|
|
Theoretical Study of Non-covalent Interaction from small molecules to Biomolecules
Haldar, Susanta ; Hobza, Pavel (vedoucí práce) ; Havlas, Zdeněk (oponent) ; Jurečka, Petr (oponent)
xvi Abstrakt Cílem této práce je prozkoumat přesné stabilizační energie a volné vazebné energie pro různé nekovalentní komplexy počínaje malými organickými molekulami a konče biomolekulami. Nekovalentní interakce např. vodíkové vazby, π…π patrové interakce či halogenové vazby jsou zodpovědné za pochopení většiny biologických procesů, jako jsou interakce malých molekul s povrchem, protein-ligand interakce v buňkách atd. V práci byly vypočteny stabilizační energie pro různé nekovalentní komplexy, jako elektronové donor-akceptorové komplexy grafenu, páry bazí DNA interagující s povrchem oxidu křemičitého atd. Referenční stabilizační energie, kdekoli to bylo možné, byly výpočteny pomocí metody CCSD(T)/CBS. Vzhledem k velikosti studovaných komplexů byly v některých případech použity jako referenční metody místo CCSD(T)/CBS více aproximativni metody, např. škálované MP2 (MP2.5/CBS/6-31G*(0.25)). Mimo jiné byly stabilizační energie také počítané pomocí metod DFT a MM. Znalost nekovalentních interakcí je nevyhnutelná pro racionalizaci asociačních procesů v přírodě a vyžaduje přesný popis změn volné energie. Nejmodernější molekulově dynamické simulace s plně atomistickým popisem a "biased" metadynamické simulace byly použity pro výpočet volné vazebné energie. "well" temperované metadynamické simulace byly použity...
|
|
|
Ztroskotání při zámořských plavbách: jejich ztvárnění ve španělských a portugalských písemných památkách 16. století
Marešová, Jaroslava ; Vydrová, Hedvika (vedoucí práce) ; Housková, Anna (oponent) ; Binková, Simona (oponent)
Ztroskotání při zámořských plavbách: jejich ztvárnění ve španělských a portugalských písemných památkách 16. století PhDr. Jaroslava Marešová Abstrakt Práce se zaměřuje na studium španělských a portugalských vyprávění o ztroskotáních ze 16. století. Tato vyprávění líčící katastrofální ztroskotání na plavbách do Ameriky a Indie se řadí mezi díla, jež vznikala v 16. století v souvislosti se španělskou a portugalskou zámořskou expanzí. Jejich přínos bývá spatřován v tom, že představují určitý protipól k dílům oslavujícím objevování a dobývání nových území. Portugalská vyprávění o ztroskotáních vytvořila silnou tradici a ve své době se těšila velké popularitě u čtenářů. Vyprávění o ztroskotáních představují jedno z velkých témat portugalské literatury 16. a 17. století a portugalská literární kritika jim věnuje velkou pozornost. V této práci je podrobně analyzováno šest vyprávění o ztroskotáních, z nichž pět jich bylo sepsáno samotnými přeživšími. Španělsky psaných vyprávění o ztroskotáních je mnohem méně, nejznámější je dílo Álvara Núñeze Cabezy de Vaca. Dopis Maestra Juana o ztroskotání na mělčinách Serrana, druhé španělsky psané vyprávění, které je v této práci analyzováno, je mnohem méně známé. Přestože španělská a portugalská vyprávění vykazují mnoho společných znaků, bývají jen velmi zřídka porovnávána a...
|
|
|
Písemný projev z cizích jazyků a jeho způsob hodnocení v kontextu evropské jazykové vzdělávací politiky. Reliabilita hodnocení otevřených úloh na příkladu písemného projevu z německého jazyka ověřovaného maturitní zkouškou
Novotná Knotková, Soňa ; Starý, Karel (vedoucí práce) ; Škaloudová, Alena (oponent) ; Nálepová, Jana (oponent)
Disertační práce se zabývá hodnocením otevřených úloh ve formě písemné práce, která je ověřována státní maturitní zkouškou. Je zde popsán vliv evropské jazykové vzdělávací politiky na kurikulární dokumenty České republiky a koncepci maturitní zkoušky z cizích jazyků, specifikován písemný projev ověřovaný maturitní zkouškou, srovnán analytický a holistický způsob hodnocení a představena analytická kritéria a její hodnoticí škály používané v maturitní zkoušce. Cílem výzkumného šetření je popsat a analyzovat odbornou přípravu hodnotitelů písemného projevu z německého jazyka, která proběhla v letech 2009-2011, a zhodnotit tuto přípravu na základě zkoumání míry shody mezi hodnotiteli, mezi hodnotiteli a expertním týmem a přísnosti jejich hodnocení. Je zde tedy zkoumáno, zda nastavené postupy a principy pro hodnocení písemného projevu, tj. analytická kritéria, hodnotitelé a jejich práce s kritérii, jsou objektivní, spolehlivé a přesné. Dále je zkoumán vliv úrovně obtížnosti, věku učitelů a typu školy, na které vyučují, na jejich hodnocení. Výzkumným šetřením se prokázalo, že míra shody mezi hodnotiteli se s nácvikem zvyšuje a určitá míra reliability hodnocení je zajištěna. Věk hodnotitelů a typ školy pravděpodobně nemá zásadní vliv na jejich hodnocení. I když odborná příprava hodnotitelů nebyla v...
