Original title: Využití gelově-založených proteomových technik při analýze genové exprese u prokaryotních a eukaryotních modelů
Translated title: Analysis og gene expression in prokaryotic and eukaryotic model organisms by proteomic gel-based separation tools
Authors: Petráčková, Denisa ; Weiser, Jaroslav (advisor) ; Nešvera, Jan (referee) ; Stulík, Jiří (referee)
Document type: Doctoral theses
Year: 2011
Language: cze
Abstract: [cze] [eng]
Tato dizertační práce ukázala možnosti využití gelově-separační techniky 2-DE při řešení tří nezávislých vědeckých projektů. Proteomické studie vhodně doplnily výsledky získané i jinými přístupy a přispěly k celkovému zobrazení proteinové situace v daných biologických systémech. Srovnáváním celkového proteomu E. coli bylo identifikováno 61 proteinových změn v souvislosti s vývojem bakteriální populace v přítomnosti antibiotika erytromycinu. Tento "klasický" experiment zahrnoval vhodnou izolaci vzorku, separaci a analýzu bílkovin pomocí 2-DE s následnou identifikací proteinů pomocí MS. Nevýhodou bylo velké množství výsledných dat, které bylo potřeba zpracovat (počítačovou analýzou dat). Naproti tomu v případě studia membránového proteomu B. subtilis při pH stresu bylo třeba primárně modifikovat metodu izolace membránových a s membránou asociovaných bílkovin pro jejich vhodnou separaci na 2-DE Optimalizace zahrnovala především úpravy v použitých chemikáliích-detergentech podílejících se na solubilizaci proteinů a časové prodloužení tohoto procesu. Detegováno bylo následně 5 významných proteinových změn v odpovědi na pH stres týkajících se proteinů AcoB, SodA, YjcH, YwaC a YkwC. Data byla doplněna údaji o rigidizaci membrány B. subtilis v kyselém prostředí (stanoveno pomocí pulzní časově rozlišená... This PhD thesis showed the applicability of a gel-based proteomic separation tool, 2-D electrophoresis in three independent projects. Supplemented with results obtained using different techniques the proteomic studies enabled a global imaging of proteoms in the studied biological systems. Comparing total proteoms of E. coli 61 protein changes were identified and connected with the development of the bacterial population in the presence of an antibiotic compound, erythromycin. This classic proteomic approach included sample extraction, optimization of its 2D separation followed by 2D gel analysis and protein identification by MS methods. A disadvantage of this work was an enourmously large amount of data to be analyzed by computer analysis. For the study of membrane proteom of B. subtilis during a pH induced stress, on the other hand, a modification of isolation techniques for membrane and membrane associated proteins was required first to improve the subsequent protein separation by 2-D electrophoresis. The optimalization of protein extraction included changes in detergents used for protein solubilization and a prolongation of time periods in the protein solubilization protocol. 5 relevant protein changes were then described that play a role in the bacterial response to pH stress. The proteins were...
Keywords: acute lymfoblastic leukemia (ALL); Bacillus subtilis; bone plasma; continual cultivation; E.coli; membrane fraction; proteome; two dimensional electrophoresis (2-DE); akutní lymfoblastická leukémie (ALL); Bacillus subtilis; dvojrozměrná elektroforéza; E. coli; kontinuálni kultivace; kostní plazma; membránová frakce; proteom

Institution: Charles University Faculties (theses) (web)
Document availability information: Available in the Charles University Digital Repository.
Original record: http://hdl.handle.net/20.500.11956/47779

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-312065


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Charles University > Charles University Faculties (theses)
Academic theses (ETDs) > Doctoral theses