Original title: Objasnění druhových hranic v sekci Restricti rodu Aspergillus na základě multigenové fylogeneze a analýzy fenotypu
Translated title: Species limits within Aspergillus section Restricti inferred from multiple gene phylogenies and phenotype analysis
Authors: Sklenář, František ; Hubka, Vít (advisor) ; Janko, Karel (referee)
Document type: Master’s theses
Year: 2016
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Sekce Restricti je jednou z posledních sekcí rodu Aspergillus, která dosud nebyla revidována v moderní taxonomické éře. Jedná se o osmofilní druhy s jednoduchou morfologií, jejichž hlavní význam spočívá ve znehodnocování potravin, krmiva a osiva, navíc některé druhy negativně ovlivňují vnitřní ovzduší budov. Při poslední taxonomické revizi z roku 2008 založené pouze na molekulárně genetických datech zahrnovala sekce sedm druhů. V této práci bylo studováno celkem 126 izolátů této sekce, pocházejících ze čtyř kontinentů, včetně ex- typových kmenů. Revize sekce byla provedena přístupem kombinujícím molekulárně fylogenetické analýzy s tradičními taxonomickými metodami. Pro rekonstrukci fylogeneze byly využity moderní metody vymezení druhů založené na modelu mnohodruhové koalescence (multispecies coalescent model). Z tradičních metod byla zahrnuta analýza morfologie (makro- a mikromorfologie, včetně skenovací elektronové mikroskopie) a fyziologie (růst v osmotickém gradientu při několika kultivačních teplotách). Kromě sedmi popsaných druhů bylo analýzou odhaleno osm nových, dosud nepopsaných druhů. Nejvíce nových druhů bylo nalezeno v rámci komplexu Aspergillus penicillioides. Klíčová slova: Aspergillus restrictus, osmofilní houby, delimitace druhů, model mnohodruhové koalescence, multigenová... Section Restricti is one of the last sections of the genus Aspergillus that hasn't been revised in the modern taxonomic era. All species are osmophilic, have simple morphology and they are mainly important because of the food, feed and seed spoilage, some of them also have negative influence to the indoor air. The section consists of seven species according to the last taxonomic revision from 2008 based only on molecular data. It currently consists of six asexual and one homothalic species. 126 isolates from the section coming from four continents were studied in this thesis, including ex-type strains. Revision of the section was carried out combining molecular phylogenetic analysis and conventional taxonomic methods. Modern methods of species delimitation based on multispecies coalescent model were used for the phylogenetic reconstruction. From the conventional methods analysis of morphology (macro- and micromorphology including scanning electron microscopy) and physiology (ability of growing in osmotic gradient and several different temperatures) was performed. Apart from the seven known species, eight new undescribed species were discovered. Majority of the new species belongs to the Aspergillus penicillioides species complex. Key words: Aspergillus restrictus, osmophilic fungi, species...
Keywords: Aspergillus restrictus; multigene phylogeny; multispecies coalescent model; osmophilic fungi; osmotic gradient; species delimitation; Aspergillus restrictus; delimitace druhů; model mnohodruhové koalescence; multigenová fylogeneze; osmofilní houby; osmotický gradient

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/74543

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-343875


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Master’s theses