|
|
Bacterial interactions and secondary metabolites in plant and soil environment
Rapoport, Daria ; Marečková, Markéta (vedoucí práce) ; Lovecká, Petra (oponent) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Actinobacteriota představují jeden z nejvýznamnějších bakteriálních kmenů v rostlinném a půdním prostředí. Actinobacteriota jsou známá svou schopností produkovat sekundární metabolity, a proto mohou různými způsoby ovlivňovat jiné bakterie a rostliny. Táto práce byla zaměřena na posouzení souvislostí mezi produkcí sekundárních metabolitů a interakcemi aktinobakterií. V první části jsme hodnotili, jak aktinobakterie z kyselé půdy ovlivňují kultivovatelné půdní bakterie. Získali jsme sbírku kmenů aktinobakterií z kyselé půdy, ve které dominuje dříve nekultivovatelná skupina. Izolovali jsme zástupce této skupiny a popsali jsme novou čeleď Treboniaceae, ale také několik dalších potenciálně nových druhů známých rodů. Analýza genomu a metabolomu nového druhu Trebonia kvetii, sp.nov. gen.nov., prokázala jeho schopnost produkovat neobvyklé a potenciálně nové bioaktivní metabolity. Navrhli jsme pokus, ve kterém byl vždy jeden aktinobakteriální kmen pěstován společně s celým půdním bakteriálním společenstvem tak, aby byla umožněna volná výměna metabolitů. Pro tuto interakci byly vybrány tři kmeny pocházející z různých linií. Každý kmen významně a specificky ovlivňoval kultivovatelné bakterie a také produkci metabolitů, z nichž byla také část indukovana společnou kultivací. Ve druhé části práce jsme zkoumali...
|
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Struktura, vývoj a funkce mikrobiálních společenstev v odumřelém dřevě
Bernardová, Natálie ; Brabcová, Vendula (vedoucí práce) ; Kopecký, Jan (oponent)
Mrtvé dřevo představuje jeden z nejvýznamnějších rezervoárů uhlíku v lesních ekosystémech. V přirozených lesích je jeho objem vyšší, počítaný na řádově stovky m3 ha-1 , zatímco v hospodářských lesích je jeho objem stanovován pouze v desítkách m3 ha-1 . Na rozdíl od rostlinného opadu nebo půdy, je mrtvé dřevo v prostoru nerovnoměrně rozloženo a má specifické fyzikálně-chemické vlastnosti: vysoký obsah těžce rozložitelných polymerů, nízké množství dusíku a je nepropustné. Tyto vlastnosti negativně ovlivňují rychlost rozkladu, zvláště v jeho počátečních fázích. Díky těmto vlastnostem dochází k jeho velmi pomalému rozkladu mikroorganismy, kumuluje se, a proto představuje hlavní rezervoár živin. Tato diplomová práce je zaměřena na popis struktury, vývoje a funkce houbového společenstva v mrtvém dřevě rozkládajícího se v přirozeném bezzásahovém lese a analýzu některých funkčních vlastností hub podílejících se na rozkladu dřeva. Současně byly popsány změny ve fyzikálně-chemických vlastnostech dřeva jako je pH, obsah uhlíku a dusíku v jednotlivých druzích studovaných stromů, ve 4 věkových třídách - stádiích rozkladu. Pro charakterizaci houbového společenstva na základě ITS2 byla použita metoda sekvenace nové generace (NGS) na platformě Illumina MiSeq. Pro analýzu funkčních vlastností byly houby z tlejících...
|
|
|
Geny sekundárního metabolismu v půdních bakteriálních společenstvech
Patrmanová, Tereza ; Kopecký, Jan (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Potřeba nových antibiotik a dalších sloučenin s biologickou aktivitou je důvodem zvýšeného zájmu o sekundární metabolity půdních bakterií. V půdním prostředí má dominantní postavení kmen Actinobacteria, jehož potenciál spočívá ve schopnosti produkce širokého spektra antibiotik a také přítomnosti řady mechanismů, kterými se působení antibiotik brání. Cílem této diplomové práce bylo pomocí navržených primerů a primerů převzatých z publikací stanovit počty kopií vybraných genů sekundárního metabolismu v půdách dvou lokalit. Nepodařilo se navrhnout dostatečně účinné nové primery k detekci vybraných genů v půdním prostředí, a proto byly použity pouze již publikované primery, jejichž specifita byla ověřena. Ve vzorcích odebraných z půdních profilů dvou stanovišť byla prostřednictvím digitálního PCR stanovena množství bakterií, aktinobakterií, genů pro polyketid-syntázu typu II a Erm metyltransferázu zprostředkovávající rezistenci k antibiotikům skupiny MLSB (makrolidy, linkosamidy a streptograminy B). Porovnání stanovených počtů genových kopií přineslo informaci o struktuře bakteriálního společenstva a o zastoupení bakterií nesoucích vybrané geny sekundárního metabolismu v závislosti na změně podmínek vlivem stromového patra a narůstající hloubky půdního profilu. Množství bakterií a aktinobakterií byla...
|
|
|
Charakteristika společenstva hub na opadu smrku ztepilého kultivací a analýzou T-RFLP
Kolářová, Zuzana ; Koukol, Ondřej (vedoucí práce) ; Brabcová, Vendula (oponent)
Houby mají důležitou funkci při dekompozici jehličnatého opadu a ovlivňují koloběhy živin v lesních ekosystémech. Proto je kladen velký důraz na prozkoumání diverzity těchto organismů. Cílem této práce bylo popsat diverzitu hub smrkového opadu a vývoj tohoto společenstva v čase na lokalitách regenerujích po kůrovcovém poškození. Dalším cílem bylo porovnat lokality lišící se různou délkou tohoto poškození. Lokality byly vybrány v NP Šumava, kde byly instalovány opadové sáčky s jehličím, které se odebíraly v průběhu třech let. Diverzita hub a změny ve společenstvu byly zjišťovány dvěma metodami: kultivací jehlic na 2ř sladinovém agaru a fingerprintovou metodou T-RFLP. Kultivací jehlic na agarovém médiu bylo v průběhu tříleté sukcese získáno dohromady 71 druhů hub z obou lokalit. Pomocí T-RFLP bylo celkově zaznamenáno 122 různých fragmentů. Dominantními druhy byly Scleroconidioma sphagnicola, Thysanophora penicillioides, Hormonema dematiodes, Ceuthospora pinastri, druhy rodu Chalara, Trichoderma polysporum, Mycena galopus a blíže neurčený druh Helotiales sp. 1. Primární saprotrofové se ve společenstvu vyskytovaly hlavně prvních 8 měsíců, poté je začaly nahrazovat bazidiomycety. Vliv různé délky kůrovcového poškození na druhové složení hub se prokázal jako signifikantní. Tyto rozdíly byly mnohem více patrné pro...
|
|
| |
host ::
RSS.