|
|
Vliv chimérismu v oblasti forenzní DNA analýzy
Kalousková, Martina ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Vaněk, Daniel (oponent)
Přítomnost dvou a více zygoticky odlišných linií v jediné osobě představuje stav označovaný jako chimérismus. Jednotlivé typy chimérismu mají jak pozitivní, tak i negativní důsledky na zdraví chimérického jedince. Vrozený i získaný chimérismus je v diagnostice, genetice, ale také ve forenzní DNA analýze důležitým aspektem, který je nutné zohlednit. Tento jev má vliv na interpretaci výsledků identifikace a určení příbuzenského vztahu. Pomocí forenzních analýz lze identifikovat chimérismus vyšetřovaných osob. I když se jedná spíše o raritní události, byly zaznamenány konkrétní případy nesprávné identifikace osob v důsledku chimérismu.
|
|
|
Rapidly mutating Y-STRs analysis as a tool for forensic investigations, genetic genealogical applications and molecular anthropology
Jakub, David ; Šimková, Halina (vedoucí práce) ; Doubková, Klára (oponent)
Ve srovnání se standardními Y-STR markery běžně užívanými ve forenzních oborech a bioarcheologii mají rychle mutující Y-STR markery (RM Y-STR) ve světových populacích podstatně vyšší haplotypovou diverzitu a rozlišovací schopnost. Jedná se o novinku v těchto oborech. Tato práce se pokusí objasnit jejich původ, funkci a efektivnost ve forenzní genetice, genealogii a molekulární antropologii pohledem na Y chromozom a jeho charakteristiky, které umožnují jeho využití při mapování populací, jednotlivých mužských linií, a identifikaci mužských pachatelů sexuálního násilí. Pohledem na ostatní polymorfismy Y chromozomu, především Y-SNP markery, zjistíme, ve kterých studiích je každý typ nejvhodněji využit. Na konci se objasní, jestli je použití RM Y-STR markerů přínosné pro jednotlivé obory, jestli učiní standardní Y-STR markery redundantní, nebo jestli jsou sami v porovnání bez podstatného využití.
|
|
|
Detekce CNV polymorfismů v oblastech forenzně významných STR lokusů v české populaci
Salihagić, Lejla ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
DNA analýza směřující k individuální identifikaci osob je založena na vyšetření panelu polymorfismů typu STR (Short Tandem Repeats). Tyto polymorfní lokusy byly vybrány na základě široce pojatého mezinárodního testování, jsou známy frekvence jednotlivých alel napříč různými etniky. V současné době je věnována pozornost také polymorfismům zahrnujícím větší oblasti DNA - tzv. Copy Number Variants (CNVs). Dle literatury (Repnikova et al., 2013) se ukazuje, že tyto varianty mohou postihovat také oblasti forenzně významných STR lokusů, což má za následek například deleci jedné z alel. Vyšetřovaná osoba, pak není v takto postiženém lokusu homozygotem, ale hemizygotem. V opačném případě, při duplikaci jedne z alel, vzníká trialelický STR. Takovéto situace můžou pak zkreslit výsledek individuální identifikace, eventuálně také správné vyhodnocení příbuzenských vztahů. V rámci diplomové práce bude zavedena metodika založená na digital droplet PCR (ddPCR), která umožní ověření v případech, kdy z rutinně získaného DNA profilování vyplyne podezření na přítomnost třetí alely u jednoho z STR lokusů. Vzorky pro testování budou získány ve spolupráci s Kriminalistickým ústavem Praha na základě společně řešeného výzkumného projektu. Screeningu bude podrobeno 200 000 DNA profilů získaných z kontrolních vzorků -...
