|
|
Softwarová klávesnice pro Android
Šilhan, Jan ; Šolony, Marek (oponent) ; Zachariáš, Michal (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vytvořením originální softwarové klávesnice určenou pro platformu Android. První část se zabývá současnými klávesnicemi na trhu a objasní v čem je moje klávesnice jedinečná. V další kapitole popisuji principy služeb a použité komponenty při tvorbě aplikace. Poté vysvětluji postup při implementaci a řešení konkrétních problémů. Nakonec vyvozuji použitelnost, rozšíření klávesnice mezi uživatele a případná vylepšení do budoucna.
|
|
|
Unified Software Database for RPM Based Systems
Šilhan, Jan ; Očenášek, Pavel (oponent) ; Zelený, Jan (vedoucí práce)
In GNU/Linux environment there are many ways of installing software. At this moment we have multiple tools for managing some specific parts of the system that overlap each other. Linux distributions have main package management system and the popular programming languages have also its own package manager. These all have to keep track of installed software. Thus every package manager maintains its own private database with redundant package metadata. The motivation of this thesis is to analyze storages and identify common use cases of package managers on Fedora distribution; design and implement one central Unified Software Database on the system where all information about packages could be stored.
|
|
|
Vliv vybraných sloučenin na NMPylaci nsp9 SARS-CoV-2 katalyzované NiRAN doménou nsp12 SARS-CoV-2
Fedák, Michal ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Vaněk, Ondřej (oponent)
Pandemie SARS-CoV-2 (z angl. Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2), která propukla koncem roku 2019 má na svědomí přes 770 milionů potvrzených infekcí a téměř 7 milionů úmrtí po celém světě. I když byla pandemie do značné míry díky vakcínám a omezujícím opatřením potlačena, výzkum a vývoj nových léčiv cílený proti tomuto viru stále přetrvává. Jedním z možných cílů SARS-Cov-2 je nestrukturní protein 9 (nsp9), který je nepostradatelný pro virovou replikaci. Jen nedávno bylo zjištěno, že tento protein může kovalentně vázat nukleosid monofosfát (NMPylace), nebo různě dlouhý řetězec RNA (RNAylace). Tyto reakce katalyzuje nidovirová s RNA-dependentní RNA polymerasou (RdRp) asociovaná nukleotidyltransferasová (NiRAN) doména nestrukturního proteinu 12 (nsp12). RNAylace nsp9 se ukázala být důležitým krokem při syntéze RNA čepičky. Funkce NMPylace zatím nebyla popsána, ale předpokládá se, že by tato modifikace nsp9 mohla hrát roli v primingu RNA syntézy. Několik studií se již zaobíralo otázkou inhibice NMPylace. V této diplomové práci byl připraven rekombinantní nsp9, který byl použitý v NMPylačních reakcích. Byl popsán negativní vliv DMSO na NMPylaci nsp9. Tři sloučeniny (saquinavir, darunavir a conivaptan) vybrané na základě výsledků in silico studií, neprojevili schopnost inhibovat NMPylaci...
|
|
|
Studium mechanismu opravy mezivláknových křížových vazeb indukovaných alkoholem pomocí nukleasy SLX4-XPF-ERCC1
Havlíková, Jana ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Lux, Vanda (oponent)
Alkohol se řadí mezi nejpoužívanější rekreační drogu na světě, přestože se považuje jako rizikový faktor více než 200 nemocí. Hlavní negativní dopad alkoholu spočívá v jeho metabolitu acetaldehydu, který jakožto vysoce reaktivní sloučenina, může mimo jiné s DNA tvořit mutagenní adukty a mezivláknové křížové vazby, neboli ICL (z angl. Interstrand crosslink). Tvorba ICL, jehož kovalentní charakter blokuje oddělení dvou vláken DNA během replikace, je jedna z důležitých příčin mutageneze a karcinogeneze. Pro udržení genomové stability se vyvinuly opravné mechanismy. Jedním z nich je dráha, která využívá proteiny kódované geny Fanconiho anémie (FA), jejichž defekty vedou ke stejnojmennému onemocnění. Defekty opravných drah mohou být zvláště nebezpečné u osob s nedostatečnou funkčností jiných metabolických drah, jež jsou v případě acetaldehydových ICL alkoholici a osoby s mutacemi v genech, v jejichž důsledku dochází k hromadění toxického acetaldehydu. Teoretická část této práce se zabývá metabolismem alkoholu, in vivo tvorbou acetaldehydu a jeho interakcemi s DNA. Blíže jsou charakterizována ICL a jejich opravné dráhy. Samostatná kapitola je věnovaná FA. Praktická část této práce se zabývá přípravou ICL indukovaného acetaldehydem (zkr. AA-ICL) ve specifické pozici DNA a studiem jeho opravy in vitro. Konkrétně je...
