Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 17 záznamů.  1 - 10další  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Studies of Lanthanide Complexes by a Combination of Spectroscopic Methods
Krupová, Monika ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Kapitán, Josef (oponent)
Studium komplexů lanthanoidů pomocí spektroskopických metod Monika Krupová (Katedra fyzikální a makromolekulární chemie, Přírodovědecká fakulta, Univerzita Karlova v Praze) Konvenční strukturní analýza nabízí pouze omezené možnosti k určení absolutní konfigurace chirálních látek. Jednou z možností je použití komplexů lanthanoidů s tris-(β- diketonátovými) ligandy. Tyto komplexy jsou elektricky neutrální a v organických rozpouštědlech mohou tvořit jiné komplexy s různými malými organickými molekulami, např. s chirálními alkoholy a aminoalkoholy. Díky této interakci je pak možné chiroptickými metodami určit konfiguraci chirální látky. Abychom interakci organická látka-Ln komplex lépe porozuměli, studovali jsme interakci komplexu Eu(FOD) s (R)- a (S)- enantiomerem 1-fenylethanolu (PE) v n-hexanu pomocí IR spektroskopie, Ramanovy spektroskopie, Ramanovy optické aktivity (ROA), UV- Vis absorpce a UV cirkulárního dichroismu (UVCD). Jenom ROA a UVCD spektra byly dostatečně citlivé pro studium komplexace zkoumaných systémů. S jejich pomocí se podařilo přibližně určit poměr kov/ligand v komplexu a vazebnou konstantu. V předchozích experimentech bylo pozorováno stonásobné zvětšení ROA signálu, např. alkoholu v komplexu, oproti volné chirální látce. Je to částečně dáno rezonancí excitačního laserového záření...
Magnetic circular dichroism and aromatic compounds
Štěpánek, Petr ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Matějka, Pavel (oponent) ; Srnec, Martin (oponent)
Název práce: Magnetický cirkulární dichroismus a aromatické sloučeniny Autor: Petr Štěpánek Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Petr Bouř, DSc., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Abstrakt: Práce představuje sérii studií zabývajících se magnetickým cirkulárním dichroismem (MCD), spektroskopickou metodou, u které v posledních letech došlo k intenzívnímu teoretickému rozvoji. Díky vývoji kvantově-chemických pro- gramů se otevírají nové možnosti výpočtů a interpretace MCD spekter větších a různorodějších molekul než bylo doposud možné. V představovaných studiích jsme využili nově vyvinutých výpočetních prostředků k rozšíření možných aplikací MCD a představujeme zde MCD například jako metodu pro získání informace o struktuře fullerenů. Dále jsme studovali vliv konformace a implicitního a explic- itního rozpouštědla na MCD spektra aromatických amino kyselin s pomocí nově implementovaného alternativního výpočetního postupu využívajícího sčítání přes excitované stavy. Představujeme také teoretické předpovědi spekter nukleárního spinově-indukovaného cirkulárního dichroismu coby nové strukturně-analytické metody....
Interaction of Metal Cations in Bioorganic Environment. Computational Study Using Quantum Mechanics and Molecular MechanicsTools.
Futera, Zdeněk ; Burda, Jaroslav (vedoucí práce) ; Bouř, Petr (oponent) ; Clark, Tim (oponent)
Interakce kovových iontů v bioorganickém prostředí kvantově-chemická a molekulově-mechanická výpočetní studie Zdeněk Futera Biologicky významné interakce piano-stool Ru(II) komplexů s DNA jsou v této práci studovány QM/MM výpočetní metodou. Reakční mechanismus je rozdělen do tří částí - hydratace [RuII (η6 -benzene)(en)Cl]+ komplexu, následné navázání na DNA a vytvoření můstku mezi dvěma guaniny na stejném vlákně. Profily volné energie všech studovaných reakcí jsou spočteny metodou umbrella sampling z QM/MM MD simulací během nichž byl Ru(II) komplex popsán na úrovni DFT. Pro tento účel byl vytvořen QM/MM soft- ware, který umožňuje provázat programy Gaussian a Amber. Spočtené en- ergetické bariéry hydratační reakce a procesu navázání Ru(II) komplexu na DNA jsou v souladu s experimentálně změřenými rychlostními konstantami těchto reakcí. Vytvoření můstků bylo předpovězeno jako uskutečnitelné z termodynamického i kinetického hlediska.
