Original title: Využití strojového učení pro predikci vlivu mutací na stabilitu proteinů
Translated title: Machine Learning as a Tool for the Prediction of the Effect of Mutations on Protein Stability
Authors: Dúbrava, Juraj Ondrej ; Martínek, Tomáš (referee) ; Musil, Miloš (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2018
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Táto práca sa zaoberá predikciou vplyvu aminokyselinových mutácií na stabilitu proteínu. Cieľom bolo vytvorenie nástroja klasifikujúceho výsledný charakter mutácie s využitím kombinácie viacerých metód strojového učenia. Implementovaný prístup kombinujúci metódy SVM a Random Forest dosiahol lepšie výsledky ako použitie metód samostatne. Nástroj bol porovnaný s dostupnými nástrojmi na nezávislom datasete na ktorom dosiahol úspešnosť predikcie 67 % a koreláciu 0,3. The main focus of this thesis is the prediction of the effect of amino acid substitutions on protein stability. My goal was to develop a predictive tool for the classification of the effect of mutations by combining several machine learning techniques. The implemented predictor, which utilizes SVM and Random forest methods, has achieved higher accuracy than any of the integrated methods. The novel predictive tool was compared with the existing ones using independent testing dataset. The predictor has yield 67 % accuracy and MCC 0,3.
Keywords: amino acid substitutions; ensemble systems; machine learning; mutations; protein stability; random forest; support vector machines; aminokyselinové substitúcie; ensemble systémy; mutácie; náhodný les; proteínova stabilita; strojové učenie

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/85084

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-386101


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses