Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 5 záznamů.  Hledání trvalo 0.00 vteřin. 
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Šmít, Daniel ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Štěpánek, Petr (oponent)
Na/ev pracc: Molekularne-dynamicke simulace komplcxu sestavajicich z nukleovyeh kyselin a proleinu Autor: Daniel Snu't Katedra (ustav): Fy/ikalni ustav UK Vedouci hukalafskc prace: RNDr. Ivan Barvik. Ph.D. e-mail vedoueiho: iharvikiY/'karlov.mff.euni.c/ Abstrakt: Prace od /akladu se/namujc s biochemickymi principy. struklurou nukleovych kysclin a aminokyselin, stavbou proleinu a mechanismem jejich synte/y. /vlastni zfetel jc kladen na /pusoby replikacc nukleovych kysclin ruznyeh viru a na mo/nosli lerapie zalozene na interferenci s toulo replikaci. Dale jsou nastmeny i jine moderni melody lerapie spoci'vajici v modulaci imunity ei vyu/ili RNA interference. Struklura viru IICV je podrobne popsana. Replikacni en7\'in viru. IK'V RNA depcndenlni KNA polymcra/a, je podrt>bne popsan spolu s pfedpokladunym prubehcm jelut iniciace a poKmeracni akiiviiy. Dale jsou popsans /aklady molekularne dynamickych (Ml)) simulaci. ktere jsou v ranici bakalafske prace denionstrovany na jednoduchem modelovem systemu argonoveho clusteru. V druhe polovinc prace jsou provedeny MD simulace inhihice IK'V RclRp prostrednictvim lalek PMIXi, PMPG a IIPMPG. Struklura a stabilita komplexu je dctailnc analy/ovana na atomarni urovni. Klicova slova: molekularni dynamika. nuklcove kyseliny, IICV. IIPMIJ(j Title: Molecular dynamics simulations...
Průchod proudu vibrujícím molekulárním můstkem
Šmít, Daniel ; Čížek, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Tomáš (oponent)
V předložené práci studujeme průchod elektronu vibrujícím molekulárním můstkem interagujícím s přívodními vodiči za použití metody nerovnovážných Greenových funkcí. Použité Greenovy funkce využívají kombinaci prvního kvan- tování k popisu vibračních hladin a druhého kvantování k popisu elektronových procesů. Zabýváme se změnou vibračního potenciálu můstku vyvolanou nabitím, stanovíme spektrální funkci a velikost protékajícího proudu. Potvrzujeme vliv Fermiho moře a Franck-Condonových faktorů na zúžení peaků. Procesy studu- jeme na modelu motivovaném molekulou bifenylu, kde zavádíme potenciál se dvěma minimy a studujeme vliv kvazidegenerovaných energetických hladin. Ukazu- jeme vliv rostoucího momentu setrvačnosti molekuly na posuv peaků do oblastí určených Franck-Condonovými faktory.
Analysis of dynamical interactions of axon shafts and their biopysical modelling.
Šmít, Daniel ; Zápotocký, Martin (vedoucí práce) ; Reingruber, Jūrgen (oponent) ; Maršálek, Petr (oponent)
v Češtině Ačkoli hraje tvorba svazků axonů zásadní roli při vývoji nervových sítí, velice málo je známo o její dynamice a jejích výchozích biofyzikálních mechanismech. V modelovém systému neuronů kultivovaných ex vivo z explantátu embryonického myšího čichového epitelu jsme pozorovali dynamické interakce mezi axony prostřednictví jejich těl, které vedly k procesům zazipování a odzipování a regulovaly tak tvorbu svazků. Tento sys- tém se ukázal jako vhodný způsob přípravy vzorku pro studium takovýchto interakcí, využili jsme jej ke provedení podrobných biofyzikálních analýz zipovacích procesů, které nastávaly buďto spontánně, nebo byly vyvolány mechanickými nebo farmakologickými manipulacemi. Ukážeme, že k zipování dochází na základě protichůdných tendencí adheze mezi těly axonů a mechanického napětí v axonu. Tato teze je kvantitativně podpořena odpoví- dajícími změnami globální struktury axonální sítě bez účasti růstových vrcholů, pokud dojde k farmakologické manipulaci kultury. Kalibrované mechanické manipulace inter- agujících těl axonů pak poskytují kvalitativní oporu tvrzení, a umožňují změřit hod- noty mechanického napětí axonů systému. Dále také představíme biofyzikální model popisující dynamiku zipovacích procesů, který nám umožní efektivně stanovit hodnoty zbývajících biofyzikálních...
Průchod proudu vibrujícím molekulárním můstkem
Šmít, Daniel ; Čížek, Martin (vedoucí práce) ; Novotný, Tomáš (oponent)
V předložené práci studujeme průchod elektronu vibrujícím molekulárním můstkem interagujícím s přívodními vodiči za použití metody nerovnovážných Greenových funkcí. Použité Greenovy funkce využívají kombinaci prvního kvan- tování k popisu vibračních hladin a druhého kvantování k popisu elektronových procesů. Zabýváme se změnou vibračního potenciálu můstku vyvolanou nabitím, stanovíme spektrální funkci a velikost protékajícího proudu. Potvrzujeme vliv Fermiho moře a Franck-Condonových faktorů na zúžení peaků. Procesy studu- jeme na modelu motivovaném molekulou bifenylu, kde zavádíme potenciál se dvěma minimy a studujeme vliv kvazidegenerovaných energetických hladin. Ukazu- jeme vliv rostoucího momentu setrvačnosti molekuly na posuv peaků do oblastí určených Franck-Condonovými faktory.
Molekulárně-dynamické simulace komplexů sestávajících z nukleových kyselin a proteinů
Šmít, Daniel ; Barvík, Ivan (vedoucí práce) ; Štěpánek, Petr (oponent)
Na/ev pracc: Molekularne-dynamicke simulace komplcxu sestavajicich z nukleovyeh kyselin a proleinu Autor: Daniel Snu't Katedra (ustav): Fy/ikalni ustav UK Vedouci hukalafskc prace: RNDr. Ivan Barvik. Ph.D. e-mail vedoueiho: iharvikiY/'karlov.mff.euni.c/ Abstrakt: Prace od /akladu se/namujc s biochemickymi principy. struklurou nukleovych kysclin a aminokyselin, stavbou proleinu a mechanismem jejich synte/y. /vlastni zfetel jc kladen na /pusoby replikacc nukleovych kysclin ruznyeh viru a na mo/nosli lerapie zalozene na interferenci s toulo replikaci. Dale jsou nastmeny i jine moderni melody lerapie spoci'vajici v modulaci imunity ei vyu/ili RNA interference. Struklura viru IICV je podrobne popsana. Replikacni en7\'in viru. IK'V RNA depcndenlni KNA polymcra/a, je podrt>bne popsan spolu s pfedpokladunym prubehcm jelut iniciace a poKmeracni akiiviiy. Dale jsou popsans /aklady molekularne dynamickych (Ml)) simulaci. ktere jsou v ranici bakalafske prace denionstrovany na jednoduchem modelovem systemu argonoveho clusteru. V druhe polovinc prace jsou provedeny MD simulace inhihice IK'V RclRp prostrednictvim lalek PMIXi, PMPG a IIPMPG. Struklura a stabilita komplexu je dctailnc analy/ovana na atomarni urovni. Klicova slova: molekularni dynamika. nuklcove kyseliny, IICV. IIPMIJ(j Title: Molecular dynamics simulations...

Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.