|
|
|
Vliv kvality artikulačních UHMWPE vložek na životnost kloubních náhrad
Fulín, Petr ; Pokorný, David (vedoucí práce) ; Koudela, Karel (oponent) ; Gallo, Jiří (oponent)
Tato práce se v první části zaměřuje na seznámení s problematikou vysokomolekulárního polyetylénu (UHMWPE) v ortopedii. Pojednává o historii, vlastnostech i procesech, které vedou k selhání UHMWPE komponenty kloubní náhrady. Experimentální část ověřuje platnost vyslovených hypotéz. Seznamuje čtenáře s experimentálním ověřením vlivu jednotlivých druhů sterilizace na oxidační stabilitu laboratorně připravených vzorků UHMWPE i explantovaných komponent kloubních náhrad pomocí metod mikroskopie pomocí infračerveného záření, elektronové spinové rezonance, mechanických zkoušek a zkoušek mikrotvrdosti. Další experimentální měření na rozsáhlém souboru explantovaných komponent náhrad kyčelního a kolenního kloubu ověřuje platnost hypotézy, že velikost oxidačního poškození má vliv na životnost kloubních náhrad. Třetí část experimentální studie mapuje míru oxidačního poškození jednotlivých lokalit kloubní náhrady kyčelního a kolenního kloubu. V závěrečné fázi experimentálně prokazujeme fakt, že míra oxidačního poškození má vliv na nadmolekulární strukturu UHMWPE. Z výše zmíněných experimentů jsou v závěru jasně definované doporučení pro klinickou praxi, které by měly vést k prodloužení životnosti kloubních náhrad v ortopedii. Klíčová slova UHMWPE; oxidace; životnost; infračervená spektroskopie; kloubní náhrada
|
|
|
Příprava biologicky aktivních látek s chinazolinovým skeletem
Štěpánek, Ondřej ; Kotora, Martin (vedoucí práce) ; Hájíček, Josef (oponent) ; Moravcová, Jitka (oponent)
Předkládaná dizertační práce byla vypracována v rámci výzkumu inhibitorů skládání kapsidy viru HIV-1. Bylo prokázáno, že 2,4-disubstituované deriváty chinazolinu tento proces dokážou inhibovat jak v rámci kompetitvního biochemického testu založeného na technologii AlphaScreen, tak i v tkáňových kulturách. Hlavním cílem práce byla příprava výše zmiňovaných chinazolinů, na základě hodnot IC50 získaných při biochemických testech následně navrhnout a připravit nové kandidáty s vyšší aktivitou, a také se pokusit zvýšit rozpustnost těchto jinak nedostatečně rozpustných sloučenin. Takovéto disubstituované chinazoliny jsou poměrně dobře přístupné z komerčně dostupných derivátů kyseliny anthranilové, které jsou pomocí kondenzačních reakcí převedeny na příslušný chinazolin-4(3H)-on. V rámci této práce byly využívány dvě metody pro přípravu chinazolin-4(3H)-onů: reakce anthranilamidů s aromatickými acylchloridy poskytovaly 2-arylamidobenzamidy, jejichž následná cyklizace v bazickém prostředí vedla k derivátům 2-arylchinazolin-4(3H)-onu; reakce esterů kyseliny anthranilové s aromatickými nitrily, kterouž bylo možné požadovaný chinazolin-4(3H)-on získat v jednom reakčním kroku. Chlorace 2-arylchinazolin-4(3H)-onů pomocí POCl3 poté vedla k derivátům 2-aryl-4-chlorchinazolinu jakožto klíčovým intermediátům....
|
|
|
Vliv vybraných látek ovlivňujících centrální nervový systém na kostní metabolismus
Fekete, Soňa ; Živný, Pavel (vedoucí práce) ; Horák, Pavel (oponent) ; Nobilis, Milan (oponent)
Zvýšení průměrné délky života světové populace je spojeno se zdravotními problémy. Jedním z těchto problémů, který se často vyskytuje obzvláště u starších lidí je snížení kvantity a kvality kostní hmoty nebo-li osteoporóza. Je to systémové skeletální onemocnění způsobené úbytkem kostní hmoty a u žen i mužů představuje významný zdravotní problém. Je charakterizována nízkou kostní hmotou, poškozením mikroarchitrektury kostní tkáně a zvýšením křehkosti kostí s náchylností ke zlomeninám. Osteoporotické fraktury významně zvyšují morbiditu a mortalitu pacientů. Mezi rizikové faktory, které mohou mít vliv na vznik osteoporózy patří dlouhodobé užívání léků, jako jsou např. antiepileptika a antidepresiva. Cílem této práce bylo zhodnotit účinek orchidektomie a vliv novějších antiepileptik (levetiracetam, lacosamid, topiramat, lamotriginu) a antidepresiv (mirtazapin, venlafaxinu a trazodonem) na kostní metabolismus u zdravých samců potkanů kmene wistar. Prvním cílem bylo zjistit vliv orchidektomie na metabolismus kostí u potkanů. Zjistili jsme, že orchidektomie měla negativní vliv na kostní metabolismus u potkanů. Tyto výsledky potvrzují, že tato zvířata jako vhodné modely pro zkoumání androgenní modulace složení těla. Druhým cílem bylo zjistit vliv vybraných antiepileptik (levetiracetamu, lacosamid,...
|
|
|
C-H activations of deazapurine heterocycles
Klečka, Martin ; Hocek, Michal (vedoucí práce) ; Hlaváč, Jan (oponent) ; Rádl, Stanislav (oponent)
Nejprve byla vyvinuta přímá C-H borylace 7-deazapurinů (7H-pyrrolo[2,3- d]pyrimidin) v poloze 8 za použití B2pin2 a Ir katalýzy. Takto získané boronáty byly efektivně využity v Suzukiho cross-coupling reakci s arylhalogenidy a jiné další transformace vedly ke vzniku různě 6-substituovaným 8-aryl-7-deazapurinům. Následným cílem práce byla syntéza potencionálně biologicky aktivních 8-aryl-7-deazaadeninů a -7-deazahypoxantinů. Vzhledem k tomu, že přímá C-H borylace 7-deazaadeninů nebyla úspěšná a "one-pot" borylace/Suzukiho reakce 6-chlor-7-deazapurinu poskytovala pouze nízký výtěžek (20%) tíženého 8-arylovaného derivátu, zaměřil jsem se na borylaci/arylaci SEM-chráněného 6- methylsulfanyl nebo 6-methoxy-7-deazapurinu. Borylace/Suzukiho reakce byla následována buď demethylací a deprotekcí za vzniku deazahypoxantinové báze, nebo oxidací sulfidu na sulfon, aminací a odstranění chránící skupiny za vzniku deazaadeninů. Kromě toho byly boronáty úspěšně převedeny na 8-halogen- nebo 8-trifluormethyl-7-deazapurinové deriváty. Zatímco 7-deazahypoxantinové analogy byly téměř úplně neaktivní, většina z 8- subtituovaných 6-methoxy-7-deazapurinů a 7- deazaadeninů měla cytostatický účinek v mikromolární koncentraci. Dále byla vyvinuta mědí katalyzovaná C-H sulfenylace purinů, 7-deaza- a 9- deazapurinů...
|
|
|
Structural and Functional Interactions of Mitochondrial ADP-Phosphorylating Apparatus
Nůsková, Hana ; Houštěk, Josef (vedoucí práce) ; Kolarov, Jordan (oponent) ; Kuda, Ondřej (oponent) ; Panicucci Zíková, Alena (oponent)
Komplexy oxidativní fosforylace (OXPHOS) se ve vnitřní mitochondriální membráně sdružují ve vyšší strukturní a funkční celky, tzv. superkomplexy. Jejich význam spočívá v cíleném směrování substrátu z jednoho komplexu na druhý. V případě ATP syntázy byly popsány její dimery i vyšší oligomery a také ATP syntazom, v rámci nějž dochází k seskupení ATP syntázy s přenašečem adeninových nukleotidů (ANT), zajišťujícím výměnu syntetizovaného ATP za cytosolické ADP, a fosfátovým přenašečem (PiC), umožňujícím import fosfátu do matrix mitochondrie. I když je existence tohoto superkomplexu obecně přijímána, experimentální důkazy nejsou dostatečné. V rámci této práce byly detailně zkoumány strukturní interakce ATP syntázy, ANT a PiC. Jejich vzájemné vztahy byly sledovány nejprve na úrovni exprese jednotlivých komponent ATP syntazomu, ať již za fyziologických podmínek v různých tkáních potkana, nebo na modelu deficiencí ATP syntázy v buňkách pacientů s různými genetickými defekty ATP syntázy. Konkrétně se jednalo o mutace v jaderných genech ATP5E a TMEM70, které kódují podjednotku ε, respektive pomocný faktor v biogenezi ATP syntázy TMEM70, a o mikrodeleci na rozhraní genů MT-ATP6 a MT-COX3, která negativně ovlivňuje mitochondriální translaci podjednotek a ATP syntázy a Cox3 cytochrom c oxidázy. Funkční a...