|
|
|
Klonování, exprese a charakterizace virových proteinů
Pekárek, Matěj ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Obšil, Tomáš (oponent)
Za posledních dvacet let se v lidské populaci objevily tři nové druhy koronavirů, které jsou původci nebezpečných infekcí respiračních cest. Momentálně neexistuje žádné schválené léčivo, které by dokázalo zmírnit průběh infekcí způsobených těmito viry. Jedním z možných cílů těchto léčiv jsou proteiny zodpovědné za replikaci virového genomu. Nsp13 je primárně helikasa rozplétající dvouřetězcové nukleové kyseliny ve směru 5'-3', ale také zvyšuje aktivitu replikačního a transkripčního komplexu, podílí se na syntéze 5' čepičky na virové RNA a pravděpodobně zprostředkovává posun replikačního a transkripčního komplexu do opačného směru transkripce (backtracking) během procesu opravy RNA. Navíc nsp13 je velmi konzervován napříč všemi koronaviry, a proto je možným cílem nejen pro léčbu COVID-19, ale i infekcím způsobeným potenciálními koronaviry v budoucnosti. V teoretické části této práce je stručně popsán životní cyklus SARS-CoV-2, funkce jednotlivých proteinů tohoto viru podílejících se na replikaci a transkripci RNA a jsou shrnuty dosavadní vědomosti ohledně funkce nsp13 a jeho potenciálních inhibitorů. V experimentální části byl připraven expresní vektor pro nsp13, který byl následně použit k transformaci bakterií a produkci rekombinantní nsp13. Nsp13 byl následně izolován a purifikován. Klíčová...
|
|
|
Studium molekulárních mechanismů funkce 14-3-3 proteinů
Šilhán, Jan ; Obšil, Tomáš (vedoucí práce) ; Krůšek, Jan (oponent) ; Schneider, Bohdan (oponent)
Závěr Hlavním cílem této doktorské práce bylo objasnění molekulárních mechanismů funkce 14-3-3 proteinů a vlivu na proteiny FOXO4 a tyrosinhydroxylasu. V první časti této práce (publikace I) byla potvrzena předložená hypotéza polohy Cterminálního konce molekuly 14-3-3. Bylo ukázáno, že v nepřítomnosti ligandu se Cterminální konec nachází ve vazebném místě a brání tak vstupu ligandů. Po vazbě fosforylovaných ligandů, dochází k velmi silné vazbě a vytěsnění C-terminálního konce 14-3- 3 proteinu z vazebného místa. Tyto výsledky jsou v souladu s původními pracemi, které navrhly důležitost tohoto segmentu jako inhibitoru nepatřičných ligandů. Druhá část této doktorské práce poskytuje rozsáhlý popis vlivu 14-3-3 proteinů na transkripční faktory FOXO4. S použitím stacionární a časově-rozlišené fluorescence byla studována interakce 14-3-3 proteinu s fosforylovaným transkripčním faktorem FOXO4. Navázání 14-3-3 proteinu způsobuje rozpad komplexu FOXO4:DNA. Tato část práce charakterizuje interakci 14-3-3 proteinu s DNA-vazebnou doménou FOXO4. Výsledky neprokázaly výrazné konformační změny v rámci DNA-vazebné domény. Spíše dochází ke sterickému bránění vazby DNA (publikace II). Ve třetí části se práce zabývá studiem interakcí 14-3-3 s fosforylovaným ligandem odvozeným od C-konce enzymu serotonin N-acetyltransferasa...
