|
|
Phylogeographic and systematic studies of selected bat taxa of the western part of the Old World
Uvizl, Marek ; Benda, Petr (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent) ; Csorba, Gabor (oponent)
Netopýři přitahují pozornost díky jejich pozoruhodným adaptacím, jako je schopnost letu a echolokace, prodloužená délka života, fenotypová diverzita atd. Jejich fylogeneze byla a je stále studována pomocí nejmodernějších molekulárních metod, ovšem mnoho druhů nebo druhových skupin stále čeká až budou molekulárně zrevidovány. Tato charakteristika platí zejména pro druhy s velkými areály výskytu nebo druhové komplexy s kryptickou diverzitou. Takové taxony může stále nalézt i v západní části Starého světa. Do této oblasti se řadí Evropa, západní Asie a Afrika a jako celek představuje přirozenou oblast výzkumu středoevropských (Českých a Československých) chiropterologů. Tato disertační práce je zaměřená na revizi fylogenetických a fylogeografických vztahů šesti méně studovaných druhů a/nebo druhových skupin netopýrů za použití jak molekulárních, tak morfologických metod. Mitochondriální a jaderné sekvence genetických markerů byly generovány pro více než 10 druhů a dále byly použity pro tvorbu fylogenetických stromů, haplotypových sítí a odhadu doby divergence námi studovaných druhů netopýrů. Mezi hlavní výsledky této disertační práce patří: (1) doplnění dat a tím upřesnění distribučních areálů druhů, které patří do druhového komplexu netopýra řasnatého (Vespertilionidae: Myotis nattereri) a to díky...
|
|
|
Integrated multi-omics analysis of chemical signaling in wild rodents
Matějková, Tereza ; Stopka, Pavel (vedoucí práce) ; Macholán, Miloš (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
Bakterie žijící v symbióze se svým hostitelem v takzvaných mikrobiomech jsou jedním z hlavních pilířů evoluce živočichů, včetně evoluce jejich chemické komunikace. Fenotyp, genotyp a mikrobiom laboratorních živočichů chovaných po generace ve sterilních podmínkách se však od jejich divokých předků změnil, což vede k výrazným rozdílům mezi výsledky získanými z laboratorních organismů a z jejich divokých protějšků. Tato práce se zaměřuje na chemickou komunikaci u volně žijících hlodavců. Konkrétně zkoumá části těla, které se přímo podílí na chemické komunikaci (tj. ústa, pochva a střeva) a které jsou zároveň obývány mikrobiomy produkující chemické signály. Změny mikrobiomu, proteomu a metabolomu divokých myší jsou v této práci studovány pomocí sekvenování nové generace a nejmodernější proteomové a metabolomové chromatografie - hmotnostní spektrometrie. Práce analyzuje změny mikrobiomu v rámci přesunu divokých jedinců do zajetí, společného soužití divokých a laboratorních zvířat a také v kontextu hormonálních změn během estrálních cyklů. Dále tato práce diskutuje rozdíly a podobnosti v mikrobiomu, proteomu a metabolomu na úrovni různých druhů (Apodemus sp.), poddruhů (Mus musculus domesticus vs. musculus) a prostředí (přirozený vs. laboratorní původu). Výsledky ukazují, že mikrobiom zůstává během...
|
|
| |
|
| |
|
|
Recentně aktivní L1 a B1 retrotransposony v myším genomu
Janoušek, Václav ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce je zaměřena na studium dvou recentně aktivních rodin retrotransposonů v genomu myši domácí. Jsou to L1 a B1 retrotransposony. Cílem práce bylo najít polymorfní inserce vzniklé recentní aktivitou retrotransposonů. Byly srovnány genomy dvou inbredních kmenů odvozené od dvou odlišných poddruhů myši domácí. Částečně osekvenovaný genom kmene MSM/Ms odvozený od M. m. molossinus byl srovnán s referenčním genomem C57BL/6J odvozeným převážně od M. m. domesticus. Nalezené inserce byly zařazeny do několika podrodin B1 a L1 retrotransposonů. Následně byla pomocí PCR testována přítomnost/absence těchto insercí u všech tří poddruhů myši domácí a u dvou sesterských druhů (M. spretus a M. macedonicus). Jednotlivé rodiny se lišily na základě zastoupení u dvou sesterských druhů. Zástupci podrodin F2 a F3 patřící k L1 retrotransposonům přetrvávali v polymorfním stavu v populaci myši domácí i přes předpokládaný konec aktivity. Na rozdíl od nich se však podrodiny B1 retrotransposonů přes svoji aktivitu již dávno v minulosti zdají být aktivní i v současnosti. Na základě srovnání L1 a B1 se také ukázalo, že rodina L1 je v současnosti více aktivní než rodina B1.
