Národní úložiště šedé literatury Nalezeno 74 záznamů.  1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam: Hledání trvalo 0.01 vteřin. 
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacteria's genomes. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
Typing of bacterial populations based on methylation site detection
Hlavatá, Kristína ; Sedlář, Karel (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This bachelor’s thesis focuses on the detection of DNA methylations and the development of a methodology for typing bacterial strains. DNA methylations play a crucial role as a regulatory mechanism in the genome, influencing the final characteristics of organisms. We employed DeepSignal2 to detect methylation patterns in 10 strains of Klebsiella pneumoniae. Furthermore, we designed a typing method based on the identified methylations to categorize the bacterial strains. This thesis contributes to the improvement of our understanding of regulatory mechanisms in bacterial genomes and presents a novel approach for typing strains using DNA methylation patterns. It provides valuable insights into the characterization and classification of bacterial strains based on their methylomes.
Antibiotic resistance profile determination in hybrid assembled bacterial genomes
Dzurčaninová, Natália ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Antibiotic resistance is a severe problem largely caused by changes in bacterial genome. The acquisition and storage of reliable bacterial genomic data is, therefore, vital for the study of mechanisms and transfer of antibiotic resistance. This thesis describes bacterial genome, antibiotic resistance and tools for its identification along with processes necessary for genome acquisition, sequencing and assembly. It focuses on hybrid assembly of genomes of generally highly resistant bacteria Klebsiella pneumoniae and subsequent analysis of this genomes. The purpose of the analysis is construction of antibiotic resistance profiles and determination of phylogenetic relatedness between the genomes.
Advanced Computational Methods for Increasing the Discriminatory Power of Genotyping Methods
Nykrýnová, Markéta ; Budinská, Eva (oponent) ; Hrabák,, Jaroslav (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
This dissertation aims at developing new computational methods to increase the discriminatory power of genotyping methods. The main focus is on distinguishing closely related bacterial strains, e.g. from the same hospital or ward. The first part of the thesis describes current typing methods and new approaches to identify genetic markers with high levels of sequence variability that contribute to distinguishing bacterial populations better. The proposed methods are based on the entropy signal calculation and analysis of unmapped reads. The second part of the thesis deals with designing new methods for raw nanopore sequencing data processing; thus, it can be used for rapid high-sensitivity bacterial typing without the need to convert current signals into nucleotide sequences. Overall, this dissertation contributes to the improvement and refinement of routine typing methods by utilizing the proposed bioinformatics approaches and presenting a unique application for experimental nanopore sequencing in rapid genotyping and bacteria analysis.
Metagenomická analýza vývoje střevního mikrobiomu dětí
Zourková, Tereza ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Práce pojednává o vlivu metagenomu na vývoj dítěte a o důvodech přínosnosti zkoumání následků změn lidského střevního mikrobiomu. Následně je v práci nastíněna obecná problematika mikrobiomu a historie jeho studií. Také je zde popsáno složení lidského mikrobiomu střev a souvislosti s imunitním systémem nebo například produkcí hormonů. Rovněž práce obsahuje informace o vybraných metodách analýzy metagenomu, konkrétně mikroskopické metody využívající předchozí kultivaci, hmotnostní spektrometrie a metody sekvenační. Je zde popsán také postup analýzy dat pomocí dostupných bioinformatických nástrojů, kterými byla data vhodně předzpracována. Takto vyfiltrovaná data byla připravena pro navazující profilaci metagenomu, která je v práci podrobně popsána. Na závěr práce jsou vyhodnoceny výsledky profilace, na základě kterých jsou odhadnuty průběhy změn mikrobiomu během vývoje dítěte, což je hlavním cílem této bakalářské práce.
Mobile application for electrophoretic gel image processing
Mojžišová, Anna ; Čejková, Darina (oponent) ; Škutková, Helena (vedoucí práce)
The analysis of 1D gel electrophoresis images is a crucial step in molecular biology research, as it allows the identification and quantification of proteins, DNA fragments, and other molecules of interest. However, the traditional analysis process can be time-consuming and requires specialized software and equipment. This paper presents a novel solution to this problem by introducing a mobile application that assists in the analysis of 1D gel electrophoresis images. The application provides a user-friendly interface and a set of powerful tools for image processing, band detection, lane segmentation, and molecular weight approximation. The designed methods were extensively tested using a dataset of diverse gel images, and the results show that the application can accurately and efficiently analyze electrophoresis images. The portability of the application allows researchers to perform analyses on the go, reducing the time and cost associated with traditional analysis methods. This mobile application provides a convenient and practical tool for researchers and clinicians alike, making the analysis of electrophoresis images more accessible and efficient.
Identifikace variability v celogenomových sestaveních
Morávková, Dalena ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním variabilit v genomu organismu Treponema pallidum. V teoretické části jsou popsány významné sekvenační technologie, metody mapování genomu a variability genomu. Praktickou část tvoří mapování dat ze sekvenátoru Illumina, jejich zpracování a vyhledávání variabilních pozic.
Identifikace variability v celogenomových sestaveních
Morávková, Dalena ; Škutková, Helena (oponent) ; Bartoň, Vojtěch (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vyhledáváním variabilit v genomu organismu Treponema pallidum. V teoretické části jsou popsány významné sekvenační technologie, metody mapování genomu a variability genomu. Praktickou část tvoří mapování dat ze sekvenátoru Illumina, jejich zpracování a vyhledávání variabilních pozic.
Bacterial Pan-Genome Analysis
Lorková, Ema Marta ; Škutková, Helena (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
This bachelor thesis deals with pan-genome analysis for bacterial populations. The first part specifies genome, pseudogenes, bacteria and its genome, and pan-genome including its components. Following part introduces four tools for pan-genome analysis. Testing of these tools against specific bacterial genome and their comparison is mentioned in practical part. Lastly, an algorithm is implemented for creating new pipeline, and a code and obtained results are described.

Národní úložiště šedé literatury : Nalezeno 74 záznamů.   1 - 10dalšíkonec  přejít na záznam:
Chcete být upozorněni, pokud se objeví nové záznamy odpovídající tomuto dotazu?
Přihlásit se k odběru RSS.