|
|
| |
|
| |
|
|
Strukturní studie mechanismů opravy poškozené DNA Nei glykosylasou
Landová, Barbora ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Lux, Vanda (oponent)
Abazické místo (Ap z angl. Apurinic/apyrimidinic) je jedno z nejrozšířenějších poškození DNA vznikající spontánní hydrolýzou nebo v průběhu DNA opravných procesů. Jedna z forem Ap je otevřený aldehyd s elektrofilní funkční skupinou schopnou vytvářet kovalentní spojení s nukleofilní skupinou komplementárního řetězce DNA. Kovalentní spojení protilehlých řetězců (ICL z angl. Interstrand cross-link) vycházející z Ap je poškození, kde je nepřirozená N-glykosidová vazba tvořena spontánně mezi otevřeným aldehydem a aminovou skupinou adeninu na komplementárním řetězci dvouřetězcové DNA. ICL blokuje replikaci a transkripci, což vede ke genomové nestabilitě, rakovině nebo smrti buňky. Proces vzniku ICL je relativně dlouhý, trvající několik hodin, kde vznik otevřeného aldehydu Ap je limitujícím krokem. Dosud byly popsány dva druhy Ap-ICL v závislosti na bázi, se kterou Ap tvoří kovalentní spojení, ale o sekvenční závislosti v okolí ICL víme jen málo. Cílem této práce je prozkoumat pravděpodobnost vzniku Ap-ICL v závislosti na lokální sekvenci a biochemická charakterizace mechanismů vedoucí k jeho opravě. Bylo ukázáno, že kovalentní spojení Ap-ICL je štěpeno endonukleasou 8-like III (NEIL3) v eukaryotech a jeho blízký ortholog v bakteriích je formamidopyrimidin-DNA glykosylasa (Fpg), DNA opravný enzym s...
|
|
|
Studium regulace a funkce DNA-opravných enzymů UBE2T a FANCL
Hušková, Andrea ; Šilhán, Jan (vedoucí práce) ; Martínková, Markéta (oponent)
DNA podléhá denně až 70 000 různým poškozením, tudíž existence opravných mechanismů a enzymů je více než nezbytná. Již známe základní mechanismy několika specifických opravných drah, z nichž opravná dráha Fanconiho anémie (FA) je jedna z nejméně prozkoumaných. FA je vzácná autosomálně recesivní porucha charakterizovaná selháním kostní dřeně, vývojovými defekty, genomickou nestabilitou a predispozicí k akutní myeloidní leukémii a vzniku nádorů. Primární diagnóza FA je přecitlivělost na činidla způsobující meziřetězcové kovalentní spojení DNA v důsledku deaktivace jednoho z 21 genů, tzv. genů FANC (z angl. FA complementation group), z opravné dráhy FA. Molekulárním defektem ve FA je narušená oprava meziřetězcových kovalentních spojení DNA. Tato spojení jsou vysoce cytotoxická a inhibují proces replikace a transkripce DNA. Rozhodujícím krokem v opravné dráze FA, který iniciuje opravu meziřetězcových spojení DNA, je monoubiquitinylace FANCD2. Ubiquitinylovaný FANCD2 je základem pro svolání dalších proteinů participujících v opravné dráze FA. Ubiquitin je aktivován pomocí ubiquitin- aktivujícího enzymu UBA1 a přenesen prostřednictvím ubiquitin-konjugujícího enzymu UBE2T na FANCD2 multipodjednotkovou E3-ligasou (nukleární komplex FA). Existuje až 11 různých proteinů, které tvoří nukleární komplex FA, z...
|
host ::
RSS.