Original title: Syntéza vybraných funkcionalizovaných nukleosidů a nukleosid trifosfátů a jejich inkorporace do DNA
Translated title: Synthesis of functionalized nucleosides and nucleotides and their incorporation into DNA
Authors: Balintová, Jana ; Hocek, Michal (advisor) ; Stiborová, Marie (referee) ; Bartošík, Martin (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2015
Language: eng
Abstract: [eng] [cze]
This PhD thesis describes the synthesis of modified DNA containing electrochemical active labels such as anthraquinone, benzofurazane, azide and nitrophenyltriazole with the application in bioanalysis. The methodology of the construction of base-modified triphosphates based on Suzuki-Miyaura coupling of halogenated deoxynucleoside triphosphates with arylboronic acids, Sonogashira coupling of dNTPs with terminal acetylenes or triphosphorylation of modified nucleosides was developed. Enzymatic incorporation of functionalized dNTPs into DNA by primer extension experiment and the electrochemical properties of DNA bearing redox labels were studied by cyclic and square- wave voltammetry. At first anthraquinone was tested as an electrochemical label. Modified 2'-deoxynucleoside triphosphates bearing anthraquinone attached through an acetylene or propargylcarbamoyl linker at 5-position of 2'-deoxycytidine 5'-triphosphate and at the 7-position of 7-deaza-2'-deoxyadenosine-5'-triphosphate were prepared by Sonogashira cross-coupling. Enzymatic incorporation of the anthraquinone-labeled dNTPs into DNA by primer extension has been developed. The electrochemical properties of the anthraquinone- labeled nucleosides, dNTPs and DNA were studied by cyclic voltammetry which shows a reversible couple of peaks around... Disertační práce popisuje syntézu modifikované DNA nesoucí elektrochemické aktivní značky (antrachinon, benzofurazan, azidoskupinu a nitrofenyltriazol) pro aplikaci v bioanalýze. Byla vyvinuta metoda přípravy modifikovaných trifosfátů, která je založena na vodné Suzukiho cross-couplingové reakci halogenovaných deoxynukleosid trifosfátů s arylboronovými kyselinami, na Sonogashirově cross-couplingové reakci jodovaných deoxynukleosid trifosfátů s terminálními alkyny, nebo na fosforylaci již modifikovaných nukleosidů. Enzymatická inkorporace funcionalizovaných nukleosid trifosfátů do DNA byla testována prostřednictvím primer extension experimentu a elektrochemické vlastnosti DNA nesoucí redoxní značky byly studovány pomocí cyklické a "square wave" voltametrie. Jako první byl jako elektrochemická značka testován antrachinon. Modifikované 2'-deoxynukleosid trifosfáty nesoucí antrachinon připojený přes acetylenový nebo přes propargylkarbamoylový linker v pozici 5 2'-deoxycytidin 5'-trifosfátu a v pozici 7 7-deaza-2'-deoxyadenosin-5'-trifosfátu byly připraveny pomoci Sonogashirova cross-couplingu. Deoxynukleosid trifosfáty značené antrachinonem byly inkorporovány do DNA prostřednictvím primer extension experimentu. Elektrochemické vlastnosti antrachinonem značených nukleosidů, nukleotidů a DNA byly...

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/67012

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-336147


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses