Original title:
Studium mechanizmů RNAi v tabákové buněčné linii BY-2 a rostlinách lilku bramboru
Translated title:
Study of RNAi mechanisms in tobacco BY-2 cell line and potato plants
Authors:
Tyč, Dimitrij ; Fischer, Lukáš (advisor) ; Kovařík, Aleš (referee) ; Moravec, Tomáš (referee) Document type: Doctoral theses
Year:
2020
Language:
eng Abstract:
[eng][cze] Knowledge of the processes of RNA interference, the regulation of gene expression by small RNAs (sRNAs), has grown at an unprecedented rate over the last 30 years. Some of the findings were literally revolutionary, as they revealed events that overturned many long-held notions. Many phenomena have been shown to be highly conserved and common to organisms of different species, but others are specific to certain lineages or have not yet been fully explored. There is also a lack of knowledge about the interconnection of numerous pathways - for example between silencing at the transcriptional (TGS, leading to the promoter methylation) and post-transcriptional levels (PTGS, affecting mRNA stability or translation). The present work summarizes the findings of two published and two unpublished works and attempts to describe some of the less known sites of RNA interference using various plant model organisms. Research on Solanum tuberosum transgenic lines has revealed the ability of 5-azacytidine to restore the expression of transcriptionally silenced transgenes at the whole plant level. De novo regeneration from leaves of such plants can lead to re-silencing of reactivated transgenes and thus serves as a selection method to exclude lines prone to spontaneous silencing. The nature of changes in the...Znalosti o procesech RNA interference, tedy regulace genové exprese prostřednictvím malých RNA (sRNA), se za posledních 30 let nebývale rozrostly. Některá zjištění byla doslova revoluční, neboť odhalila děje, které převrátily mnohé dosud zažité představy. Řada jevů se ukázala být značně konzervovaná a společná různým druhům organismů, jiné jsou však specifické pro určité vývojové větve či dosud ne zcela prozkoumané. Chybí také znalost o propojení četných drah - kupříkladu mezi umlčováním na transkripční (TGS, vedoucí k metylaci promotoru) a posttranskripční úrovni (PTGS, ovlivňující stabilitu mRNA či translaci). Předkládaná práce shrnuje poznatky dvou publikovaných a dvou dosud nepublikovaných prací a pokouší se prostřednictvím různých rostlinných modelových organismů popsat některá z méně známých míst RNA interference. Výzkum na transgenních liniích Solanum tuberosum odhalil možnost obnovit pomocí 5- azacytidinu expresi transkripčně umlčených transgenů na úrovni celých rostlin. Regenerace de novo z listů takovýchto rostlin může vést k opětovnému umlčení reaktivovaných transgenů a sloužit tak jako selekční metoda pro vyřazení linií náchylných k samovolnému umlčení. Charakter změn v expresi dvou sledovaných reportérových genů naznačoval spřažení PTGS a TGS, ale také, možnost postupného šíření...
Keywords:
5-azacytidine; gene silencing; PTGS; RNA interference; sRNAs; TGS; transmembrane sRNAs transport; 5-azacytidin; PTGS; RNA interference; sRNA; TGS; transmembránový transport sRNA; umlčování genů
Institution: Charles University Faculties (theses)
(web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository. Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/120276