|
| |
|
| |
|
|
Spektrum Ramanova rozptylu HDO
Šubr, Martin ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Procházka, Marek (oponent)
Název práce: Spektrum Ramanova rozptylu HDO Autor: Martin Šubr Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí bakalářské práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Hlavním cílem předložené bakalářské práce je určení Ramanova spektra HDO. Takové spektrum nemůže být v kapalném stavu změřeno samostatně, avšak je možné jej určit vhodným matematickým zpracováním série naměřených spekter s různým poměrem H/D. V rámci práce jsme proměřili Ramanova spektra kapalné vody při různých molárních zlomcích lehké a těžké vody, které jsme následně zpracovali pomocí statistické metody faktorové analýzy. Odtud se již podařilo mimo známých spekter lehké a těžké vody separovat i hledané spektrum HDO. Pro fitování spektra HDO a jeho analýzu byl použit model s rovnovážnou konstantou zahrnující lineární korekci tvaru spektra vzhledem k relativnímu podílu D v kapalině. Klíčová slova: Ramanův rozptyl, lehká a těžká voda, HDO, faktorová analýza
|
|
| |
|
| |
|
|
Function of Magnesium Ions in the Formation of Biologically-Active Nucleic Acids Structures
Espinoza Herrera, Shirly Josefina ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Mašek, Vlastimil (oponent) ; Setnička, Vladimír (oponent)
ESPINOZA HERRERA S.J. -DOCTORAL THESIS - FUNCTION OF MAGNESIUM IONS IN THE FORMATION OF BIOLOGICALLY-ACTIVE NUCLEIC ACIDS STRUCTURES ____________________________________________________________________ ABSTRAKT Byla studována interakce hořečnatých iontů, jež jsou divalentními ionty s nejvyšší koncentrací v živých buňkách, s klíčovými biomolekulami nukleových kyselin, s cílem zjistit strukturní detaily mechanismu této interakce a účinek hořečnatých iontů na strukturu a strukturní přechody u nukleových kyselin. Jako hlavní metoda byla vybraná Ramanova spektroskopie; kromě toho byla provedena I některá doplňková měření UV absorpce. Základní analýzy sérií spekter získaných v závislosti na teplotě a případně při různých koncentracích hořečnatých iontů byly prováděny pomocí faktorové analýzy. Kde to bylo možné, sloužily výstupy faktorové analýzy při fitování odpovídajících termodynamických vztahů. Ke studiu byly použité různé molekulární modely nukleových kyselin, konkrétně systém komplementárních RNA homopolynukleotidů polyA a polyU, DNA homopolynucleotidů polydA a polydT, a RNA 14-merní oligonukleotid představující vrcholovou vlásenku segmentu TAR genomické RNA viru HIV-1. Potvrdili jsme pomocí Ramanovy spektroskopie, že ionty hořčíku přidané do roztoku polyA-polyU duplexů způsobí jejich částečnou disociaci a...
|
|
|
Kompexní charakterizace buněčných suspenzí pomocí elastického rozptylu světla
Macháň, Radek ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Plášek, Jaromír (oponent)
Při experimentech s kvasinkami Saccharomyces cerevisiae, sloužícími jako modelový eukaryotní organismus je často důležité stanovit počet buněk v suspenzi. Jednou z často užívaných metod studia buněčných suspenzí je měření elastického rozptylu světla procházejícího suspenzí. Obvyklým výstupem těchto měření je úhlová závislost intenzity rozptýleného záření, která nese informaci o velikosti buněk, na kterých k rozptylu dochází. V této diplomové práci jsou studovány časové závislosti intenzity elastického rozptylu a souvislost jejich statistických vlastností s počtem rozptylových center v jednotkovém objemu. Za tím účelem byl navržen jednoduchý model popisující jak tato veličina pro monodisperzní suspenzi souvisí se závislostí směrodatné odchylky časového průběhu intenzity elastického rozptylu na střední hodnotě tohoto průběhu. K získání experimentálních dat byl zkompletován přístroj na počítačem řízené měření úhlových a časových závislostí intenzity elastického rozptylu. Měření bylo prováděno na suspenzích kvasinek Saccharomyces cerevisiae a na modelovém systému (suspenze polymerních částic o průměru 8m). Naměřená data byla interpretována v rámci navrženého modelu. Přestože suspenze kvasinek nelze považovat za monodisperzní, naměřená data byla v dobré shodě s předpověďmi navrženého modelu. To ukazuje, že efekt...
|
|
| |
|
|
Zpřesněné stanovení stability duplexů DNA pomocí UV spektroskopie
Víšová, Ivana ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Kočišová, Eva (oponent)
Tato práce se zabývá určováním termodynamických parametrů teplotně indukovaného rozpadu duplexů DNA. Byla provedená přesná měření UV absorpčních spekter roztoků krátkých řetězců DNA se selfkomplementární sekvencí v závislosti na teplotě a pro několik různých koncentrací. Těžištěm práce jsou návrhy a porovnání různých postupů analýzy dat s cílem nalezení nejlepšího postupu pro určování velikostí změn termodynamických potenciálů. Bylo ukázáno, že kombinace faktorové analýzy a fitu termodynamických vztahů na teplotní závislosti získaných koeficientů dovoluje určit tyto parametry z měření provedeného pouze pro jednu koncentraci vzorku a to s lepší přesností, než dosud doporučovaný postup založený na určování teplot tání pro několik koncentrací.
|
|
|
Spektroskopické studium klíčových biomolekulárních interakcí pro terapeutické aplikace modifikovaných oligonukleotidů
Kříž, Martin ; Štěpánek, Josef (vedoucí práce) ; Bednárová, Lucie (oponent) ; Mašek, Vlastimil (oponent)
Název práce: Spektroskopické studium klíčových biomolekulárních interakcí pro terapeutické aplikace modifikovaných oligonukleotidů Autor: Martin Kříž Katedra / Ústav: Fyzikální ústav UK Vedoucí disertační práce: Prof. RNDr. Josef Štěpánek, CSc., Fyzikální ústav UK Abstrakt: Disertační práce je zaměřena na studium biomolekulárních interakcí, které mají zásadní význam pro terapeutické použití modifikovaných oligonukleotidů. Byly studovány jednak interakce nukleových kyselin, konkrétně hybridní DNA:RNA duplexy s plně komplementárními sekvencemi, ale i DNA:RNA duplexy s centrálním mismatchem. Byl vytvořen molekulární model, pomocí kterého byl studován vliv pěti různých chemických modifikací v DNA vlákně na jeho vazební schopnosti. Strukturní změny byly charakterizovány pomocí Ramanovy spektroskopie za použití přesných diferenčních i dvojitých diferenčních spekter. Tyto údaje byly doplněny o termodynamické parametry získané z křivek tání pomocí UV absorpční spektroskopie. Dále byly pomocí Ramanovy spektroskopie studovány změny v konformaci proteinu Ribonukleázy L, ke kterým dochází po navázání ligandu, kterým je v tomto případě buď přirozený nebo modifikovaný krátký oligonukleotid. Měření s Ribonukleázou L byla prováděna za pomocí speciální experimentální techniky - DCDR spektroskopie. Klíčová slova:...
|
host ::
RSS.