Original title: Automatické vyhlazení 3D modelů kraniální embryonální myší chrupavky
Translated title: Automatic smoothing 3D models of cranial embryonic mouse cartilage
Authors: Kočendová, Kateřina ; Harabiš, Vratislav (referee) ; Jakubíček, Roman (advisor)
Document type: Master’s theses
Year: 2020
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta elektrotechniky a komunikačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Práce je zaměřena na vyhlazování 3D modelů ručně segmentované kraniofaciální chrupavčité tkáně myších embryí. Při procesu ruční segmentace dochází ve výsledných modelech ke tvorbě artefaktů a nepřesností, které je potřeba korigovat. Nejprve je segmentace upravena pomocí gradientu a prahování. Následné vyhlazovací metody jsou sestrojeny na základě teoretické rešerše. Algoritmizace je provedena v prostředí MATLAB. Veškeré algoritmy jsou navrženy a otestovány na vybraných modelech. Statistické vyhodnocení je stanoveno pomocí Dice koeficientu, kde je jako zlatý standard používán ručně vyhlazený model, na kterém byly zredukovány veškeré artefakty. The focus of this thesis is the smoothing of manually segmented 3D models of mouse embryo craniofacial cartilege. During the process of manual segmentation, artefacts and other imperfections appear in the final models and need to be repaired. Firstly, manual segmentation is corrected using gradients and thresholding. Subsequent smoothing methods are constructed based on theoretical research. Algorithmizing is executed in the MATLAB environment. All the designed algorithms are then tested on selected models. Statistical evaluation is determined using the Srensen–Dice coefficient, where manually smoothened models cleared of all artefacts are used as the gold standard.
Keywords: 3D model; binary; cartilage; embryo; mask; mice; segmentation; smoothing; tomography; 3D model; binární; chrupavka; embryo; maska; myš; segmentace; tomografie; vyhlazení

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/189243

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-413111


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Master’s theses