Original title: Role 5' koncových struktur u eukaryotických mRNA
Translated title: Importance of 5'-end structures of eukaryotic mRNA molecules
Authors: Vopálenský, Václav ; Pospíšek, Martin (advisor) ; Lukeš, Julius (referee) ; Staněk, David (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2007
Language: cze
Abstract: 73 V. SHRNUTÍ VÝSLEDKŮ IRESITE: THE DATABASE OF EXPERIMENTALLY VERIFIED IRES STRUCTURES (WWW.IRESITE.ORG)  IRESite je kurátorovaná relační databáze typu MySQL-4.1 využívající InnoDB tabulky.  Do databáze je možné vložit položky dvojího typu: o natural položky obsahují veškerá experimentální data týkající se určité IRES struktury (kompletní sekvence mRNA s vymezením pozic IRES sekvence a kódovaného proteinu, veškeré proteiny interagující s IRES, případná sekundární struktura) o engineered položky popisují uměle vytvořené plazmidy. Většinou se jedná o bicistronní plazmidy sloužící k testování funkčnosti sekvence, o níž se předpokládá, že obsahuje IRES element, a případné mutantní deriváty této sekvence. Do IRESite se v tomto případě vkládají údaje o sekvenci mRNA s vymezením IRES oblasti, informace o reportérových proteinech, informace o translačních experimentech včetně použitého promotoru a informace o pozitivních a negativních kontrolách.  V databázi je nyní uloženo 288 položek; 67 natural (20 virových a 47 buněčných) a 221 engineered.  IRESite slouží nejen k ukládání experimentálních dat, ale umožňuje také jejich prohledávání podle klíčových slov, případně následné porovnávání vybraných experimentů. A BIOINFORMATICAL APPROACH TO THE ANALYSIS OF VIRAL AND CELLULAR INTERNAL RIBOSOME ENTRY  Publikace...

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/95936

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-374896


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses