Original title: Predikce vlivu mutace na rozpustnost proteinů
Translated title: Prediction of the Effect of Mutation on Protein Solubility
Authors: Marko, Július ; Smatana, Stanislav (referee) ; Hon, Jiří (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2020
Language: slo
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [slo] [eng]
Rozpustnosť proteínov je kľúčový problém, ktorý úzko súvisí s požiadavkou na výrobu funkčného proteínu. Prediktor vplyvu mutácie na rozpustnosť proteínov by mohol viesť k značnému šetreniu času a financií, pretože je schopný in silico predikcie mutácií, ktoré zlepšujú rozpustnosť ešte pred zahájením hlbokého mutačného testovania v laboratóriu. V tejto práci je prezentovaný nový prediktor vplyvu mutácie na rozpustnosť proteínov SoluProtMut, založený na metódach strojového učenia. Väčšina existujúcich nástrojov predikujú tento vplyv zo sekvencie aminokyselín. Okrem tejto sekvencie, prediktor prezentovaný v tejto práci využíva aj priestorovú štruktúru proteínu, čím sa môže výrazne zvýšiť jeho presnosť. Protein solubility is a key problem in production of functional proteins. Prediction of the effect of mutation on protein solubility could save a lot of time and money, as it would provide in silico prediction of solubility enhancing mutations before performing deep mutational scanning in laboratory. In this work, new predictor of the effect of mutation on protein solubility SoluProtMut is introduced that is based on machine learning methods. Most of the existing predictors predict the effect from the amino acid sequence. In addition to the sequence, the tool presented in this work also uses the spatial structure of the protein, which can significantly increase it's accuracy.
Keywords: machine learning; mutation; prediction; protein; solubility; SoluProtMut

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/191568

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-416360


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses