|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
|
Improvement of retroviral vectors for efficient gene transfer
Šenigl, Filip
Souhrnvýsledků Retrovirovévektory, kteréjsou sďropnéefektivně přenášetgenetickou informaci do cilových buněk a integrovď se do jejich DNd jsou velice užitečrrépro mnoho experimentri ďe poúý stabitnípřenos geirůještěnemuslbý dostačující.V expresi přenesenýchgenůhrají významnou roli takéepigenetickémodifikace. Exprese mužebý přerrršenajiž v momantě integrace DNA vektoru nebo můžedochrázetkpostupnémuvypinaní kopii vektoru během ďouhodobých experimentů.Rebovirové vektory se mohou ve stabilitě exprcse výzrramně lišit ďe posfupnémutranskripčnímuumlčováni poďéhají všechny. Proto je zapotřebí mďifikovat retovirové vektory za účelemstabilizace jejich exprese v ciloých buňkóch. stabi|ní expreseje důIeátrizejmerravoblasti genovéterapie,kde je opakovrini bansdukce častonemožnénebove|mi komplikované. Retrovirovévektory odvozenéod ASLV jsou v savčíchbuňkách velmi účinně umlčovárry.Testova|ijsme moŽnoststabilizovatexpresi těchto vektorůinzerci vnitřního elementuCpG ostrovu (IE). cpc ostrovyjsou aliímésvou schopnostiudržovatpřilehlé promotorytranskripčněaktivní'Konstruova|ijsme vnitřní elementCpG' ostrovagenu pro adenosinfosforibosyltransferrázuo déIcel20bp' Tentoe|ementbyl vloŽenv sensei antisense orientacido tříruznýchm|stuvnitř LTR (nazačátekoblastiU3, mezi enhancerya pÍomotora na začátekoblasti U5)' Týo vektory...
|
|
|
The role of acetylation in the RNA recognition motif of SRSF5 protein
Icha, Jaroslav ; Staněk, David (vedoucí práce) ; Šenigl, Filip (oponent)
Acetylace je významná posttranslační modifikace, která byla nalezena u několika tisíc proteinů jak u eukaryot, tak u prokaryot. Globální proteomické studie odhalily, že acetylace reguluje mnoho procesů např. metabolizmus, genovou expresi, buněčný cyklus, stárnutí a mnohé další. V této práci jsem studoval roli acetylace sestřihového faktoru SRSF5 pomocí mutací v jeho acetylačním místě. Testoval jsem hypotézu, že acetylace ovlivňuje vazbu SRSF5 na RNA. V HeLa buňkách jsem exprimoval mutované proteiny SRSF5, jednak mutanta napodobujícího acetylovanou formu (Q) a také neacetylovatelného mutanta (R) a zjišťoval jsem jejich interakci s RNA pomocí RNA imunoprecipitace a také in vitro měřením fluorescenční anizotropie. Výsledky obou metod se shodly na tom, že oba mutanty interagují s RNA méně než přirozená forma proteinu a Q mutant se vázal na RNA slaběji než R mutant. Mutanty se naopak od přirozené formy SRSF5 nelišily v lokalizaci a dynamice v buňce. Rozdíly ve vazbě na RNA byly pravděpodobně překryty dalšími faktory, které ovlivňují chování SRSF5, nejspíše protein-proteinovými interakcemi. Mutantní SRSF5 také neměly dominantní efekt na sestřih alternativního EDB exonu fibronektinu. Získané výsledky poskytují nepřímý důkaz pro hypotézu, že acetylace má vliv na vazbu SRSF5 na RNA. Mutant napodobující acetylovanou...
|
|
|
Improvement of retroviral vectors for efficient gene transfer
Šenigl, Filip
Souhrnvýsledků Retrovirovévektory, kteréjsou sďropnéefektivně přenášetgenetickou informaci do cilových buněk a integrovď se do jejich DNd jsou velice užitečrrépro mnoho experimentri ďe poúý stabitnípřenos geirůještěnemuslbý dostačující.V expresi přenesenýchgenůhrají významnou roli takéepigenetickémodifikace. Exprese mužebý přerrršenajiž v momantě integrace DNA vektoru nebo můžedochrázetkpostupnémuvypinaní kopii vektoru během ďouhodobých experimentů.Rebovirové vektory se mohou ve stabilitě exprcse výzrramně lišit ďe posfupnémutranskripčnímuumlčováni poďéhají všechny. Proto je zapotřebí mďifikovat retovirové vektory za účelemstabilizace jejich exprese v ciloých buňkóch. stabi|ní expreseje důIeátrizejmerravoblasti genovéterapie,kde je opakovrini bansdukce častonemožnénebove|mi komplikované. Retrovirovévektory odvozenéod ASLV jsou v savčíchbuňkách velmi účinně umlčovárry.Testova|ijsme moŽnoststabilizovatexpresi těchto vektorůinzerci vnitřního elementuCpG ostrovu (IE). cpc ostrovyjsou aliímésvou schopnostiudržovatpřilehlé promotorytranskripčněaktivní'Konstruova|ijsme vnitřní elementCpG' ostrovagenu pro adenosinfosforibosyltransferrázuo déIcel20bp' Tentoe|ementbyl vloŽenv sensei antisense orientacido tříruznýchm|stuvnitř LTR (nazačátekoblastiU3, mezi enhancerya pÍomotora na začátekoblasti U5)' Týo vektory...
|
|
|
Improvement of retroviral vectors for efficient gene transfer
Šenigl, Filip ; Hejnar, Jiří (vedoucí práce) ; Šmahel, Michal (oponent) ; Ruml, Tomáš (oponent)
Souhrnvýsledků Retrovirovévektory, kteréjsou sďropnéefektivně přenášetgenetickou informaci do cilových buněk a integrovď se do jejich DNd jsou velice užitečrrépro mnoho experimentri ďe poúý stabitnípřenos geirůještěnemuslbý dostačující.V expresi přenesenýchgenůhrají významnou roli takéepigenetickémodifikace. Exprese mužebý přerrršenajiž v momantě integrace DNA vektoru nebo můžedochrázetkpostupnémuvypinaní kopii vektoru během ďouhodobých experimentů.Rebovirové vektory se mohou ve stabilitě exprcse výzrramně lišit ďe posfupnémutranskripčnímuumlčováni poďéhají všechny. Proto je zapotřebí mďifikovat retovirové vektory za účelemstabilizace jejich exprese v ciloých buňkóch. stabi|ní expreseje důIeátrizejmerravoblasti genovéterapie,kde je opakovrini bansdukce častonemožnénebove|mi komplikované. Retrovirovévektory odvozenéod ASLV jsou v savčíchbuňkách velmi účinně umlčovárry.Testova|ijsme moŽnoststabilizovatexpresi těchto vektorůinzerci vnitřního elementuCpG ostrovu (IE). cpc ostrovyjsou aliímésvou schopnostiudržovatpřilehlé promotorytranskripčněaktivní'Konstruova|ijsme vnitřní elementCpG' ostrovagenu pro adenosinfosforibosyltransferrázuo déIcel20bp' Tentoe|ementbyl vloŽenv sensei antisense orientacido tříruznýchm|stuvnitř LTR (nazačátekoblastiU3, mezi enhancerya pÍomotora na začátekoblasti U5)' Týo vektory...
|
host ::
RSS.