Vývoj a aplikace molekulové dynamiky pro chirální systémy
Kessler, Jiří ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Fanfrlík, Jindřich (oponent)
Souhrn Tato diplomová práce pojednává o molekulárně dynamických simulacích roztoků chirálních látek v chirálních rozpouštědlech. Roztoky se skládaly z 2,2,2-trifluoro-1-fenyletanolu,1- fenyletanolu a 1-fenyletanaminu. Byly zkoumány rozdílnosti v NMR vlastnostech různých kombinací absolutních konfigurací rozpuštěné látky a rozpouštědla. Tyto systémy skutečně vykázaly pro různé kombinace absolutních konfiguraci rozdíly v radiálních distribučních funkcích a zastoupeni konformerů zjištěných pomoci metody WHAM. Tyto zjištěné výsledky zhruba korelovaly s velikostí experimentálních rozdílů NMR posunů. Dále byla v rámci práce vyvinuta metoda selektivního výběru klastrů, která významně snižuje počet klastrů nutných k dosažení konvergované průměrné hodnoty. kličová slova: chiralita, molekulární dynamika, nukleární magnetická rezonance
Theory and applications of optical activity of biomolecules
Krupová, Monika ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Baumruk, Vladimír (oponent) ; Záruba, Kamil (oponent)
Název: Teorie a aplikace optické aktivity biomolekul Autor: Monika Krupová Vedoucí: prof. RNDr. Petr Bouř, DSc. Pracoviště: Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy a Ústav organické chemie a biochemie, Akademie věd České republiky Abstrakt: Tato práce popisuje naše aplikace tří metod chiroptické spektroskopie při studiu chirálních molekul: vibračního cirkulárního dichroismu (VCD), cirkulárně polarizované luminiscence (CPL) a magnetického cirkulárního dichroismu (MCD). VCD a indukovanou CPL lanthanoidů jsme použili ke studiu struktury amyloidních fibril vybraných proteinů. Zjistili jsme, že VCD je velmi vhodnou technikou k detekci proteinových fibril a jejich supramolekulární chirality. Je schopná rozlišit i různé polymorfické typy fibril. Na druhou stranu, indukovaná CPL lanthanoidů reflektuje spíše lokální strukturu. VCD jsme použili i ke studiu hydratace a polymorfismu krystalů nukleosidů. Díky uspořádání krystalu jsme naměřili silný VCD signál specifický pro hydratovanou a suchou formu. Poslední část práce je věnována MCD a elektronové struktuře trivalentních Ln3+ iontů. Experimentální spektra byla interpretována pomocí kombinace molekulové dynamiky, teorie krystalového pole (CFT) a výpočtů využívajících konfigurační interakci v úplném aktivním prostoru pro více stavů s poruchovou teorii druhého...
Theory and application of optical spectroscopic methods for structural molecular studies
Hudecová, Jana ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Setnička, Vladimír (oponent) ; Valenta, Jan (oponent)
Název práce: Teorie a aplikace optických spektroskopických metod pro strukturní studie molekul Autor: RNDr. Jana Hudecová Katedra / Ústav: Ústav organické chemie biochemie AVČR, v.v.i. Vedoucí doktorské práce: Prof. RNDr. Petr Bouř, DSc. Abstrakt: V dizertační práci byly použity metody chiroptické spektroskopie (Ramanova optická aktivita, elektronový a vibrační cirkulární dichroismus a cirkulárně polarizovaná luminiscence) k získání informací o struktuře chirálních molekul. Ve čtyřech hlavních projektech jsme se zaměřili na vylepšování přesnosti kvantově-chemických výpočtů potřebných pro interpretaci změřených spekter, zahrnutím anharmonických korekcí, rozpouštědla, flexibility molekul a dynamických efektů. V prvním projektu jsme se věnovali metodě optimalizace geometrie v normálních módech a nalezli optimální frekvenční limit zajišťující realistické rozšíření vibračních pásů. Dále jsme zkoumali schopnost harmonických a anharmonických výpočetních přístupů popsat C-H valenční vibrace pro tři molekuly terpenů a čtyři spektroskopické metody. Třetí projekt byl zaměřen na roli disperzních sil u různých organických rozpouštědel pro konformační rovnováhu a dynamiku cyklických dipeptidů obsahujících tryptofan. V posledním projektu pomohla volná energie získaná z molekulárně-dynamických simulací vysvětlit spektrální...