|
|
|
Pastorace či persváze? Vliv představitelů církve na duchovní pastýře a věřící. (Výzkum zbožnosti věřících, komunikačních strategií a obrazů duchovních v korespondenci na přelomu 19. a 20. století)
Pavlíček, Tomáš ; Velek, Luboš (vedoucí práce) ; Fasora, Lukáš (oponent) ; Hanuš, Jiří (oponent)
Pastorace či persvaze? Vliv představitelů církve na duchovní pastýře a věřící (Výzkum zbožnosti věřících, komunikačních strategií a obrazů duchovních v korespondenci na přelomu 19. a 20. století) Tomáš W. Pavlíček ABSTRAKT Autor disertační práce zkoumá náboženskou kulturu v Čechách v 2. polovině 19. století. V polemice s konceptem sekularizace i s rozšířenou představou o výjimečném poklesu náboženskosti české společnosti se snaží objasnit, jak spolu sociální a náboženské změny v moderní době souvisejí. V rámci sociologického pojetí sekularizace a odkouzlení světa se soustředí na tři jevy (povolání duchovního, náboženské praktiky a konverze), s nimiž pracuje jako s náboženskými pojmy a zároveň je aplikuje v historickovědném výzkumu. Největší prostor je věnován prvnímu předmětu bádání - postoji duchovního ke svému povolání, protože právě klérus je nositelem náboženské změny. Práce může přispět k současným diskusím o vztahu státu a církve a roli duchovních ve společnosti. Hlavní otázky jsou tyto: Jaká je role duchovního v proměnách náboženskosti? Jakým způsobem či za jakých okolností dochází aktér k povolání stát se duchovním? Jak probíhala duchovní formace v pražském kněžském semináři? Hlavním aktérem předkládané disertační práce je světský klérus v pražské arcidiecézi, přičemž pozornost výzkumu je zaměřena...
|
|
|
Visceral leishmaniasis in Ethiopia: transmission and variability
Gelaglie, Aysheshm Kassahun ; Votýpka, Jan (vedoucí práce) ; Gradoni, Luigi (oponent) ; ÖZBEL, Yusuf (oponent)
Leishmanióza, opomíjené infekční onemocnění působené parazitickými prvoky rodu Leishmania, postihuje miliony lidí po celém světě. Onemocnění má různé klinické projevy, z nichž nejčastější dva jsou viscerální (VL) a kožní (CL) forma leishmaniózy, a obě tyto formy jsou v Etiopii endemické. Leishmania donovani je výhradním původcem lidské VL v Etiopii a pokud se neléčí, je považována za smrtelnou. V Africe jsou nejhůře postižené regiony v Súdánu a Etiopii, kde je VL považována za endemické a zároveň nově se objevující onemocnění na severu, severozápadě, jihu a jihozápadě země, rovněž tak jsou známy sporadické případy ve východní Etiopii. Epidemiologii onemocnění je více či méně spojené se sezónní migrací dělníků do endemických oblastí a rovněž s výskytem HIV/AIDS. Přenos kožní leishmaniózy je v Etiopii svázán se zoonotickým cyklem, zatímco přenos VL není dosud zcela objasněn a je v celé východoafrické oblasti spíše chápán v tradičním pojetí jako antroponóza. Cílem předložené disertační práce bylo zjistit jaký je cyklus přenosu viscerální leishmaniózy v Etiopii, druhým cílem pak bylo sledovat variabilitu parazitů a jejich přenašečů. Abychom mohli stanovit dynamiku a způsob přenosu leishmanií, byly prováděny studie zaměřené na lidské i zvířecí hostitele. Kohortová studie zaměřená na místní komunitu lidí...
|
host ::
RSS.