Název: Predikce terciární struktury RNA s využitím více vzorů
Překlad názvu: RNA tertiary structure prediction using multiple templates
Autoři: Galvánek, Rastislav ; Hoksza, David (vedoucí práce) ; Jelínek, Jan (oponent)
Typ dokumentu: Diplomové práce
Rok: 2019
Jazyk: slo
Abstrakt: [eng] [cze]
In this thesis we will further develop the algorithm of homologous prediction of tertiary RNA structure. The algorithm was originally created and implemented in my bachelor thesis. We will focus on further automatization of algorithm implementation and we are going to make it easier to use. The user will be able to predict tertiary structure of RNA based only on target structure sequence. The algorithm will be also extended to use multiple template structures for prediction and it will be able to firstly predict the secondary structure of the target molecule. Both of these modifications should lead to more precise prediction by restricting the search space and reducing the size of unconserved regions of the predicted structure. V tejto práci ďalej rozvíjame algoritmus homológnej predikcie terciárnej štruktúry RNA, ktorý bol navrhnutý a naimplementovaný v rámci mojej bakalárskej práce.Venujeme sa väčšej automatizácii implementácie algoritmu a jeho jednoduchšiemu použitiu tak, aby bol schopný predikovať RNA štruktúru molekuly bez manuálnych zásahov, len na základe sekvencie cieľovej štruktúry. Algoritmus ďalej rozširujeme o homológnu predikciu sekundárnej štruktúry a možnosť použitia viacerých template štruktúr, čo by malo viesť k zmenšeniu prehľadávaného priestoru pri predikcii nekonzervovaných úsekov predikovanej štruktúry, a tým zvýšiť celkovú presnosť predikcie.
Klíčová slova: predikcia RNA template komparatívne modelovnie; prediction RNA template comparative modeling

Instituce: Fakulty UK (VŠKP) (web)
Informace o dostupnosti dokumentu: Dostupné v digitálním repozitáři UK.
Původní záznam: http://hdl.handle.net/20.500.11956/110217

Trvalý odkaz NUŠL: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-405992


Záznam je zařazen do těchto sbírek:
Školství > Veřejné vysoké školy > Univerzita Karlova > Fakulty UK (VŠKP)
Vysokoškolské kvalifikační práce > Diplomové práce