanovení transkriptu vybraných genů v nádorových a kontrolních tkáních získaných od pacientek s karcinomem prsu jsme se zaměřili na význam alternativních sestřihových variant kaspáz a jejich potenciální geneticky podmíněnou regulaci. Získaná data jsme hodnotili v souvislosti s klinicko-patologickou charakteristikou nádorů, délkou přežívání pacientek bez návratu onemocnění a s odpovědí pacientek na neoadjuvantní chemoterapeutickou léčbu. Součástí práce bylo stanovení expresních hladin na proteinové úrovni a ověření významu vybraných kandidátů pro účinek chemoterapie pomocí funkční studie. Hladiny transkriptu kaspáz 2, 3, 7, 8, 9 a 10, specificky detekovaných sestřihových variant kaspáz 2S, 2L, 3A a B, 3S, 9A, 9B a 8L, a hladiny transkriptu regulátorů cytokineze KIF14 a CIT v karcinomech prsu nesouvisely s délkou bezpříznakového přežívání pacientek ani s odpovědí pacientek na neoadjuvantní léčbu. Zvýšená exprese alternativní antiapoptické varianty kaspázy 9B na úkor hlavní proapoptické varianty 9A,...
|
|
|
STR genotypizace středověké české populace: polykulturní lokalita Mlékojedy (okr.Litoměřice)
Brynychová, Veronika ; Hájek, Martin (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Cílem této diplomové práce byla prvotní genetická charakteristika souboru jedinců raně středověkého pohřebiště (polykulturní lokalita Mlékojedy, okr. Litoměřice, Česká republika). Metoda autozomálních STR markerů byla zvolena pro vysokou diskrimační schopnost, zvlášť vhodnou pro studie genetické diverzity a příbuzenské analýzy u malých souborů. Nespornou výhodou byla také možnost validace získaných výsledků vzhledem k riziku kontaminací. Za účelem získání co nejširšího rozsahu genotypů byly použity primery pro amplifikaci zkrácených STR lokusů (miniSTR). Opakovatelně se podařilo amplifikovat jadernou DNA z 35 % kostních vzorků a 91 % zubů. Úspěšnost PCR amplifikace se úměrně snižovala s nárůstem délky fragmentů nad 150 bp. Zároveň jsme zaznamenali vysokou míru alelového drop-outu, která svědčí o vysoké degradaci aDNA. Věrohodné genotypy markeru TH01 se podařilo stanovit jen u dvanácti z celkového počtu 23 jedinců. Získané výsledky jsou diskutovány v porovnání s recentními populacemi a dalšími aDNA studiemi historických pohřebišť. Klíčová slova: ancient DNA, STR markery, miniSTR, ranně středověké pohřebiště, česká populace
|
|
| |
host ::
RSS.