Original title: Korelace genotyp-fenotyp u vybraných vzácných onemocnění s využitím molekulární analýzy genomových a genových variant
Translated title: Genotype-phenotype correlation in selected rare disorders using molecular analysis of genome and gene variants
Authors: Vlčková, Markéta ; Sedláček, Zdeněk (advisor) ; Gaillyová, Renata (referee) ; Baxová, Alice (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2016
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Práce byla zaměřena na podrobnou analýzu pacientů se vzácnými genomovými a genovými variantami. Studován byl vliv těchto variant na fenotyp pacientů. Vzhledem k tomu, že většina našich pacientů, ať už syndromických nebo nesyndromických, byla k podrobnějšímu vyšetření indikována z důvodu mentální retardace a/nebo poruchy autistického spektra, byla práce zaměřena na tyto dvě klinické jednotky. Nejprve byli k analýze vybráni pacienti s mikroskopicky detekovanými chromozomálními aberacemi, jejichž rozsah, genový obsah a mechanismus vzniku byly upřesněny pomocí molekulárně genetických metod, nejčastěji array CGH s vysokým rozlišením. Později byli analyzováni pacienti se vzácnými nebo jedinečnými submikroskopickými aberacemi, zjištěnými právě pomocí aCGH nebo SNP array. S využitím těchto metod jsme v průběhu práce analyzovali pacienty s delecemi Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15-p16.1, a pacientku s duplikací Xp21.2-p21.3. V posledních letech jsme přistoupili k analýze syndromických pacientů metodami sekvenování nové generace. Tak byly odhaleny varianty v genech HCFC1, KAT6B, SOS2 a KMT2D, které byly dále studovány. Práce přispěla k poznatkům o vlivu nalezených genomových a genových variant na fenotyp pacientů, o mechanismech vzniku genomových... The work was focused on detailed analysis of patients with rare genomic and gene variants. We studied the impact of these variants on the phenotype of the patients. As the majority of our patients, both syndromic and non-syndromic, were reffered to the detailed analysis due to intellectual disability and/or autism spectrum disorder, the work was focused on these two clinical diagnoses. At the beginning we analyzed patients with aberrations detected using cytogenetic analysis, and the extent, gene content and mechanism of origin of the aberrations were refined using molecular genetic methods, most often high-resolution array CGH. Later we analyzed patients with rare or unique submicroscopic aberrations detected using aCGH or SNP array. Using these methodes we analysed in the project patients with deletions of Xp22.1-p22.3, 6q11-q13, 6q14-q16, Xq25, 1q21.1, Xp21.2-p21.3, 2p14-p15, 17q21.31, 9q21.3 a 2p15- p16.1, and a patient with an Xp21.2-p21.3 duplication. In the last years we proceeded to the analysis of syndromic cases using next generation sequencing. This led to the identification of point mutations in the HCFC1, KAT6B, SOS2 and KMT2D genes, which were further studied. The work contributed to the knowledge about the impact of the genome and gene variants identified on the phenotype of the...

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/1228

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-353441


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses