Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 2 záznamů.  Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Use of residue-level annotations for structural prediction of protein-ligand binding sites
Břicháčková, Kateřina ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Galgonek, Jakub (oponent)
V posledních 20 letech se počet experimentálních proteinových struktur v databá- zi Protein Data Bank rychle zvyšuje, což motivuje vývoj nástrojů pro predikci protein-ligand vazebných míst. Strukturní predikce vazebných míst má mnoho důležitých aplikací; je klíčovým krokem v komplexním procesu návrhu léčiv, pomáhá objevovat vedlejší účinky léčiv, umožňuje chápat biologické funkce pro- teinů a je využívá se i v mnoha jiných oborech, jako je protein-ligand docking nebo molekulová dynamika. Pokud je autorce známo, dosud nebyla provedena studie, která by systematicky zkoumala obecné vlastnosti známých vazebných míst na velkých datasetech. Tato práce se zaměřuje na analýzu těchto vlast- ností, s využitím existujících experimentálních i predikovaných anotací primární a terciální struktury proteinu. Je zde představena metoda pro statistickou analýzu těchto anotací, která je založena na testování hypotéz a odhadu velikosti účinku. Metoda je implementována v jazyce Python a lze ji jednoduše rozšířit o nové ano- tace definované uživatelem. Použití je demonstrováno na 33 existujících anotacích a čtyřech různých datasetech. Praktická významnost výsledků je otestována s po- mocí metody P2Rank. Výsledky i...
Limitations of variant consequence predictors
Břicháčková, Kateřina ; Daněček, Petr (vedoucí práce) ; Kolář, Michal (oponent)
Díky mnohým rozsáhlým sekvenačním projektům se množství nalezených genomických variant stále zvyšuje. Klíčovým krokem v analýze těchto dat je jejich funkční ano- tace, jež pomáhá varianty kategorizovat, filtrovat a prioritizovat pro další výzkum. Tato práce seznamuje s pěti běžně používanými programy pro určování důsledků vari- ant, poskytuje rady, jak je používat, a stručně představuje algoritmy, které používají. Mimo to jsou zde popsány různé datové formáty, genomové anotace a lidský referenční genom. Správnost reference je velice důležitá, neboť na ní spoléhají všechny programy. Práce upozorňuje na určité situace, ve kterých se výsledky z různých programů mohou navzájem lišit. Pro všechny testy byla použita Ensembl genová anotace (release 92) a referenční genom GRCh38.

Viz též: podobná jména autorů
1 Břicháčková, Klára
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.