|
|
|
Genetická struktura mediteránních populací kaloně Rousettus aegyptiacus
Marešová, Tereza ; Hulva, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
6 Abstrakt Rod Rousettus představuje jediný rod kaloně, který se vyskytuje v Asii i v Africe a dosahuje severního okraje areálu čeledi. Toto neobvyklé rozšíření je spojeno se schopností echolokace, následným obýváním jeskyní a pravděpodobně s dalšími etologickými a termoregulačními adaptacemi k životu v poměrně chladném a suchém klimatu. Pro tuto studii byly použity metody k rozpoznání jednotlivých geneticky odlišných populací za účelem lepšího pochopení cest kolonizace a současného disperzního a migračního chování kaloně egyptského (Rousettus aegyptiacus) v Mediteránních a jim přilehlých oblastech. Moderními postupy populační a krajinné genetiky bylo analyzováno 553 jedinců ze 72 lokalit za použití 20 jaderných mikrosatelitů. Naše výsledky ukázaly významnou genetickou vzdálenost jedinců z východní Afriky a další dělení v severní části areálu. Výrazně se oddělují kyperské populace a pro vyšší K se dále vymezují kolonie z egyptských oáz. V rozporu s dosavadní taxonomií druhu je genetická blízkost populací z jihu Arabského poloostrova a ze Sinajského poloostrova. Naše zjištění upozorňují na roli mořských a pouštních oblastí jakožto bariér zabraňujících genovému toku a na vývoj populační struktury u kaloňů, která je v souladu s biogeografickými schématy známými v rámci dané čeledi i v dalších oblastech. Je...
|
|
| |
|
| |
|
|
Hybridní původ bobrů ve střední Evropě
Albrechtová, Alena ; Munclinger, Pavel (vedoucí práce) ; Bryja, Josef (oponent)
Diplomová práce se zabývá původem našich populací a studiem genetické variability populací bobra evropského (Castor fiber) na většině jeho areálu rozšíření. Podařilo se nám shromáždit vzorky DNA z našich populací, reintrodukované populace z ruské Kirovské oblasti a všech evropských a asijských refugií. V 19. století byl bobr evropský vinou přílišného lovu téměř vyhuben na celém území Eurasie. Toto kritické období přečkal jen v osmi refugiálních oblastech. V této době už přežívalo jen asi 1 200 jedinců. Díky ochraně a reintrodukcím se do dnešní doby populační stavy opět výrazně zvýšily na více než 640 000 jedinců. Je tedy evidentní, že populace bobra prošly výrazným snížením stavů (bottleneckem). Na našem území byli bobři v 18. století zcela vyhubeni. Díky migraci ze sousedních států a reintrodukčním programům se k nám však začínají od 80. let 20. století vracet. O původu bobrů v České republice se toho příliš nevědělo. Ukázalo se, že se na našem území vyskytují jedinci francouzského, německého, norského a východoevropského původu. U žádného českého bobra nebyla objevena sekvence kanadských bobrů. Studiem mikrosatelitových lokusů (u evropského bobra byly použity poprvé) a kontrolní oblasti mitochondriální DNA jsem zjistila velké diference mezi jednotlivými populacemi. Celková variabilita těchto genetických...
|
|
|
Regulatory mechanisms of WNT signalling
Pospíchalová, Vendula ; Kořínek, Vladimír (vedoucí práce) ; Trka, Jan (oponent) ; Bryja, Josef (oponent)
AB S úspěšno v této si rakovin β signaliz na velm transkrip komplex vstupuje dráhu sp úrovníc P nepublik publikac o poziti studie c buňkách dvou m Hic1 in HIC1, o transkrip střevním zvýšeno V řídící vý BSTRAKT Signální drá ou embryog ignální dráz ny. β-katenin je zace Wnt/β- mi nízké ú pce cílovýc x je degrad e do jádra, pecifickými h regulován Podkladem kovaná dat ce se zaměř ivním vlivu charakterizu h střevního myších kmen vivo. Závěr o interakci p pčního repr m epitelu, c ou citlivost k Věřím, že n ývoj živočic T áha Wnt je genezi, regen ze tudíž ved e hlavním v -katenin). V úrovni neu ch genů pro dační kompl kde vytvář i, a spouští t na celkově a pro předk ta, jež maj řuje na pořa u jaderné b uje protein epitelu exp nů s cílenou rečná kapit polypeptidu resoru HIC1 což má za n k rakovinné naše výsled chů. jednou z h neraci tkání dou ke vznik vnitrobuněč V nestimulov stálou degr oto neprobí lex inaktivo í komplexy tak expresi až stovkou r kládanou di í za cíl lé adí posttrans bílkoviny D TROY jak primujicích u změnou v ola obsahuj u HIC1 se č 1 a v neposl následek ne ému bujení. dky přispěly hlavních ce í a homeost ku vrozený čným prostř vaných buňk radací za íhá. Naopak ován a hladi y s transkrip cílových ge různých fak isertační pr épe porozum slačních úp Dazap2 na h ko nový inh LGR5. Pos v genu Hic1 je...
|
host ::
RSS.