|
|
| |
|
|
SNP polymorphisms of Y chromosome in the population of african fulani people
Bučková, Jana ; Černý, Viktor (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Markery nerekombinujúcej časti chromozómu Y predstavujú vhodný nástroj na štúdium diverzity jednotlivých populácií. Najbežnejšími polymorfizmami ľudského genómu sú SNPs. Mutačná rýchlosť SNPs je pomerne malá a preto majú svoje využitie ako genetické markery v evolučných a populačných štúdiách. V rámci tejto práce sme analyzovali 205 nepríbuzných mužských vzoriek DNA z 11 subsaharských fulbských subpopulácií z 5 štátov Afrického Sahelu. Fulbovia sú etnickou skupinou, ktorá je rozšírená vo viacerých štátoch, hlavne západnej Afriky. Naše vzorky pochádzajú z oblasti Tindangou, Banfora (Burkina Faso), Bongor, Linia (Čad), Diafarabé (Mali), Tcheboua (Kamerun), Balatungur, Diffa, Zinder, Ader a Abalak (Niger). Vyžitím kitu Signet Y-SNP Identification Systems a prístroja Luminex s LabMAP Luminex technológiou sme detegovali jednotlivé SNPs chromozómu Y. LabMAP Luminexová technológia je univerzálna čipová platforma, ktorá ako sondy využíva fluorescenčne značené polystyrénové mikrosféry. Zaznamenali sme výskyt 12 rôznych haploskupín. Do typický africkej haploskupiny E, ktorá je definovaná prítomnosťou odvodenej alely v polymorfizme M96 patrí 89,3% jedincov. U 7,8% z celkového počtu jedincov sme detegovali haploskupinu R, ktorá je charakteristická pre eurázijskú populáciu. Na vytváraní genofondu populácie...
|
|
| |
|
| |
|
| |
|
|
Výběr vhodných INDEL polymorfismů na X chromosomu pro detekci fetální frakce volné cirkulující DNA u těhotenství s plodem ženského pohlaví
Veselá, Barbora ; Korabečná, Marie (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Analýza volně cirkulující fetální DNA (cell-free fetal DNA - cffDNA) přítomné v prostředí mateřské plazmy se v posledních letech stala důležitou součástí neinvazivní prenatální diagnostiky. Detekce sekvencí Y chromozomů ve volné cirkulující DNA (cfDNA) indikuje přítomnost mužského plodu; nepřítomnost Y chromozomálního signálu potvrzuje ženské pohlaví. Cílem práce je potvrdit užitečnost inserčních-delečních polymorfismů (INDEL) při určení ženského pohlaví plodu pomocí analýzy cffDNA metodou Digital Droplet PCR (ddPCR). V diplomové práci byly vybrány na základě studia databází X chromozomální polymorfismy typu INDEL s vhodnou frekvencí alel tak, aby toto vyšetření umožnilo určení přítomnosti paternálního X chromozomu v cffDNA a tak vedlo k potvrzení ženského pohlaví plodu pozitivním amplifikačním signálem a k rychlému určení velikosti fetální frakce cirkulující DNA. Molekulární genetické vyšetření těchto polymorfismů bylo zavedeno metodou ddPCR. Byla provedena populační studie ověřující využitelnost navržených polymorfismů s ohledem na účely neinvazivní prenatální diagnostiky. Pomocí ddPCR jsme prozkoumali X chromozomální polymorfismy typu INDEL: rs2307932, rs16397, rs16637, rs3048996, rs16680. Pro získání údajů o populaci jsme provedli testy z bukálních stěrů 50 nepříbuzných žen. Pro všechny...
|
|
|
Genetická determinace a dědičnost kraniofaciálních znaků na základě vybraných lokusů DNA
Králíková, Kristýna ; Daňková, Pavlína (vedoucí práce) ; Šimková, Halina (oponent)
Úvod: Genetická podmíněnost lidského obličeje je zřejmá při pohledu na členy rodin a pozoruhodná je podobnost monozygotních dvojčat, která jsou geneticky identická. Možnost spolehlivé predikce komplexní morfologie faciálních znaků na základě analýzy genomu a schopnost postihnout variabilitu morfologie lidského obličeje prostřednictvím variability genotypové je zatím silně omezená. Kompletní genetický podklad fyziologické variability kraniofaciláních znaků zůstává v podstatě neznámý. Tato diplomová práce vznikla jako pilotní studie společného projektu Laboratoře 3D zobrazovacích a analytických metod a Laboratoře molekulární antropologie Katedry antropologie a genetiky člověka. Materiál a metody: Soubor vzorků je tvořený 30 rodinami (29 rodin čtyřčlenných a 1 rodina pětičlenná), které splnily stanovené požadavky. Na základě dostupných informací bylo vybráno 9 jednonukleotidových polymorfismů; osm z nich je již spojováno s normální variabilitou obličeje, jeden byl vybrán na základě předpokladu funkce genu, ve kterém polymorfismus leží. Genotypizace probíhala dvěma metodami - pomocí restrikční endonukleázy metodou RFLP a metodou SNaPshot. Morfologická data byla poskytnuta Laboratoří 3D zobrazovacích a analytických metod. Závěr: Potvrdili jsme asociaci dvou polymorfismů s morfologií lidského obličeje....
|
host ::
RSS.