Development and applications of molecular dynamics for molecular spectroscopy
Kessler, Jiří ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Bludský, Ota (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
This Thesis deals with simulations of chiroptical spectra using a combination of molecular dynamics and quantum chemistry. Molecular dynamics was used to explore conformational behaviour of studied systems (proteins), quantum chemistry for calculation of spectral prop- erties. The Quantum chemical methods are limited to relatively small systems. We overcome this problem mostly by a fragmentation of studied systems, when smaller, computationally feasible, fragments are created and used for the quantum chemical calculations. Calculated properties were then transferred to the big molecule. Vibrational Optical Activity (VOA) spectra of poly-L-glutamic acid fibrils (PLGA), insulin prefibrillar form and native globular proteins were studied. The simulated spectra provided satisfactory agreement with the experiment and were used for its interpretation. Experimental Vibrational Circular Dichroism (VCD) spectra of poly-L-glutamic acid fibrils were only qualitatively reproduced by the simulation. We could reproduce the major amide I band and a smaller negative band associated with the side chain carboxyl group. Our simulation procedure was then extended to a set of globular proteins and their Raman Optical Activity (ROA) spectra. Here we achieved an exceptional precision. For example, we were able to reproduce...
Application of chiroptical techniques for exploration of inhomogeneous systems
Jungwirth, Jakub ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Burda, Jaroslav (oponent)
Diplomové Práce Jakub Jungwirth Porozumění molekulární struktuře molekul relevantních v biochemii zajímavé z funda- mentálního hlediska, jelikož v konečném důsledku tyto molekuly jsou určující pro všechny role živých organismů. Ramanova optická aktivita (ROA) je chiroptická spektroskopická technika s vysokou citlivostí k molekulární struktuře. V této závěrečné práci je prezentován úvod ke konceptům důležitým pro ROA a dva nezávislé projekty, jejichž cílem je rozšíření možností ROA a to jak z teoretického tak experimentálního hlediska. První projekt je konformační analýzou dialaninu, důležitého modelového peptidu. K simulaci spekter byl použit přístup kombinující kvantově mechanické metody a metody molekulové dynamiky. Výsledkem byla dříve nedosažená shoda výpočtu s experimentem. Metoda matematického rozkladu experimentálního spektra do spekter vypočtených pro jednotlivé konformery byla naprogramována a otestována. Jejím cílem je získání informací o rovnovážném zastoupení jednotlivých konformerů. Tento přístup se ukázal být slibným. Druhý projekt byl pokusem o provedení průkopnických ROA měření amyloidů, které je obtížné měřit kvůli jejich ne- homogenitě (nerozpustnost, dvojlom)....
Magnetic circular dichroism and aromatic compounds
Štěpánek, Petr ; Bouř, Petr (vedoucí práce) ; Matějka, Pavel (oponent) ; Srnec, Martin (oponent)
Název práce: Magnetický cirkulární dichroismus a aromatické sloučeniny Autor: Petr Štěpánek Katedra/Ústav: Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Vedoucí disertační práce: prof. RNDr. Petr Bouř, DSc., Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i. Abstrakt: Práce představuje sérii studií zabývajících se magnetickým cirkulárním dichroismem (MCD), spektroskopickou metodou, u které v posledních letech došlo k intenzívnímu teoretickému rozvoji. Díky vývoji kvantově-chemických pro- gramů se otevírají nové možnosti výpočtů a interpretace MCD spekter větších a různorodějších molekul než bylo doposud možné. V představovaných studiích jsme využili nově vyvinutých výpočetních prostředků k rozšíření možných aplikací MCD a představujeme zde MCD například jako metodu pro získání informace o struktuře fullerenů. Dále jsme studovali vliv konformace a implicitního a explic- itního rozpouštědla na MCD spektra aromatických amino kyselin s pomocí nově implementovaného alternativního výpočetního postupu využívajícího sčítání přes excitované stavy. Představujeme také teoretické předpovědi spekter nukleárního spinově-indukovaného cirkulárního dichroismu coby nové strukturně-analytické metody....

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 17 záznamů.   1 - 10další  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.