Original title: Analýza genomických dat s využitím algoritmu BLAST
Translated title: Analysis of Genomic Data with the Assistance of Algorithm BLAST
Authors: Křížová, Martina ; Burgetová, Ivana (referee) ; Jaša, Petr (advisor)
Document type: Bachelor's theses
Year: 2008
Language: cze
Publisher: Vysoké učení technické v Brně. Fakulta informačních technologií
Abstract: [cze] [eng]
Tato bakalářská práce se zabývá analýzou genomických dat s využitím algoritmu BLAST. V teoretické části popisuje genetické informace, jejich význam a strukturu. Dále zde naleznete popis algoritmu BLAST, Smith-Waterman a Needleman-Wunsch a s algoritmem BLAST spojenou Karlin-Altschul statistiku. Tato práce také pojednává o typech databází jako prostorové, deduktivní a relační, které ukládají genomické informace. Druhá část se zabývá návrhem a implementací aplikace, která využívá zmíněné algoritmy a databázi Oracle 10g R2. Součástí práce je i testování či srovnání výstupů algoritmů. This Bachelor Thesis describes analysis of genomic data with assistance of algorithm BLAST. In theoretic part, it describes genomes, their importance and structure. In this thesis, you can find a description of algorithm BLAST, Smith-Waterman and Needleman-Wunsch and with algorithm BLAST connected Karlin-Altschul statistics. This thesis is discussing types of databases such as spatial, deductive and relational which store genomic data. Second part is concerned with design and implementation of application which use mentioned algorithm and database Oracle 10g R2. Testing and confrontation output of algorithm is also a part of this work.
Keywords: BLAST; DNA; Genetics; Karlin-ALtschul statistics; Needleman-Wunsch; Oracle 10g; PAM; protein; Smith-Waterman; substitution matrix BLOSUM; theory Margaret Dayhoff; BLAST; DNA; Genetika; Karlin-Altschul statistiky; Needleman-Wunsch; Oracle 10g; PAM; protein; Smith-Waterman; substituční matice BLOSUM; teorie Margaret Dayhoff

Institution: Brno University of Technology (web)
Document availability information: Fulltext is available in the Brno University of Technology Digital Library.
Original record: http://hdl.handle.net/11012/55558

Permalink: http://www.nusl.cz/ntk/nusl-238608


The record appears in these collections:
Universities and colleges > Public universities > Brno University of Technology
Academic theses (ETDs) > Bachelor's theses